⑴ 怎麼在資料庫查年齡相關的基因差異
1、首先打開NC資料庫，輸入GDS5656，點擊Search。
2、其次在GEO主頁檢索GSE50161，進入GSE50161的頁面後採集必要信息。
3、最後使用NetworkAnalyst資料庫篩選差異基因即可。
⑵ geo資料庫差異基因怎麼在EXCEL里操作
geo資料庫篩選數據方法是：
1、首先，打開NCBI，選擇GEODatasets，輸入GDS5656，點擊Search。
2、點擊樣品分類號，我們可以看到該研究的詳情，包括文章研究內容、實驗方案設計、樣本詳情等。
3、點擊AnalyzewithGEO2R，利用在線工具進行數據分析。將4個樣本分成了兩組，分組完畢後，點擊saveallresults，獲取兩組之間的差異表達基因。
4、得到如下所示的文本內容，將其粘貼到記事本(例如，保存為result.txt)，然後導入到excel中(數據→自文本，選擇result.txt文件導入)，准備進行篩選。
5、下一步，我們需要對差異表達基因的數據進行進一步的篩選。
6、最後我們可以在EXCEL左下角的狀態欄看到，一共篩選出來738個條目。
⑶ 如何在GEO資料庫中比較兩個子集 我想在兩組晶元數據之間比較存在表達差異4倍以上的基因 應該怎麼操作
你好，本公司是專門做生物信息數據處理的。
差異表達基因的篩選（閥值）以及後面的生物信息分析都可以做的。
差異表達基因篩選步驟：選擇GEO數據——下載晶元數據——差異分析（方法有很多：SAM法，R包處理，T-test檢驗等）——選擇想要的閾值（Fold change >4)
⑷ gcbi怎麼進行差異基因的篩選
通過選擇(q-value/差異倍數、差異數量)和設置差異參數，篩選樣本中的差異基因。
(1) q-value越高，篩選出差異基因越多。q-value=0.05認為結果良好，可根據具體情況適當調整。
(2) 差異倍數常用：1.2、1.5、2，其中1.5最常用。
⑸ kegg資料庫和geo資料庫區別
GEO篩選差異，KOBAS注釋分析。
GEO資料庫來篩選差異表達基因，KOBAS進行KEGG注釋分析
利用基因在不同物種之間的保守性，任何基因組的數據都可以映射到這些資料庫中去。
⑹ 篩選差異基因的方法比較
Bonferroni校正法、Sidak 校正法和Hochberg 法可將FWER、FDR控制在很低的水平,但是篩選出的差異表達基因數比較少,不適用基因表達譜篩選差異表達基因的數據分析。相同樣本量和方差條件下, 成組t檢驗方法篩選的差異表達基因數最多,但是不能有效地控制FW ER、FDR 水平, 篩選出的差異表達基因假陽性數過多。通過模擬實驗發現, SAM 方法和BH 法篩選差異表達基因數、假陽性數、FWER 和FDR 均相差不大,均篩選出較多的差異表達基因,且控制了多重檢驗錯誤率。相同樣本量和方差條件下, SAM 方法篩選出的差異表達基因數、約登指數略高於BH法,假陽性數略低於BH法。因此, SAM 方法適用於基因表達譜數據篩選差異表達基因的數據分析。
