先把每個庫的表結構導出到文件，然後比較這兩個文件。
mysqlmp --skip-comments --skip-extended-insert -u root -p database1>file1.sql
mysqlmp --skip-comments --skip-extended-insert -u root -p database2>file2.sql
diff file1.sql file2.sql
其實還有一些比較工具，推薦一個
mysql-comparison-tools
B. 如何對比兩個相同資料庫表的不同
不知道你說的表結構還是表記錄的不同，表結構比較很簡單，從數據字典里讀出每個表的數據（包含欄位、類型、索引等等）形成文件，然後把兩個資料庫結構文件用對比工具就可以搞定，當然現在有很多的現行工具能夠將所有表結構形成文本文件（ORACLE如PL/SQL工具）；記錄的比較就需要你逐表寫SQL語句比較了或者將表裡的數據按照一定規則導出成文件比較