Ⅰ tbtools無法提取cds序列
（⽇常記錄）使⽤TBtools批量提取基因組中的CDS、UTR、
exon等
在分析基因組數據時，我們有時候只需要基因組中某個部位的信息，⽐如涉及編碼蛋⽩功能就只需要CDS序列，研究miRNA與mRNA互作時，只需要3『UTR序列，那麼如何簡單快速的得到基因組中的⽬標序列呢？今天就要⽤⼀個好⽤的數據分析⼯具TBtools。
⼀、准備基因組注釋⽂件以及序列⽂件：1、可從NCBI、ENSEMBL、GENCODE等資料庫中下載，本⽂以ensembl為例，打開ensembl資料庫，進⼊Downloads，點擊Downloading with rsync， Ensembl FTP site 選擇發布的基因組版本，以最新版本99為例
2、選擇fasta和gff3，選擇物種，下載基因組序列⽂件和gff注釋⽂件。⽐如homo，在序列下載時選擇primary或top均可，不要選rm和soft，會降低⽐對率（下載⼯具就不多說啦）
⼆、TBtools序列提取
2、打開TBtools，進⼊sequence toolkit，GFF3/GTF Manipulate，GXF Sequences Extract
3、⾸先，分別導⼊GFF⽂件和FASTA序列⽂件，再點擊initialize，初始化⽂件。初始化完成後，會跳出⼀個幫助⽤戶選擇feature的框，可直接關掉跳過（不懂GFF注釋結構的童鞋可以看⼀下 哈哈），然後軟體的Feature Tag就會出現以下可供選擇的序列區域啦，包括
mRNA，Lnc_RNA，CDS、3』UTR等，可⾃⾏選擇提取。
注意：
注意：因為TBtools有特定的函數程序，所以提取之前需提前設定好輸出的⽂件名，也就是在set an output fasta file出，除了選擇輸出⽬錄外。還需⼿動添加需要輸出的⽂件名(.fa)，最後，Start就可以啦，⼏分鍾之後就可以在輸出⽬錄下找到你的序列了。是不是特別簡單？^-^
￥
5
網路文庫VIP限時優惠現在開通,立享6億+VIP內容
立即獲取
（日常記錄）使用TBtools批量提取基因組中的CDS、UTR、exon等
（⽇常記錄）使⽤TBtools批量提取基因組中的CDS、UTR、
exon等
在分析基因組數據時，我們有時候只需要基因組中某個部位的信息，⽐如涉及編碼蛋⽩功能就只需要CDS序列，研究miRNA與mRNA互作時，只需要3『UTR序列，那麼如何簡單快速的得到基因組中的⽬標序列呢？今天就要⽤⼀個好⽤的數據分析⼯具TBtools。
⼀、准備基因組注釋⽂件以及序列⽂件：1、可從NCBI、ENSEMBL、GENCODE等資料庫中下載，本⽂以ensembl為例，打開ensembl資料庫，進⼊Downloads，點擊Downloading with rsync， Ensembl FTP site 選擇發布的基因組版本，以最新版本99為例
第 1 頁