1. uniprot怎麼看蛋白有沒有配體
1 .首先打開官網，在搜索框前面的選擇框中選擇「gene」，在後面的搜索框中鍵入「CD47」，點擊search
2 .可以在彈出的新頁面中查看搜索結果。 你可以在這里看到各種相關基因的鏈接。 這里選擇單擊CD47molecule[HomoSapiens(Human ) ]
3 .在彈出的網頁上可以看到這種蛋白質的概要
4 .往下拉，可以看到基因信息、染色體上的位置、表達分布、相互作用、蛋白質和mRNA的序列等其他信息。 這里隱藏了所有的信息，只顯示標簽，有興趣的人可以自己點擊查看。 另外，裡面的信息可以看引用文獻。
這是基因信息和染色體上的位置
表現分布。 上面的復選框是數據源
PubMed中的文獻及蛋白質功能相關文獻
mRNA和蛋白質序列
5 .接下來我們來看看mRNA序列。 可以看到序列號、長度、相關文獻等。
為了能看到mRNA上每個區域的劃分、外顯子、編碼區域、氨基酸序列等，會持續下降。
7 .點擊前面的「CDS」，最後的序列中就會看到編碼靶蛋白質的核酸序列。 點擊fasta可以下載序列。
uniprot這個名字是通用蛋白質的英文縮寫，介紹信息豐富的蛋白質資料庫。
1 .同樣搜索「CD47」這種蛋白質吧。
2 .下面是這一頁跳出的結果。
中間的表包括蛋白質的標簽、蛋白質和基因名稱、是否人工注釋(黃色標簽)、屬種等。
3 .在這里，選擇第3個「CD47_HUMAN」。 緊挨著跳躍的網頁有蛋白質名基因名和屬種。
頁面的左側是整個網頁的目錄，其中包含有關該蛋白質的所有信息，包括功能、細胞定位、PTM、交互、高級結構、序列和其他資料庫的鏈接。
這是蛋白質細胞定位和序列的域
這是蛋白質的結構信息，點擊後面的鏈接，可以在RCSB資料庫中查看詳細信息。
以下為序列信息，包含4個可變拼接體。
以下是關於該蛋白質的其他資料庫的信息
以上就是今天的分享。 周邊很多人主要沒聽說過蛋白的信息，或者沒想到找的時候會去看蛋白的信息。 如果在閱讀文獻之前能夠搜索這些資料庫，大致了解蛋白質的信息，在閱讀文獻時就會在心中計數。
168飛艇6種不虧錢的方法oimg.com/origin/pgc-image/?from=
2. PDB資料庫怎麼下載蛋白質的二級結構序列
蛋白質資料庫是指包括蛋白質信息的資料庫。常用的蛋白質資料庫有很多，其中Uniprot被認為收錄最廣泛和注釋信息最全面的蛋白質資料庫。Uniprot下包括Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD，詳見Uniprot_網路。其他的蛋白資料庫有PDB（Protein Data Bank，簡稱PDB，開始建立於1971年）等。國內也有些如由上海生物信息技術研究中心下屬的生物信息科學數據共享平台建立及維護的SDSPB等。
3. 生物信息學有關的問題
我只能回答這些 NCBI功能太多了
EMBL的研究主要集中在以下幾個方面： 1. 生化實驗技術質譜分析(Mass Spectrometry)等。 2．細胞生物學(Cell Biology)，研究細胞膜上蛋白和脂肪的分布，包括膜運輸、微管網路、細胞核及細胞周期，焦點是Rab蛋白。 3．細胞生物物理(Cell Biophysics)，重點是理論創新和實際應用的研究，尤其是光學顯微鏡的完善使用。 4．分化(Differentiation)，集中研究果蠅的早期發育。 5．基因表達(Gene Expression)，研究基因到蛋白質信息傳遞的過程，尤其是核糖體合成在整個細胞生命過程中的重要作用。 6．結構生物學(Structure Biology)，在過去9年中建立了cDNA測序技術、生物計算、蛋白工程、晶體學、電子顯微鏡(EM)及核磁共振(VMR)，研究肌肉巨型蛋白分子Titin。 7．Grenoble研究分部，主要研究蛋白質合成過程，尤其揭示了G-蛋白-鳥苷酸交換因子偶聯物的結構。 8．Hamburg研究分部，有關長期的分子生物學國際合作研究歷史，著重於結構生物學研究，如光學測量系統、晶體學、X-線吸收光譜及小角散射。 9．Hinxton研究分部EBI(European Bioinformatics Institute，歐洲生物信息學研究所)，重點是與世界上其他分子生物學資料庫進行合作研究，最主要的有EMBL核酸序列資料庫，於1980年開始建立，隨後參予了與日內瓦大學共同進行的SWISS-PROT的建設。在SWISS-PROT與EMBL核苷酸序列庫之間的數據轉移的基礎上，產生了新的資料庫TREMBL(Translation from EMBL)，即使核苷酸序列庫的核苷酸序列自動翻譯成SWISS-PROT蛋白序列庫中的蛋白序列。 10．放射性雜交資料庫(Radiation Hybrid Database)。 11．Monterotondo研究中心組，EMBL和歐洲其他研究組一起，加入到哺乳類生物學和生物醫學的研究行列，中心位於義大利羅馬北部的Monterotondo。EMBL著重於鼠遺傳學研究。
PDB中含有通過實驗（X射線晶體衍射，核磁共振NMR）測定的生物大分子的三維結構
蛋白質 核酸 糖類 其它復合物
一種是顯式序列信息（explicit sequence）
在PDB文件中，以關鍵字SEQRES作為顯式序列標記，以該關鍵字打頭的每一行都是關於序列的信息。
一種是隱式序列信息(implicit sequence)
PDB的隱式序列即為立體化學數據，包括每個原子的名稱和原子的三維坐標。
蛋白質資料庫（簡稱PDB）,專門用於處理和分類儲存蛋白質等生物大分子的3D結構及其他生物學數據，應用范圍極其廣泛，是十分重要的世界性資料庫之一.建立PDB的主要目的是：研究者可查詢特定的生物大分子結構信息,對一個或多個結構進行簡單分析；可作為網際網路上其它相關資源的入口；可以下載結構信息等。RCSB與歐洲分子生物學研究所EBI和NCBI緊密合作，保持每個結構數據的一致性，並可以實現與蛋白質序列資料庫、核酸序列資料庫的交叉檢索 .PDB中含有通過實驗（X射線晶體衍射，核磁共振NMR）測定的生物大分子的三維結構
蛋白質 核酸 糖類 其它復合物 .
4. 在pdb 資料庫上下載蛋白質
你直接在PBD主頁上的pbdIDortext里輸入你的蛋白ID，也就是1SA1和1SA0，就能查到你要的蛋白質了。蛋白ID旁邊有個DownloadFiles，點擊後選擇你要下載的文件格式即可下載。5. 常用的查詢蛋白質結構以及序列的資料庫主要有哪些
1. PIR和PSD
PIR國際蛋白質序列資料庫(PSD)是由蛋白質信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質序列資料庫(JIPID)共同維護的國際上最大的公共蛋白質序列資料庫，可在這里下載。這是一個全面的、經過注釋的、非冗餘的蛋白質序列資料庫，其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質序列。所有序列數據都經過整理，超過99%的序列已按蛋白質家族分類，一半以上還按蛋白質超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結構、基因組和文獻資料庫的交叉索引，以及資料庫內部條目之間的索引，這些內部索引幫助用戶在包括復合物、酶－底物相互作用、活化和調控級聯和具有共同特徵的條目之間方便的檢索。每季度都發行一次完整的資料庫，每周可以得到更新部分。
PSD資料庫有幾個輔助資料庫，如基於超家族的非冗餘庫等。PIR提供三類序列搜索服務：基於文本的互動式檢索；標準的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；結合序列相似性、注釋信息和蛋白質家族信息的高級搜索，包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索GeneFIND等。
2. SWISS-PROT
SWISS-PROT是經過注釋的蛋白質序列資料庫，由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。資料庫由蛋白質序列條目構成，每個條目包含蛋白質序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗餘序列，並與其它30多個數據建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。
利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的資料庫。SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。
3. PROSITE
PROSITE資料庫收集了生物學有顯著意義的蛋白質位點和序列模式，並能根據這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質序列應該屬於哪一個蛋白質家族。有的情況下，某個蛋白質與已知功能蛋白質的整體序列相似性很低，但由於功能的需要保留了與功能密切相關的序列模式，這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點、配體結合位點、與金屬離子結合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質結合的區域等；除了序列模式之外，PROSITE還包括由多序列比對構建的profile，能更敏感地發現序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相關檢索服務。
4. PDB
蛋白質數據倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結構數據檔案庫，由美國Brookhaven國家實驗室建立。PDB收集的數據來源於X光晶體衍射和核磁共振(NMR)的數據，經過整理和確認後存檔而成。目前PDB資料庫的維護由結構生物信息學研究合作組織(RCSB)負責。RCSB的主伺服器和世界各地的鏡像伺服器提供資料庫的檢索和下載服務，以及關於PDB數據文件格式和其它文檔的說明，PDB數據還可以從發行的光碟獲得。使用Rasmol等軟體可以在計算機上按PDB文件顯示生物大分子的三維結構。
5. SCOP
蛋白質結構分類(SCOP)資料庫詳細描述了已知的蛋白質結構之間的關系。分類基於若干層次：家族，描述相近的進化關系；超家族，描述遠源的進化關系；折疊子(fold)，描述空間幾何結構的關系；折疊類，所有折疊子被歸於全α、全β、α/β、α＋β和多結構域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗餘的ASTRAIL序列庫，這個庫通常被用來評估各種序列比對演算法。此外，SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫，通過與這個庫中序列的兩兩比對，可以找到與未知結構序列遠緣的已知結構序列。
6. COG
蛋白質直系同源簇(COGs)資料庫是對細菌、藻類和真核生物的21個完整基因組的編碼蛋白，根據系統進化關系分類構建而成。COG庫對於預測單個蛋白質的功能和整個新基因組中蛋白質的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某個蛋白質與所有COGs中的蛋白質進行比對，並把它歸入適當的COG簇。COG庫提供了對COG分類數據的檢索和查詢，基於Web的COGNITOR服務，系統進化模式的查詢服務等。
6. PDB資料庫網址是什麼
http://www.uniprot.org/
新的「聯合蛋白質資料庫」預計在三年內建成，美國國家衛生研究所已決定為這項計劃斥資1500萬美元。這一全球性資料庫有望在2003年年底初步在網際網路上開放，各國研究人
員可通過訪問其網址www.uniprot.org，免費獲取信息。(新浪網 2002年11月01日)
蛋白質資料庫（Protein Data Bank, PDB）是一個生物大分子，如蛋白質和核酸，的資料庫。這些數據包括X光晶體衍射或者NMR核磁共振顯示以及由全世界生物學家和生物化學家上傳，在網上，它們可以通過PBD的會員組織（PDBe, PDBj, RCSB）免費獲取。PDB是由一個叫做世界蛋白質資料庫（Worldwide Protein Data Bank, wwPDB）管理。PDB是結構生物（如結構基因組學）的一個關鍵性資源。大部分學術刊物，以及一些官方科研機構[如美國的國立衛生研究院（NIH）]，現在都要求科學家將它們研究的蛋白質、核酸結構上傳到PDB
從PDB的網站上，可以通過蛋白質的編號查找到相應的3D結構，並可以將這個結構圖下載到電腦中，通過PyMol、RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等軟體查看、編輯。 從PDB網站上下載的3D結構圖的後綴名為.pdb。
7. 如何從ncbi上下載database
因此NCBI 的分類學資料庫不是一個系統發育或分類學的「專家資料庫」（Wheeler et al., 2000）。 獲取序列所對應的分類學信息有兩種方法。 一種方法，從NCBI 網站下載gi與taxid 對應表，在Taxonomy 資料庫的FTP 地址下載。這個目錄下有多個壓縮文件，其中針對Windows 操作系統的兩個針對蛋白質序列和核苷酸序列的壓縮文件分別是gi_taxid_prot.dmp.gz 和gi_taxid_nucl.dmp.gz 文件。這兩個文件都只有兩列，左邊為gi 號，右邊為Taxid。由於這些文件非常大，因此用瀏覽器來打開這些文件幾乎是不可能的。隨著時間的推移，這兩個文件會越來越大，不過速度不會是指數增長的，並且在美國東部時間的每個星期一2：00 am NCBI 會對其進行更新。 對於Windows 用戶還有一個文件稱為taxmp.zip 文件。文件解壓縮後包括1 個*.prt 文件和6 個*.dmp 文件。Gencode.dmp 文件保存有不同的密碼子表，與同目錄的gc.prt 聯合使用；merged.dmp 是保存有合並的taxid 號的對應表；nodes.dmp 是結點信息；division.dmp 是較大的幾個分類；names.dmp 結點名稱信息，每個id 對應多行。這些數據被Phylogenie 軟體包中的blammer 程序用於構建進化樹。 利用ftp 地址的連接利用Http 或ftp 方式將文件下載到本地，通過本地程序或腳本搜索文本，來建立gi 號與Taxid 之間的聯系（圖）。這種方法比較適合於在線服務的Web 形式的程序，通過在本地不斷地及時更新程序就可以完成這項工作。 第二種方法是對Taxonomy 資料庫進行API 分析。
8. 請教一種新蛋白的研究思路
研究思路取決於研究的方向，一般來說需要先提純出來，然後獲得基因序列。蛋白質序列的檢索往往是進行相關分析的第一步，由於資料庫和網路技校術的發展，蛋白序列的檢索是十分方便，將蛋白質序列資料庫下載到本地檢索和通過國際互聯網進行檢索均是可行的。接著就是做一些蛋白質基本性質分析、跨膜區分析、捲曲螺旋分析、前導肽與蛋白質定位、蛋白質功能預測等等