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氣質代謝組學資料庫

發布時間: 2023-02-04 15:07:26

⑴ 做好代謝組學研究的關鍵在哪裡

  1. 首先明確代謝組學的核心任務。對小分子代謝物的定性、定量分析並發現差異代謝物:(1)對生物體系中的內源性代謝物及其變化規律進行表徵;(2)以差異代謝物作為核心對生命奧秘進行解析。而基於色譜/質譜聯用的分離分析技術具有靈敏度高、選擇性好、動態范圍寬、信息豐富等優點,已成為代謝組學研究的主流技術平台。

  2. 其次明確代謝組學的研究方法。對於非靶向代謝組學而言,色譜與高分辨質譜的聯用必不可少;而對於靶向代謝組學而言,基於多反應監測(MRM)模式的三重四極桿質譜被認為是質譜定量的 「金標准」。近年來,擬靶向技術由於結合了非靶向和靶向分析技術的雙重優勢,在代謝物分析的覆蓋度上與非靶向方法接近,在靈敏度上與靶向分析一樣,迅速發展成為代謝組學的主流研究方法。擬靶向代謝組學主要包括三個步驟:(1)基於四極桿飛行時間質譜的非靶向分析;(2)母離子/產物離子對的選擇及檢測參數優化;(3)使用三重四極桿或QTRAP質譜採用MRM模式(包括上述離子對)對樣品進行分析。

  3. 關鍵點有哪些?代謝組學整個研究過程可以細分為20多個步驟,若每一步准確率為70%,最終結果的准確率不足0.1%,因此必須確保每一步(尤其是關鍵步驟)都規范、准確,才能保證研究結果准確、可靠。影響代謝組學研究質量的關鍵環節包括:(1)系統科學的研究方案;(2)樣本收集、分組、儲存、前處理、質量控制;(3)數據採集與質量控制;(4)數據處理、分析;(5)差異分子篩選與鑒定;(6)分類模型構建與驗證;(7)資料庫自建、管理與使用。這些環節受制因素較多,需要參考研究論文、技術規范、注意過程式控制制,採用專業的技術和工具支持才能獲得高質量的研究結果。

  4. 為什麼關鍵?圍繞快速、有效地發現分子和標志物這一目的,精準和高通量正成為引領發展的方向。代謝組學研究需要滿足生物醫葯、食品等行業的個性化分子智能識別需求,所以需要分子智能識別檢測技術做支撐,需要自主知識產權的核心演算法,才能保證專業化的組學、質譜數據處理、數據挖掘。

  5. 總結來說,在組學研究過程中,只有做好分子特徵檢測、差異分子篩選、差異分子鑒定、分類模型構建、資料庫自建等關鍵步驟,才能得到最好的組學研究結果。

⑵ 1.求推薦一家靠譜的尿液代謝組學和血清代謝組學服務公司

(1) 尿液樣品採集需要馬上進行萃滅:快速使組織或細胞內的酶失活,防止代謝物的變化。液氮速凍是常用的萃滅方式。尿液採集後需立即放入-80℃或液氮保存。在NMR分析中,建議用0.2um濾膜過濾除菌。GC-MS分析中,由於尿素高溫分解產生的氨氣可能對檢測其他物質造成干擾,因此分析前應加入尿素酶除去尿素。樣本量要求200µL/例。LC-MS分析對樣品則要求較少,僅需要棄去沉澱凍存即可。
(2)血液樣品:包括血漿和血清,血清中代謝物的含量略高於血漿,血清和血漿均可用於代謝組學研究,但是取樣盡量一致,要麼都用血清,要麼都用血漿。
血漿樣品:應使用肝素鈉抗凝管(EDTA等其餘抗凝劑會對質譜信號有影響)採集全血,並盡快進行血漿分離:3000 rpm室溫離心10 min,待血細胞完全沉降到管底後,取上層,0.2 mL/管分裝至1.5 mL離心管中。-80°C凍存,乾冰寄送。樣本量要求100-200µL/例。
血清樣品:血液收集在離心管中37°C(或室溫)靜置30 min或1 h進行凝固分層;3000 rpm室溫離心10 min,待血細胞完全沉降到管底後,取上清轉至干凈的離心管中; 再12000 rpm 4°C離心10 min,取上清分裝到1.5 mL離心管中,每管0.2 mL,-80 °C凍存,乾冰寄送。樣本量要求100-200µL/例。
現在市面上提供代謝組學的公司基本上都是基於LC-MS, GC-MS, NMR這三種技術展開。NMR技術的優點是樣品可回收利用,但對復雜樣品:例如血液樣品的代謝組學分析,稍顯力不從心,基於NMR的代謝組學資料庫還沒有大型的可參考標准物質譜圖,這就使得解析譜圖異常困難,遇到多物質的譜圖重疊等問題很難解決。GC-MS由於需要樣品衍生化,會有一部分物質丟失,並且由於精密度等原因,所測得的物質較少,並不能完整的反應該時刻的代謝輪廓特徵。由於高分辨質譜的發展,配備有高分辨檢測器的LC-MS例如LC-TOF-MS越來越成為了代謝組學樣品分析的有利武器。並且隨著MASSBANK, METLIN,HMDB等資料庫的完善,使得LC-MS的數據的物質鑒定效率大大提升。不光如此,在樣品的前處理中,使用LC-MS技術所需的處理步驟最為簡單,可以很大程度上減少代謝物的流失。因此高分辨LC-MS技術已成為代謝組學中的主流手段被廣泛使用。
目前國內做代謝組學的單位有很多,價格不一。如果是華北地區,可以考慮百泰派克,這家公司的價格很合理技術也挺好。
注意事項:建議盡量多的收集樣本並分裝凍存,100-200µL/管較為合適,且避免反復凍融。