① 常用的查詢蛋白質結構以及序列的資料庫主要有哪些
1. PIR和PSD
PIR國際蛋白質序列資料庫(PSD)是由蛋白質信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質序列資料庫(JIPID)共同維護的國際上最大的公共蛋白質序列資料庫,可在這里下載。這是一個全面的、經過注釋的、非冗餘的蛋白質序列資料庫,其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質序列。所有序列數據都經過整理,超過99%的序列已按蛋白質家族分類,一半以上還按蛋白質超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結構、基因組和文獻資料庫的交叉索引,以及資料庫內部條目之間的索引,這些內部索引幫助用戶在包括復合物、酶-底物相互作用、活化和調控級聯和具有共同特徵的條目之間方便的檢索。每季度都發行一次完整的資料庫,每周可以得到更新部分。
PSD資料庫有幾個輔助資料庫,如基於超家族的非冗餘庫等。PIR提供三類序列搜索服務:基於文本的互動式檢索;標準的序列相似性搜索,包括BLAST、FASTA等;結合序列相似性、注釋信息和蛋白質家族信息的高級搜索,包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索GeneFIND等。
2. SWISS-PROT
SWISS-PROT是經過注釋的蛋白質序列資料庫,由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。資料庫由蛋白質序列條目構成,每個條目包含蛋白質序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等,注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗餘序列,並與其它30多個數據建立了交叉引用,其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。
利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的資料庫。SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質序列,序列提交可以在其Web頁面上完成。
3. PROSITE
PROSITE資料庫收集了生物學有顯著意義的蛋白質位點和序列模式,並能根據這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質序列應該屬於哪一個蛋白質家族。有的情況下,某個蛋白質與已知功能蛋白質的整體序列相似性很低,但由於功能的需要保留了與功能密切相關的序列模式,這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能motif,因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點、配體結合位點、與金屬離子結合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質結合的區域等;除了序列模式之外,PROSITE還包括由多序列比對構建的profile,能更敏感地發現序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相關檢索服務。
4. PDB
蛋白質數據倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結構數據檔案庫,由美國Brookhaven國家實驗室建立。PDB收集的數據來源於X光晶體衍射和核磁共振(NMR)的數據,經過整理和確認後存檔而成。目前PDB資料庫的維護由結構生物信息學研究合作組織(RCSB)負責。RCSB的主伺服器和世界各地的鏡像伺服器提供資料庫的檢索和下載服務,以及關於PDB數據文件格式和其它文檔的說明,PDB數據還可以從發行的光碟獲得。使用Rasmol等軟體可以在計算機上按PDB文件顯示生物大分子的三維結構。
5. SCOP
蛋白質結構分類(SCOP)資料庫詳細描述了已知的蛋白質結構之間的關系。分類基於若干層次:家族,描述相近的進化關系;超家族,描述遠源的進化關系;折疊子(fold),描述空間幾何結構的關系;折疊類,所有折疊子被歸於全α、全β、α/β、α+β和多結構域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗餘的ASTRAIL序列庫,這個庫通常被用來評估各種序列比對演算法。此外,SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫,通過與這個庫中序列的兩兩比對,可以找到與未知結構序列遠緣的已知結構序列。
6. COG
蛋白質直系同源簇(COGs)資料庫是對細菌、藻類和真核生物的21個完整基因組的編碼蛋白,根據系統進化關系分類構建而成。COG庫對於預測單個蛋白質的功能和整個新基因組中蛋白質的功能都很有用。利用COGNITOR程序,可以把某個蛋白質與所有COGs中的蛋白質進行比對,並把它歸入適當的COG簇。COG庫提供了對COG分類數據的檢索和查詢,基於Web的COGNITOR服務,系統進化模式的查詢服務等。
② 怎麼查看sqlserver2008資料庫的序列號
去找一個叫「prokey」的小軟體,它可以幫你查到的微軟的多數軟體的序列號。
提示,部分殺軟會把它當成惡意軟體,因為它屬於偷序號,密碼一類的,連著你的win的序號都會給你找出來。不放心的話,自個去網上按「prokey」這個名字去找。
反正我傳上後,網路是通過的,說「已經過網路安全檢測」呵呵。
另外想說的是,SQL的序列號不值錢(正經的買因來的除外)網上一搜就知道了。
③ 如何在uniprot資料庫中查找某個蛋白序列
NCBI
NCBI下有很多資料庫,以下是蛋白質序列PopSet
包括研究1個人群、1個種系產生或描寫人群變化的1組組聯合序列。PopSet既包括核酸序列數據又包括蛋白質序列數據。
Entrez
功能強大,在於它的大多數記錄可相互鏈接,既可在同1資料庫內鏈接,也可在資料庫之間進行鏈接。當應用BLAST軟體比較某氨基酸或DNA序列與庫中其他氨基酸或DNA序列差異即進行類似性檢索時,則會觸及到蛋白質庫或核苷酸庫的庫內鏈接。庫間鏈接產生在核苷酸資料庫內的記錄與PubMed庫中已發表序列的引文間的鏈接,或蛋白質序列記錄與核苷酸序列庫中編碼它的核苷酸序列間的鏈接。BLAST(Basic
Local
Alignment
Search
Tool)是用於序列類似性檢索的1個重要資料庫,是辨別基因和基因特點的工具。該軟體能在15秒內完成全部DNA資料庫的序列檢索。BLAST記錄的相干度有明確的統計學解釋,以便更容易地將相干記錄與隨機的資料庫記錄像辨別。在NCBI主頁的左工具條中,點擊BLAST圖標,即進入BLAST主頁。
BLAST
主頁提供了幾種BLAST檢索軟體。其中BLAST2.0是1種新的BLAST檢索工具,它在原有基礎上作了改進,運行速度更快,靈敏度更高,同時具有Gapped
BLAST
和PSI-BLAST兩種軟體的新功能。Gapped
BLAST
允許在對準的序列中引入空位(鹼基缺失或插入),引入空位(Gaps)意味著在比較兩個相干序列時不會出現中斷(Break)現象。這些空位對準的記分系統更能反應相干序列的類似程度。PSI-BLAST的全稱是Position-Specific
Iterated
BALST,即特殊位置重復BLAST,它提供了自動、易用的概貌(Profile)檢索,是查找序列同源的有效工具。Dnastar
可以用於解決你踢完的後半個問題
④ SQL server 2012 資料庫 序列號查看
一、序列號保存在哪
不要被ProctCode迷惑,就算只安裝了SQL Server客戶端,注冊表裡也會有這個鍵值,並不是序列號,DigitalProctID才是,但經過了Base24編碼,需要解碼才行。
可以看到,對於不同版本,注冊表的路徑不一樣,但是鍵是一致的。
Express版是免費的,沒有序列號,從而注冊表也沒DigitalProctID這個鍵。
二、如何解碼序列號
利用Powershell 解碼
以下powershell函數用於解碼/找回SQL Server序列號,在SQL Server 2008, 2008 R2實例上測試通過:
SQL Server 2012序列號里字元的格式發生了變化, data.uValue)[0..16] 不同於SQL Server 2008的 data.uValue)[52..66],同時別忘了改下注冊表路徑$regPath = "SOFTWARE\Microsoft\Microsoft SQL Server\110\Tools\Setup",修改後如下,在SQL Server 2012實例上測試通過:
調用powershell函數並輸出序列號
打開powershell,把上面的函數貼進去,回車,輸入Get-SQLServerKey 並回車;
或者把上面的函數存為.ps1文件直接引用:
輸出結果如下:
根據powershell 腳本翻譯成的Python base24 解碼函數:
⑤ mysql資料庫查詢序列
問題分析:序列=自增ID,是資料庫根據數據插入先後順序自動生成的。
查詢方式:
只能再查詢自增ID即可
具體操作:MYSQL獲取自增ID的四種方法
selectmax(id)fromtablename
SELECTLAST_INSERT_ID()函數
LAST_INSERT_ID是與table無關的,如果向表a插入數據後,再向表b插入數據,LAST_INSERT_ID會改變。
select@@IDENTITY;
@@identity是表示的是最近一次向具有identity屬性(即自增列)的表插入數據時對應的自增列的值,是系統定義的全局變數。一般系統定義的全局變數都是以@@開頭,用戶自定義變數以@開頭。
SHOWTABLESTATUS;
得出的結果里邊對應表名記錄中有個Auto_increment欄位,里邊有下一個自增ID的數值就是當前該表的最大自增ID.
⑥ postgresql資料庫怎麼查詢所有的序列名
postgresql中一個序列對象通常用於為行或者表生成唯一的標識符。查看序列:psql
的
\d
命令輸出一個資料庫對象,包括
Sequence,表,視圖和索引。你還可以使用
\ds
命令只查看當前資料庫的所有序列。例如:pigdb-#
\ds
List
of
relations
Schema
|
Name
|
Type
|
Owner--------+-----------------------+----------+--------
public
|
author_ids
|
sequence
|
ichexw
public
|
shipments_ship_id_seq
|
sequence
|
ichexw(2
rows)