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circbase資料庫

發布時間: 2023-01-10 06:44:56

1. Hbase和傳統資料庫的區別

HBase與傳統關系資料庫的區別?
答:主要體現在以下幾個方面:1.數據類型。關系資料庫採用關系模型,具有豐富的數據類型和儲存方式。HBase則採用了更加簡單的數據模型,它把數據儲存為未經解釋的字元串,用戶可以把不同格式的結構化數據和非結構化數據都序列化成字元串保存到HBase中,用戶需要自己編寫程序把字元串解析成不同的數據類型。
2.數據操作。關系資料庫中包含了豐富的操作,如插入、刪除、更新、查詢等,其中會涉及復雜的多表連接,通常是藉助多個表之間的主外鍵關聯來實現的。HBase操作則不存在復雜的表與表之間的關系,只有簡單的插入、查詢、刪除、清空等,因為HBase在設計上就避免了復雜的表與表之間的關系,通常只採用單表的主鍵查詢,所以它無法實現像關系資料庫中那樣的表與表之間的連接操作。
3.存儲模式。關系資料庫是基於行模式存儲的,元祖或行會被連續地存儲在磁碟頁中。在讀取數據時,需要順序掃描每個元組,然後從中篩選出查詢所需要的屬性。如果每個元組只有少量屬性的值對於查詢是有用的,那麼基於行模式存儲就會浪費許多磁碟空間和內存帶寬。HBase是基於列存儲的,每個列族都由幾個文件保存,不同列族的文件是分離的,它的優點是:可以降低I/O開銷,支持大量並發用戶查詢,因為僅需要處理可以回答這些查詢的列,而不是處理與查詢無關的大量數據行;同一個列族中的數據會被一起進行壓縮,由於同一列族內的數據相似度較高,因此可以獲得較高的數據壓縮比。
4.數據索引。關系資料庫通常可以針對不同列構建復雜的多個索引,以提高數據訪問性能。與關系資料庫不同的是,HBase只有一個索引——行鍵,通過巧妙的設計,HBase中所有訪問方法,或者通過行鍵訪問,或者通過行鍵掃描,從而使整個系統不會慢下來。由於HBase位於Hadoop框架之上,因此可以使用Hadoop MapRece來快速、高效地生成索引表。
6.數據維護。在關系資料庫中,更新操作會用最新的當前值去替換記錄中原來的舊值,舊值被覆蓋後就不會存在。而在HBase中執行更新操作時,並不會刪除數據舊的版本,而是生成一個新的版本,舊有的版本仍舊保留。
7.可伸縮性。關系資料庫很難實現橫向擴展,縱向擴展的空間也比較有限。相反,HBase和BigTable這些分布式資料庫就是為了實現靈活的水平擴展而開發的,因此能夠輕易地通過在集群中增加或者減少硬體數量來實現性能的伸縮。
但是,相對於關系資料庫來說,HBase也有自身的局限性,如HBase不支持事務,因此無法實現跨行的原子性。
註:本來也想來問這個問題,然後復制一下的。結果找不到,只好自己手打了,麻煩復制拿去用的同學點下贊唄。

2. 如何建立一個資料庫

Mysql安裝完成後,要想將數據存儲到資料庫的表中,首先要創建一個資料庫。創建資料庫就是在資料庫系統中劃分一塊存儲數據的空間。在MySQL中,創建資料庫的基本語法格式如下所示:

CREATE DATABASE 資料庫名稱;

在上述語法格式中,「CREATE DATABASE」是固定的SQL語句,專門用來創建資料庫。「資料庫名稱」是唯一的,不可重復出現。

例如下面我們創建一個名稱為itcast的資料庫,SQL語句如下所示:

CREATE DATABASE itcast;

執行結果如下所示:


上述執行結果顯示出了資料庫itcast的創建信息,例如,資料庫itcast的編碼方式為utf-8。

3. 哪裡有circRNA(環狀RNA)資料庫資源

隨著對circRNA研究的越來越多,已知的circRNA數據信息在快速增長,在這里我們肽度時界(timedoo)整理了當前circRNA相關的資料庫列表,希望能幫到您:
1.circBase[1],是一個通過收集和整合已經發布的circRNA數據構建的資料庫。目前該資料庫收集包括以下6個物種的circRNA信息:人 (hg19)、小鼠(mm9) 、秀麗線蟲(ce6)、黑腹果蠅 (dm3)、矛尾魚 (latCha1)、腔棘魚 (latCha1)。該資料庫最新版本發布時間為2014年1月。網址:http://www.circbase.org/。通過在搜索界面中的list search提交circBase支持的circRNA ID號或基因組區域位置信息,可以快速查詢相關circRNA信息;研究者也可以通過tablebrowser進行條件設置,篩選自己所需要的circRNA數據。
2.circRNABase[2] , 該資料庫通過整合已發表的circRNA數據,構建miRNA與circRNA以及circRNA與RNA結合蛋白(RBP)的互作網路。最新版本發布時間:2013年12月 。網址:http://starbase.sysu.e.cn/mirCircRNA.php
3.Circ2Traits[3] ,是一個收集與人類疾病或性狀潛在關聯的circRNA資料庫。該資料庫通過預測miRNAs和人類的蛋白質編碼基因、長鏈非編碼基因及環狀RNA間的相互作用關系,構建了相互作用網路,並對miRNAs-circRNA相互作用組中的蛋白編碼基因進行了GO富集分析;此外,將與疾病相關的SNPs位點定位到circRNA基因座上,並鑒定了環狀RNAs上的Ago相互作用位點。最新版本發布時間:2013年12月 。網址:http://gyanxet-beta.com/circdb/
4.circNet[4],利用464個RNA-seq測序數據,進行新circRNA預測及基因組注釋,並計算已知的及新預測的circRNA表達情況,構建circRNA-miRNA-genet調控網路,以上信息均可從該資料庫獲得。版本發布時間:2015年12月 。網址:http://circnet.mbc.nctu.e.tw/
5.deepBase v2.0[5]平台, 該數據平台收集了大約15萬多的circRNA基因(人、鼠、果蠅、線蟲等),並構建了最全面的circRNA的表達圖譜。最新版本發布時間:2015年10月 網址:http://deepbase.sysu.e.cn/
6.CircInteractome[6]該資料庫預測了已知的109個RNA結合蛋白數據集與circbase中的circRNA的結合位點,並利用Targetscan軟體預測了miRNAs與circRNA的潛在結合位點。最新版本發布時間:2015年12月網址:http://circinteractome.nia.nih.gov/
你也可以上肽度時界(timedoo)查看circRNA(環狀RNA)學術解讀資料。

4. 怎樣用CSCD預測circRNA的下游miRNA

1、篩選PTC中潛在的circRNA,GEO資料庫中查找甲狀腺乳頭狀癌相關的數據集,最終找到GSE93522。通過GEO2R在線差異分析工具進行差異分析,此處組別的設置為:(正常vs良性);(正常vs惡性)。在挑選候選circRNA分子時,只挑選在(正常vs惡性)中的差異分子,排除在(正常vs良性)中上調或者下調的circRNA。最終找到13個上調和1個下調的PTC發生和進展相關的circRNA分子。隨後,我們通過circBase資料庫找到這14個circRNA分子的親本基因以及在基因組中的座位。為了繪制circRNA圈圖,我們在CSCD資料庫中查找這14個circRNA,最終找到11個circRNA,並用其中的數據繪制圈圖。
2、預測和分析PTC中與潛在circRNA分子結合的miRNA,circRNA分子發揮作用存在三種比較常見的機制:作為miRNA的海綿;與RBP結合;翻譯為短肽或者蛋白質。從繪制的圈圖看,這11個miRNA均存在MRE元件,可能可以與相應的miRNA相互作用。因此,我們使用CSCD和CRI資料庫來預測相應的結合miRNA,並用Cytoscape軟體構建相應的circRNA-miRNA網路圖。隨後,通過使用TCGA資料庫中的數據,分析上述miRNA在甲狀腺乳頭狀癌中的表達和預後價值。3、預測和分析PTC中上述miRNA下游的靶基因,通過上述的表達分析和預後分析,符合篩選要求的只有miR-605-5p和miR-876-3p兩個miRNA。接著,我們使用綜合性靶基因預測資料庫miRNet,預測這兩個miRNA下游的靶基因。通過蛋白互作網路分析,我們構建靶基因PPI網路,並結合CytoHubba中的演算法(Cytoscape中的插件),最終篩選出20個hub基因。同時,使用STRING資料庫,我們對預測出的靶基因進行GO和KEGG富集分析。
4、構建PTC中潛在的信號通路:hsa_circ_0088494-miR-876-3p-CTNNB1/CCND1,還是通過Cytoscape,我們構建miRNA-hub基因網。使用starBase資料庫,我們對miRNA-hubgene關系對作表達相關性分析,從中篩選呈顯著負相關的關系對(3個關系對符合)。最後,對三個關系對中的hub基因作表達分析,發現只有CTNNB1和CCND1在甲狀腺乳頭狀癌中顯著高表達,符合要求。

5. circbase資料庫打不開

題主是否想詢問「circbase資料庫打不開怎麼辦」?1、首先打開電腦,雙擊此電腦,找到磁碟中的circbase文件夾。
2、其次點擊屬性,在常規選項卡中點擊高級,在彈出的窗口中去掉壓縮內容,點擊確定。
3、最後點擊應用,勾選應用於circbase文件夾所有文件,重新打開circbase資料庫即可。

6. 總結sql型資料庫和hbase資料庫的可視化界面有哪些並描述

可視化界面。總結sql型資料庫和hbase資料庫都是用於存儲和管理數據的關系資料庫類型。這兩種類型的資料庫都具有可視化界面,允許用戶與資料庫交互並執行創建表、插入數據和運行查詢等任務。

7. 資料庫中的databasefor是什麼意思

database,資料庫是把信息按不同的成分進行分類存儲,資料庫用一些特殊程序管理,你因此可以迅速地按照一定的類別進行查詢或選擇。一個簡單的例子是國家地址資料庫。它是由人們的名字,街路地址,城鎮名和郵編組成。在這個資料庫中。你可以按照城鎮名稱搜索。或列出所有叫cxh的人,或找出所有居住在beijing名字為cxh的人,現在比較流行的資料庫軟體有microsoft msql或mysql.
在資料庫中,有壓縮比例,是指把數據從一種可以節省空間的形式在存儲的磁碟上。壓縮後的文件可以減少網上傳輸所需要的時間。因為它們可以很快被偉送出去。壓縮後的數據在硬碟上或文檔中占的空間也大為縮小。在你使用這樣的數據之前必須先把它們解壓。

8. 資料庫中database是什麼意思

資料庫(Database)是按照數據結構來組織、存儲和管理數據的倉庫,它產生於距今六十多年前,隨著信息技術和市場的發展,特別是二十世紀九十年代以後,數據管理不再僅僅是存儲和管理數據,而轉變成用戶所需要的各種數據管理的方式。資料庫有很多種類型,從最簡單的存儲有各種數據的表格到能夠進行海量數據存儲的大型資料庫系統都在各個方面得到了廣泛的應用。

9. 資料庫的英文縮寫

DB(Database)資料庫,另外,還有常見的DBMS表示資料庫管理系統(Database Management System)。

資料庫是以某種規則儲存在一起、能夠與多個用戶共享、具有盡可能小的冗餘度、且與應用程序彼此獨立的數據集合,可以視為電子化的文件櫃,用戶可以對文件中的數據進行新增、查詢、更新、刪除等操作。

(9)circbase資料庫擴展閱讀:

資料庫類型:

1、關系資料庫

關系型資料庫,存儲的格式可以直觀地反映實體間的關系。關系型資料庫和常見的表格比較相似,關系型資料庫中表與表之間是有很多復雜的關聯關系的。

常見的關系型資料庫有Mysql,SqlServer等。在輕量或者小型的應用中,使用不同的關系型資料庫對系統的性能影響不大,但是在構建大型應用時,則需要根據應用的業務需求和性能需求,選擇合適的關系型資料庫。

2、非關系型資料庫(NoSQL)

指的是分布式的、非關系型的、不保證遵循ACID原則的數據存儲系統。NoSQL資料庫技術與CAP理論、一致性哈希演算法有密切關系。

NoSQL資料庫技術還是具有非常明顯的應用優勢,如資料庫結構相對簡單,在大數據量下的讀寫性能好;能滿足隨時存儲自定義數據格式需求,非常適用於大數據處理工作。

10. 如何創建資料庫

1、首先在電腦端安裝MySQL,然後進行信息配置操作。打開該軟體,如圖所示。