A. 國際著名的三大蛋白質資料庫
國際著名的三大蛋白質資料庫有UniProt資料庫、The Human Protein Atlas資料庫、PhosphoSitePlus資料庫。
1、UniProt資料庫
蛋白組學常用資料庫UniProt（全稱UniProt Protein Resource），建立於1986年，由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白質資料庫聯合成立的，其信息量豐富、資源廣泛，是目前公認的首選免費蛋白質資料庫。
2、The Human Protein Atlas資料庫
The Human Protein Atlas內含近30000種人類蛋白質的組織和細胞分布信息，並提供免費查詢。
瑞典Knut&Alice Wallenberg基金會利用免疫組化技術，檢查每一種蛋白質在人類48種正常組織，20種腫瘤組織，47個細胞系和12種血液細胞內的分布和表達，其結果用至少576張免疫組化染色圖表示，並經專業人員校對和標引，保證染色結果具有充分的代表性。
3、PhosphoSitePlus資料庫
PhosphoSitePlus資料庫是一個由CST和NIH聯合開發的免費資源資料庫，總結歸納了海量通過科學研究發現的蛋白修飾位點，包括磷酸化、甲基化、乙醯化、泛素化等，並且包括一些CST公司發現但未發表的蛋白修飾位點。
該資料庫是動態的、開放的、高度互動並持續更新的。它有助於研究PTMs在正常和病理細胞/組織中的作用，同時它也是發現新的疾病標志物和葯物靶點的有力工具。
性能及歷史
蛋白質資料庫（HPDB），建於2005年5月，動態展示生物大分子立體結構，滑鼠點擊放大分子結構、原子定位、測定原子之間距離，可用於教學或科研。服務對象是能夠熟練使用中文的生命科學、醫學、葯學、農學、林學等領域的大中專學生、教師及科技工作者。
分子結構特徵描述採用漢語，同時提供英文原文以供考證。對於善於使用英文的讀者，我們提倡直接訪問RCSB PDB，一來可以減少網路擁擠，二來可以減少由於HPDB的翻譯不妥帶來的不便。
蛋白質資料庫（HPDB）對每個蛋白質分子結構說明部分做了中文翻譯（最新加入資料庫的分子除外），內容包括分子結構定性描述、樣品的來源、表達載體、宿主、化學分析方法、分子結構組成成分等。這些信息並同蛋白質分子結構數據存儲於資料庫，因此HPDB支持中文查詢。
蛋白質資料庫（HPDB）雖然翻譯了「分子結構說明」部分，但為了保證數據的可靠性和准確性，HPDB對一級結構序列及大分子結構坐標數據等未做任何改動，資料庫保持RCSB PDB核實後的原始實驗數據文件，並保持PDB文件格式和蛋白質分子編號。
B. 如何搜索蛋白質結構對應的dna結構
分子模擬||查找蛋白質結構方法經驗總結
唯理計算
來自專欄計算教程
有很多同學想做分子對接，卻苦於不知道該如何尋找蛋白質結構，今天就分享一些關於查找蛋白質結構的一些經驗。
01RCSB
RCSB（https://www.rcsb.org/）是由美國布魯克海文國家實驗室所維護的關於生物大分子三維結構的數據檔案，其內容包括生物大分子的原子坐標、參考文獻、1級和2級結構信息，也包括了晶體結構因數以及NMR實驗數據。
1）進入到網站內，在搜索欄中輸入想要檢索到的蛋白質名稱。可通過Advance Search增加篩選條件。
2）選擇和自己模擬目的相貼切的結構，通過對比該結構的分類、來源、解析方法等選擇合適的蛋白結構。亦可通過閱讀解析蛋白的文章，進一步確認該結構是否為自己所需。
3）下載結構
確認蛋白質為所需結構，點擊右上方的「Dowload Files」下載PDB格式的文件。
02Uniprot
Uniprot（https://www.uniprot.org/）被認為是收錄最廣泛和注釋信息最全面的蛋白質資料庫。由整合Swiss-Prot、 TrEMBL 和 PIR-PSD 三大資料庫的數據而成。他的數據主要來自於基因組測序項目完成後，後續獲得的蛋白質序列。它包含了大量來自文獻的蛋白質的生物功能的信息。
進入資料庫主頁，選定UniProtKB蛋白質資料庫，輸入檢索條目，選擇相應的蛋白質。可以看到詳細的信息解釋，還有一些交叉資料庫的鏈接，比如EMBL、RCSB等。
03NCBI
NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）是美國國家分子生物學信息資源中心，是全球最具影響力多的生物學網站之一。隨著NCBI資料庫不斷更新，NCBI成為科研工作者必不可少的工具。在主頁面可以看到，NCBI可以進行在線的序列比對、文獻下載、查找序列信息、分析序列等等。
1）搜索蛋白質。中括弧中為該蛋白的種屬信息，選擇合適的蛋白質查看詳情。
選定結構後，下載該蛋白的序列信息；
2）也可將搜索選項設置為「Structure」，搜索相關結構信息；
3）序列比對
得到相關蛋白序列後，也可通過「tblastn」模塊，比對相似序列。
04
其他相關資料庫
1）HMDB：人類代謝組資料庫（https://hmdb.ca/）於2007年首次發布，被認為是人類代謝研究的標准代謝組學資源，包含有關人類代謝物及其生物學作用、生理濃度、疾病相關性、化學反應、代謝途徑和參考光譜的綜合信息。
2）Ensembl是一個脊胡簡椎動物基因組的基因組瀏覽器態拍，支持比較基因組學、進化、序列變異和轉錄調控的研究。可查看下方鏈接了解：
http://ensemblgenomes.org/
和NCBI類似，如果你有一個蛋白基因，在這個網站上找到信息後，可以直接查看同源蛋白（ortholog和paralog），不需要blast。
3）CATH：對蛋白質結構進行層次分類，可查看下方鏈接了解：
http://cathdb.info/
4）SCOP：提供所有已知結構蛋白質之間的結構和進化關系的相關信息，可查看下方鏈接了解：
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/
分子模擬||查找蛋白質結構方法經驗總結
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有什麼關於醫生類的言情小說嗎？
小塵
「脫褲子。」對面的醫生小哥面無表情，一邊戴手套，一邊冷冰冰地說。我哦了一聲，乖乖把褲子脫到膝蓋。小哥皺眉看了我一眼，補充一句，「一隻腳脫出來。」我默默把褲子往地下扯。小哥一邊拿鉗子，一邊問我，「談了幾個男朋友？」我老老實實回答，「三個。」他又瞟了我一眼，突然莫名補充了一句，「同居了？」我搖頭，「沒同居過。」小哥啪地一下把鉗子又丟了回去，「穿褲子。」我：？？？我褲子都脫了，你就給我來這個？玩我呢。《推倒醫生的一百種方法》（已完結，保甜）1小哥回到辦公桌前，唰唰唰給我開檢查。「月經不調，白帶無異常，做個 B 超看看。注意飲食，不要熬夜，多鍛煉，少吃垃圾食品。」末了看了我一眼帆做羨，「尤其是外賣。」我就很好奇，他是怎麼知道我喜歡點外賣的。然而他並沒有給我時間反應，檢查單丟給我就按了下一號。「二樓繳費負一 B 超室排隊，檢查出來直接來找我，不用再掛號了，下一位。」最後一句是送客，懂了。我捏著病歷麻溜地滾了。我和趙初年的第一次相遇，起源於一句脫褲子，結束於一句去交錢。 當然，那是我以為的初次相遇。2檢查結果一切正常。我看著 B 超單上的無異常陰影字樣，再想想醫生辦公室外頭排的長隊，本著沒病不去浪費資源的節約精神，打算一走了之。結果 B 超室那位極其溫柔的護士姐姐，居然百忙之中硬是沖了出來，一路把我護送到了醫生辦公室門口。還極其熱情地幫我交了病歷本排隊。於是我又見到了讓我脫褲子的醫生小哥。還聽了他長達五分鍾的絮絮叨叨。從我作息不規律，說到我吃飯不積極，再說到我平時不鍛煉。簡直比我媽還過份。末了讓我掃他桌上的二維碼，關注醫院公眾號，定期來復檢。我滿口子謝謝醫生，保證聽話調整作息。出了醫生辦公室，我就當他說話是放屁。只要身體沒出問題，痛經就是絕症，定期聽唐僧念經就能治好了？那我還不如直接下一曲大悲咒在家裡循環播放。出了醫院大門，我想了想，給母上大人打了個電話，匯報了一下檢查結果。早兩年母上大人趙女士還會苦口婆心勸我多出去轉轉，比如參加一下公園的相親大會，遞一下自己的材料。最近倒是提得少了。不知道是她想開了，還是在背著我憋大招。3下了班，我孤獨寂寞地拎著兩盒兒烤串，回去接著加班畫稿子，最近剛接的私活兒。回到小區，電梯門要關上的一瞬間，突然伸進來一隻手，手指修長，指節分明，手掌白皙，肌理勻停。我的畫稿正好就缺這么一隻完美無缺的爪子。手指往樓層按鍵上移了一下，沒按樓層，直接按了關門鍵。我順著手往上看了一眼。對面小哥眉清目秀，氣質干凈，眼神清澈，一身正氣還自帶天然安全感。那一瞬間，我腦袋裡靈感就和火山噴發一樣，瞬間構思了七八張男上女下男下女上，窗檯上書桌上池塘邊荒漠里樹林中草地上各種不同場景醬醬釀釀的畫面。以至於他跟我解釋說他住 807 我都沒反應。用我們畫手圈的話來說，他真的是長了一張標標准準的，可適用於從古到今任何場景的，可攻可受可鹽可奶的通殺臉。對著這張臉，別說下飯了，他就是我行走的靈感啟動器，我的金飯碗。只可惜我慫，不敢明目張膽地看他。直到他走出電梯，按完 807 的密碼，我才從背影里反應過來，他就住我隔壁。門挨著門的那種。天助我也。有他當鄰居，我何愁畫稿沒男主？問題是，我總覺得這位小哥哥，好像在哪兒見過，有點眼熟。直到他開完門，冷不丁回過頭來，看了一眼我手裡拎的烤串。辛辣，刺激，上火，不健康。就在小哥垂眼的那一瞬間，我腦中突然電光火石般閃出一線清明。醫院，白大褂，口罩，以及絮絮叨叨讓我少吃外賣的，唐僧。我掛號的婦產科醫生就住我隔壁，請問我可以去敲他門，問他為什麼我的姨媽不規律嗎？我盯著那張脫下口罩帥得鬼斧神工的臉，鬼使神差地，沖他提起我的宵夜，並不過腦子地，發出了熱情洋溢的邀請。「要吃嗎，我多買了一盒，里頭有兩串腰花和三串韭菜，補腎的。」不出所料，他看我的眼神，活像在看一個二傻子。我恨不得直接把舌頭給咬下來。隔壁防盜門在我面前砰地一聲，關得死緊。4換了鞋子，給死黨王小小打電話。「我覺得我失戀了。」對面詭異地沉默了半晌，然後禮貌而剋制地問，「請問你什麼時候談的戀愛？」我理直氣壯。「五分鍾前，電梯里，我對一隻手的主人，一見鍾情。」電話里傳來嘟嘟嘟的忙音。半小時後，王小小拎著啤酒，風風火火按響了我家門鈴。「你這不叫失戀，叫單方面意淫男人然後還對他進行了精神侮辱，別人沒揍你那是他涵養好。」「有圖有真相，你說他帥得一筆，圖呢？」醫院里他全程口罩，電梯里驚鴻一瞥，接著我就用兩串腰花三串韭菜，乾脆利落地結束了我和我未來老公的浪漫邂逅。春天，是適合戀愛的季節。然而我的房間里，充斥著一股出師未捷身先死的失戀酸腐氣。我和我的醫生小哥哥之間，隔著一層薄薄的牆板，又像隔著千山萬水。王小小咬著烤串，化身戀愛導師，幫我一條一條梳理信息。「你搬來這里多久了？」「一年。」「一年了，你沒碰到過你鄰居？」「沒注意。」「隔壁有沒有雌性出沒過？」「不知道。」「隔壁干嗎的？」「婦產科醫生，我今天剛掛了他的號。」王小小看著我，恨鐵不成鋼。「留微信了嗎？」我老老實實地搖頭。王小小不死心。「那電話呢？」我繼續搖頭。王小小鍥而不舍。「名片你總拿了一張吧。」我羞憤欲死，搖頭×n王小小仰天長嘯，對我發出了發自肺腑的鄙視。「我閱男無數，怎麼會有你這么蠢的朋友。」我做小伏低，虛心求教斬男大法。王小小一個枕頭砸我腦袋上。「明天早上六點，不，五點你就起床，蹲在樓梯間，就是守，也要把他的出門時間守出來。」我舉一反三。「要不我現在就去樓梯間蹲著？」王小小翻了個白眼。王小小拿著我的電腦戳戳寫寫，為我量身制定追男神詳細計劃表。並且把脫單計劃投屏到了牆壁上。我洗耳恭聽，一一記牢，並定下八個鬧鍾，表示一定完成任務。王小小啃完我最後一串烤串，又風風火火走了。我點頭哈腰把她送上電梯，一回身，忽然一陣穿堂風刮來。我家防盜大門，砰地一下，就那麼在我眼皮子底下，無情無義地關上了。而我，站在初春微涼的樓梯間里，沒帶鑰匙，沒帶手機，還掛空擋。身上所有的裝備，包括且僅限於我的粉紅兔珊瑚絨睡衣，和我的泰迪熊抱枕。5807 的大門打開得猝不及防。暖黃色燈光從門內瀉出來，醫生哥哥那張可攻可受的臉，出現在了我面前。他應該是剛洗過澡，頭發看上去濕濕的，晶瑩剔透的水滴在發梢欲滴不滴，順著輪廓分明的側臉，滑落修長的脖頸，消失在睡衣 v 領的深處。再往下，是衣服里看不見但令人遐想無限的胸肌腹肌人魚線……同樣是睡衣，我穿在身上，裹得像個粽子；他穿在身上，禁慾又修身。我咕嘟一聲，默默吞了口口水。小哥哥好看的眉頭皺了起來。「你怎麼回事？」我蹲在地上，老老實實回答問題。「門關了，我沒帶鑰匙。」然後迅速補了一句。「也沒帶手機。」小哥似乎是嘆了口氣，側身讓出了門口的位置。「進來吧。」男神的房間就和他的人一樣，看上去禁慾又規整。醫生小哥指了指沙發，讓我坐。而我的肚子很不合時宜地，咕嚕叫了一聲。「沒吃晚飯？」我瘋狂搖頭，然後又拚命點頭，想了想，繼續瘋狂搖頭。並告訴男神我不餓。小哥哥站起來往廚房走，不知道是不是我的錯覺，我總覺得他笑了一下。「西紅柿雞蛋面行不行？」我抱著抱枕，一頓點頭。男神親自下面，別說放西紅柿，就是放一斤砒霜，我都能吃進去。男神家的廚房做成了開放式，我假裝看電視，實則隔三岔五透過玻璃門，盡情視奸醫生小哥做飯的銷魂背影。鮮紅的番茄炒出汁水，新嫩的雞蛋煎得剛好，面條軟硬適中，蔥花欲語還休。在清湯的熱氣中若隱若現蒸騰出的，不僅僅是面條的美味，還是我和男神揚帆起航的新開始。我舉著筷子，在心裡不停祈禱。讓過敏反應來得再慢一點。是的，我番茄過敏。在醫生小哥的注視下，我緩緩挑起一筷子面，英勇地送入嘴裡。一碗本該小鹿亂撞的面，硬是被我吃得心急如焚。不焚不行，臉癢著呢。我這邊祈禱醫生小哥家燈光昏暗，他看不清我的臉；那邊醫生小哥迅速抬手，在我臉上摸了一把。我：？？？我還沒動手呢，男神先揩我油？接著我就感受到了，來自身下，醫生小哥胸腔的震動。「你臉過敏了。」醫生小哥突然呼啦一下站起身來，轉身進了卧室。我頂著一張紅腫臉，站在男神家客廳里，十分茫然。卧室門再次打開時，醫生小哥穿戴整齊，沖我伸出手。「走吧。」我感覺我心都涼了。進男神家門還沒倆小時，就要被掃地出門了……我飽含熱淚地，離開了這塊讓我想長久逗留的土地。然後就一路被醫生小哥帶進電梯，扶進車庫，塞進副駕。6我表示非常茫然。「這是去哪？」男神系完安全帶，一扭車鑰匙。「醫院。」咦？到了醫院，掛號都省了。因為去的是他本醫院。我眼睜睜看著他和急診醫生簡單交流了兩句黑話，接著堂而皇之地在電腦前坐了下來，登錄自己的醫生賬號，建檔開葯一氣呵成，末了手機掃碼繳費。全程別說掛號，我連嘴巴都沒來得及張一下，葯就已經到手了。因為人急診醫生還幫他去了趟葯房。不僅替他去了葯房，臨走的時候還欲語還休地拍了拍他的肩膀，看著我的眼神意味深長。當然，這些我都已經不太想關心了。一直到他帶著我離開醫院大門，我滿腦袋轉悠的只有一個念頭。下次復診，我直接來醫院掛他急診行不行？這也忒方便了。小哥哥看著我一臉如喪考妣，又補了一句。「我就住你隔壁，你要復診，過來敲我門就行。」「穿睡衣也可以，夏天的比較好。就是，別再掛空檔。」我：！！！我覺得我耳朵應該沒幻聽。我和我家男神第二次相遇，他給了我一張，通往他家的長期門禁卡。並且嫌棄我，穿得太保守？7最後還是醫生小哥幫我打電話找開鎖，師傅一邊換鎖，一邊絮絮叨叨吐槽。說像我們這種小情侶同時被關外頭的情況，他一月碰好幾回。我的重點在於小情侶，其他一概不往心裡去。因為，醫生小哥就站在旁邊，他也，沒！否！認！換鎖換得我喜氣洋洋，滿面紅光。男神付錢，我拿鑰匙。然而門剛打開，我就傻了。王小小幫我寫的倒追男神攻略，此刻還安安靜靜投屏在客廳的牆上。而我的電腦，長期不鎖屏，所以……男神進門的時候，那份撩漢攻略，還正正地，打在牆上。明明白白，清清楚楚。「那什麼，我朋友寫小說的，這是她的大綱，大綱。」男神好像是看了一眼，又好像是沒看。半天，給了我一個評價。「你朋友小說里的女主角，比你聰明點。」我撲到沙發上拿起手機，打開二維，試圖引開男神的注意。「加個好友吧，我還你錢。」男神面無表情。「這個……好像我做不到。」我心如死灰。男神抬抬下巴，示意我自己看。「你給我的是付款碼。」最後我是怎麼和男神加上的好友，我已經不知道了。我是怎麼把男神送出門的，我也不知道了。只記得出門前，醫生小哥看著我，欲言又止。「不舒服就給我發消息，打語音也行，電話我寫在葯盒上了。」然後還補了一句。「我電話不關機，睡得挺淺的。」走的時候，他還幫我關上了門。他走了沒幾分鍾，微信叮地一亮。「早點休息，明天七點，送你上班。」送我上班？肯定句，沒問我意見。真·霸道醫生！我直呼嗚呼，果斷把他微信備注改為攻略對象，閉眼睡覺。過敏算個球，如果過敏能換得男神天天噓寒問暖，還車接車送，我恨不得我連空氣都過敏。8王小小約我晚飯火鍋局，目的是仔細盤問我推倒男神的進展。我毫不留情地拒絕了她，並表示今晚我還要跟男神約會，沒空。的確是沒空。為感謝男神，我特意買了蔬菜沙拉，打算給趙初年的晚飯添個菜。然而巴巴從下班回家就蹲守在門口，一直等到晚上九點。趙初年還沒回來。我乾脆連門都不關了，搬了個小板凳坐在門口，抱著手機想給他發微信。敲你好，刪掉。敲在不在，刪掉。敲葯多少錢我轉給你，還是刪掉。窮極無聊，最後點進他朋友圈，拉到最底下，從下往上翻。不是醫學論壇，就是院所宣傳，再不就是醫學文章科普轉發點贊。唯一一個異類，是他摟著一個膚白貌美、腿長腰細的小姐姐，笑得陽光燦爛。看定位是在本市名勝秋名山。再仔細看一下，小姐姐就是我照 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超時，給我遞紙巾的熱心護士姐姐。男神有女朋友了？說不定都不是女朋友，是老婆了。因為那條朋友圈顯示是在一年前。我抱著手機，耳邊叮地一聲，不是電梯上行的聲音，是我少女心碎了一地。「你怎麼坐在門口？」趙初年站在我面前，彎腰看我。我下意識把手機一鎖，搖頭。「沒事沒事，就想看看你回來了沒，昨天的葯費還沒轉給你呢。」趙初年往我黑漆漆的手機屏幕上瞟了一眼。「沒多少，過敏怎麼樣？」我哦了一聲，給他現場表演了一場左右開弓打臉大會。「沒事了，都消腫了。」趙初年又看了看我的臉。「注意點比較好，來我家吧。」然後還特意補了一句。「記得帶鑰匙。」我瘋狂搖頭，抱著凳子往家裡跑。「不了不了不了不了，大晚上的，你女朋友看到不好，我就不去了。」追男神可以，但撬牆角這種事情我還是干不出來。趙初年一把拽住我胳膊，「什麼女朋友？」我滑得和條泥鰍似的，哧溜一下從他手裡鑽出來，砰地一聲關了大門。趙初年在外頭敲門。我在里頭裝死。畫面像極了電視劇。女主角得了絕症，然後跟男主角分手，防盜門一關，女主角靠門坐著泣不成聲，門外男主角拿頭哐哐撞大牆。不過我肯定是沒有泣不成聲，門外男神肯定也沒有拿頭跟牆過不去。我坐在地上，盯著桌上一個金燦燦的擺件發呆。不是我想盯，實在是那玩意兒擺在桌上挺顯眼。土豪金上通紅通紅四個大字，見義勇為。底下還刻上了派出所的分局名字。從審美上來說，我其實不是很想給它擺在桌上。只不過這玩意兒沉甸甸的，放得又穩，拿來壓紙，簡直完美。我生平第一次運用我的運動神經見義勇為，不是抓小偷，而是抓人販。追人販的時候其實我並沒有多想，一腳把人販踹倒在地的時候，甚至還隱隱覺得我帥爆了。一直到王小小陪我去派出所錄口供，我才開始後怕。我一個獨居女性，萬一人販子還有同夥流落在外，給我惦記上了可怎麼好。所以我直接拒絕了事主當面感謝的要求，並拜託派出所把我信息給保密了。最後，事主托派出所送來了這么個實心人造水晶獎杯。淘寶定製，三十八元包郵。敲門聲響了十來分鍾，最後還是停了下來。隔壁家的鑰匙插進鎖孔的聲音特別明顯。門被打開，然後再關上。我只感覺渾身上下的力氣也隨著那聲關門，被抽了個乾乾凈凈。9王小小給我打電話，問我今天和男神的約會怎麼樣。我握著手機，問她今天的火鍋局還算不算數。死黨不愧是死黨，一句話就聽出了不對勁，當場踹掉她的小奶狗，過來陪我海底撈。我言簡意賅地給她描述了一下，什麼叫一陣風引發的慘案。王小小聽完，沖我豎起一根大拇指。「就你這操作，都能跟他勾搭上，他還給你做飯，送你就醫，包你售後，要不是你剛才說他有女朋友，我都覺得他對你有意思。」我否認三連。「不可能，他沒有，就是職業病。」醫生嘛，總不能眼睜睜看著我過敏無動於衷吧。他純粹就是職業素質好，道德水平高。好男人都是別人家男朋友。王小小摸著下巴，繼續對我窮追猛打。「那你是咋發現他有女朋友的？」我把相冊打開，給她看截圖。帥哥美女，四條白生生的大長腿，就連王小小都瞬間檸檬了一把。這還用得著我多說？王小小看著我，痛心疾首。「你居然現在才去翻他朋友圈？」我表示我那純粹是被美色迷了眼，完全忘了這一茬。王小小給我判了死刑，「你就好好單著吧，老老實實相親，靠你自己撩男人，沒戲。」隔壁桌非常恰到好處發出幾聲笑。護士小姐姐從隔斷小花盆後頭繞了出來，看著我笑眯眯。趙初年的臉就在護士姐姐旁邊。倆人並排坐著，我恍惚中，好像看到了顏值天花板。簡直配一臉。殺傷力極大。趙初年繞過隔斷，走到我身邊。「往裡讓讓。」我老老實實給挪屁股。好像還帶著一絲消毒水味兒的男人直接坐了下來。「不是說了，你過敏要吃清淡。」我拿筷子往油碟里戳。「忘了。」護士小姐姐把腦袋湊到王小小耳邊嘀咕了兩句。然後這沒良心的就見色忘義，眉開眼笑地坐去了隔壁桌。倆人還喊來服務員，換了個台，離我離得遠遠的。我差點沒把腦袋埋進火鍋湯里。趙初年往桌上擺出一張身份證，接著在第一張身份證旁邊，擺了第二張身份證。我斜著眼睛偷瞄。第一張身份證，性別男，姓名趙初年。要麼說男神就是男神，身份證照都好看。第二張身份證，性別女，姓名趙初雲。嗯？怎麼跟男神名字是一套？最關鍵的是，照片上那張臉，也很好看。好看得跟護士小姐姐一毛一樣。趙初年慢條斯理地給我解釋。「那是我姐，親姐，她兒子都四歲半了。」「那天給你看急診的，是我堂哥，已婚。」合著你全家都一個醫院上班。我一把搶過身份證，又是側光又是摳表面，拿出鑒定人民幣的架勢，試圖鑒定證件真偽。男神在旁邊給我加註解，「是真的。」我看看身份證，又看看他，再看看身份證，心花怒放。當然，嘴上我是不會承認的。「你跟我說這個干嗎？」趙初年從我手裡拽過辣碗，換了個干凈油碟，「告訴你我沒女朋友，也沒結婚。」我默默往卡座角落裡縮。趙初年繼續承擔了話題擔當。「我今天臨時加了台手術，所以回來晚了。」我一邊往嘴裡塞金針菇，一邊偷瞄趙初年。修長的手指配上冰冷的手術刀，那畫面感，簡直了。「回去我來你家，抗過敏葯我看著你吃完。」我往嘴裡塞蝦滑。「明天我繼續送你上班？」我把清湯鍋里象徵性的食材全撈完了。趙初年看著我嘆氣，「你不說話，我就當你同意了。」我裝死失敗，被逼得不得不開口，「同意什麼？」「同意明天我送你上班。」我：……就這？你身份證都掏了，就給我聽個這？我還以為你要說同意我們原地結婚呢。白高興了。這頓火鍋，我主吃，趙初年負責給我涮菜，一頓飯吃得我尷尬得，能摳出個三室一廳。更何況拐角那桌，護士小姐姐和王小小兩雙精光四射的八卦之眼，只差沒把我這桌給瞪穿了。直到趙初年問我吃飽了沒，我從善如流，表示吃得很飽。他抄起平板來要結賬。這我能同意？那一瞬間我手速暴漲，掃碼輸密碼一氣呵成。而為了搶單用力過猛，我整個人基本上是撲在平板上的。平板在趙初年手裡。四捨五入，就好像我在他懷里一樣。王小小沖我比大拇指。那意思我知道，姐們兒牛。趙初年好像是笑了一下，又好像沒有。他喊我回家，我瀕死掙扎，說要跟死黨交代一聲。然而反抗未果。不僅反抗失敗，反而還一腳踩滑，結結實實把自己摔在了趙初年腿上。趙初年往王小小那桌看了一眼，告訴我，我的死黨跟她的姐姐一見如故，二人決定在此把鍋言歡，再吃一輪。我決定回去就拉黑王小小這根牆頭草。趙初年一路扶著我往電梯走。嗯，就是我想的那種扶。他一手托著我胳膊肘，一手虛攬我的腰，隱隱還有點以借力為借口，把我往他懷里帶的趨勢。我偷摸動了動腳踝，不痛不腫，「腳沒事。」趙初年哦了一聲，我腰上懸著的那隻手鬆開去按電梯，另一隻手改扶為牽。電梯里就我跟他兩個人。觀光梯外星光璀璨，燈火通明。觀光梯內他就站在我身邊，胳膊若有若無地貼在我身邊，圈住我手腕的手掌乾燥有力。一時之間我竟然能夠聽到自己的心跳。砰砰砰砰砰，砰砰砰砰砰。回到家，丫又很自覺地跟著我進了屋，還坐在我旁邊，一邊倒水拿葯，一邊跟我閑聊天，語氣還賊輕松。趙初年盯著我吃完葯，完了還特順手地在我手背上輕輕拍了一下。「好了，早點休息，明天早上七點我來叫你。」說完這句話，悠哉悠哉地回去了。10我一頭霧水地掏出手機給王小小發微信。我：你不是人！你沒有心！小小愛吃酸菜魚：你個大屁眼子！就這種來往程度，說你們沒有半年以上的姦情，老娘都不信！我：我用你的人品對天發誓，我去醫院是頭一回見他，他還戴了口罩。小小愛吃酸菜魚：不，我不信，從今天開始，你在我心裡不是顧小秋了，你是顧鈕祜祿氏心機秋。我問她趙初年這到底是什麼意思。對方回了我個白眼，說這是想泡我的意思。我：！！！我覺得這真的不可能。除了言情小說，而且是古早言情小說，現實中沒有哪個女主角能靠著賣蠢來得到男神青睞的。憑什麼？就因為我住在他隔壁？王小小問我是不是有病，指責我太過於凡爾賽。有這么個優質漢子追我，我居然還患得患失了。並表示換成她，現在就去敲男神房門，假裝浴室壞了借廁所洗澡,再假裝忘帶浴袍成功拿到男神睡衣,再然後,就可以順理成章來一場源自生命的乾柴烈火大和諧。好吧，我承認我慫，我不敢。王小小說我送上門的男神不立刻撲倒，這年頭居然還想著放長線釣大魚。小心魚跑了哦。我抱著手機，內心天人交戰，要不要試試王小小說的方法。但總覺得這跟我風格好像不太合適，更何況我又不是沒在他面前穿過睡衣。王小小給我極力鼓吹睡衣大法好，從男性天然的保護欲說到征服感再說到荷爾蒙多巴胺，總而言之就是一句話。試試我不虧。最後，我抱著試一試的心態，拔了熱水器的插頭，然後給趙初年發消息，說我熱水器放不出熱水了。三分鍾後，我家門被敲響。趙初年拎著一個工具箱走了進來。「哪壞了？」我當場傻了。他一個學醫的，為什麼還能修熱水器？我支支吾吾說放不出熱水。趙初年先去廚房關了水閥，然後看了一眼我家熱水器。接著面無表情地幫我插上插頭，示意我去開水閥，再試試。我羞憤欲死，表示不用試了，是我忘了插插頭。趙初年意味深長地看了我一眼。賞了我五個字。「床上躺著去。」我：哎哎哎？熱水器不是修完了嗎？我一臉迷茫，看著趙初年。他大大方方地看著我，不僅看著我，還一步一步往我面前走。我抄著我的小抱枕，就這么被他逼到了牆角，又轉到了卧室，最後被按著坐在了床上。趙初年俯下身子，嘴唇貼著我的耳朵，聲音帶著些喑啞的磁性。「不要關門，等我一下。」」我縮進被子里，面紅耳赤，腦內全都是脖子以下不可描述的醬醬釀釀畫面。趙初年往自己家轉悠了一圈，不知道拿了個什麼東西過來。男神的手隔著被子在拍我的背。「你自己來還是我來？」我死抱著被子不撒手。被子外頭是包裝被拆開的聲音。好像還有什麼東西被撕了下來。再然後，一隻手把被子掀開了一個角，另一隻手伸進來。把暖寶寶，正正貼在了我的衣服上。我：？？？我褲子都打算脫了，你就給我貼個暖寶寶？我呼地一下掀開被子。趙初年抖著肩膀笑了個夠，又盯著我，看了好一陣子。半晌，對面的男人輕輕嘆了口氣。把手放在我腦袋上，呼嚕了一下我原本就挺亂了的一頭毛。「本來不想這么快的。」哎？什麼這么快？我十臉蒙圈。趙初年就又嘆了口氣。「早點睡吧。」這回輪到我急了。「你話別說一半，到底什麼這么快？」
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C. 我們生物化學講到蛋白質的內容，想問一下一個名詞，什麼叫「蛋白質三級結構的資料庫」
蛋白質結構可以進行預測。通過已知氨基酸序列，利用計算的手段預測蛋白質的二級結構和空間三維結構。
目前蛋白質結構資料庫 PDB中所存儲的蛋白質三維結構主要通過X 射線晶體衍射和核磁共振成像技術，蛋白質的結構檢測比序列檢測要難得多。
D. 蛋白質三維結構資料庫的介紹
蛋白質結構資料庫(Protein Data Bank,簡稱PDB)是美國紐約Brookhaven國家實驗室於1971年創建的。為適應結構基因組和生物信息學研究的需要，1998年10月由美國國家科學基金委員會、能源部和衛生研究院資助，成立了結構生物學合作研究協會(Research Collaboratory for Structural Bioinformat-ics,簡稱RCSB)。PDB資料庫改由RCSB管理，目前主要成員為拉特格斯大學(Rutgers University)、聖地亞哥超級計算中心(San Diego Supercomputer Cen-ter,簡稱SDSC)和國家標准化研究所(National Insti-tutes of Standards andTechnology,簡稱NIST)。和核酸序列資料庫一樣，可以通過網路直接向PDB資料庫提交數據。
E. uniref90是蛋白資料庫嗎
PDB，protein data bank.主要就是蛋白質的晶體三維結構的資料庫，特別是球蛋白。三維結構就是由一級結構折疊而成的。
F. 如何知道一條蛋白質序列在PBD資料庫中有沒有3D結構
1。在NCBI或者BLAST中找到這段序列所在蛋鉛螞白質的名稱，以及其它所有用過的名字或者別名棗激搏
2。在PDB中搜索這凳祥些名字或名稱，看有沒有存在的結晶結構, 大多數是NMR的或者X-ray的。
3。不放心的話，可以在string啦，或者其他的資料庫中找相關的鏈接，看看有沒有PDB的相關標號，就是4位由數字和字母混合成的晶體結構標號。
4。幾方面一綜合，就知道有沒有了。不過如果不是關鍵蛋白質的話不要抱太大的希望，結晶難度很大，所以存在的晶體結構不是很多的，沒有晶體結構的3D結構都是預測或者推測的，不作數。
以上
G. 常用的查詢蛋白質結構以及序列的資料庫主要有哪些
1. PIR和PSD
PIR國際蛋白質序列資料庫(PSD)是由蛋白質信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質序列資料庫(JIPID)共同維護的國際上最大的公共蛋白質序列資料庫，可在這里下載。這是一個全面的、經過注釋的、非冗餘的蛋白質序列資料庫，其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質序列。所有序列數據都經過整理，超過99%的序列已按蛋白質家族分類，一半以上還按蛋白質超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結構、基因組和文獻資料庫的交叉索引，以及資料庫內部條目之間的索引，這些內部索引幫助用戶在包括復合物、酶－底物相互作用、活化和調控級聯和具有共同特徵的條目之間方便的檢索。每季度都發行一次完整的資料庫，每周可以得到更新部分。
PSD資料庫有幾個輔助資料庫，如基於超家族的非冗餘庫等。PIR提供三類序列搜索服務：基於文本的互動式檢索；標準的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；結合序列相似性、注釋信息和蛋白質家族信息的高級搜索，包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索GeneFIND等。
2. SWISS-PROT
SWISS-PROT是經過注釋的蛋白質序列資料庫，由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。資料庫由蛋白質序列條目構成，每個條目包含蛋白質序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗餘序列，並與其它30多個數據建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。
利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的資料庫。SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。
3. PROSITE
PROSITE資料庫收集了生物學有顯著意義的蛋白質位點和序列模式，並能根據這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質序列應該屬於哪一個蛋白質家族。有的情況下，某個蛋白質與已知功能蛋白質的整體序列相似性很低，但由於功能的需要保留了與功能密切相關的序列模式，這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點、配體結合位點、與金屬離子結合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質結合的區域等；除了序列模式之外，PROSITE還包括由多序列比對構建的profile，能更敏感地發現序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相關檢索服務。
4. PDB
蛋白質數據倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結構數據檔案庫，由美國Brookhaven國家實驗室建立。PDB收集的數據來源於X光晶體衍射和核磁共振(NMR)的數據，經過整理和確認後存檔而成。目前PDB資料庫的維護由結構生物信息學研究合作組織(RCSB)負責。RCSB的主伺服器和世界各地的鏡像伺服器提供資料庫的檢索和下載服務，以及關於PDB數據文件格式和其它文檔的說明，PDB數據還可以從發行的光碟獲得。使用Rasmol等軟體可以在計算機上按PDB文件顯示生物大分子的三維結構。
5. SCOP
蛋白質結構分類(SCOP)資料庫詳細描述了已知的蛋白質結構之間的關系。分類基於若干層次：家族，描述相近的進化關系；超家族，描述遠源的進化關系；折疊子(fold)，描述空間幾何結構的關系；折疊類，所有折疊子被歸於全α、全β、α/β、α＋β和多結構域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗餘的ASTRAIL序列庫，這個庫通常被用來評估各種序列比對演算法。此外，SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫，通過與這個庫中序列的兩兩比對，可以找到與未知結構序列遠緣的已知結構序列。
6. COG
蛋白質直系同源簇(COGs)資料庫是對細菌、藻類和真核生物的21個完整基因組的編碼蛋白，根據系統進化關系分類構建而成。COG庫對於預測單個蛋白質的功能和整個新基因組中蛋白質的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某個蛋白質與所有COGs中的蛋白質進行比對，並把它歸入適當的COG簇。COG庫提供了對COG分類數據的檢索和查詢，基於Web的COGNITOR服務，系統進化模式的查詢服務等。
H. 化學信息資料庫的類型有哪些
1.劍橋結構資料庫（,CSD）（英國）
2.無機晶體結構資料庫（,ICSD）（德國）
3.蛋白質資料庫（TheProteinDataBank,PDB）（美國）
4.JCPDS－國際衍射數據中心的粉晶資料庫（JCPDS-,JCPDS-ICDD）（美國）
5.開放晶體結構資料庫（CrystallographyOpenDatabase,COD）
資料庫全稱是指英國皇家化學學會，是一個國際權威的學術機構，是化學信息的一個主要傳播機構和出版商，其出版的期刊及資料庫一向是化學領域的核心期刊和權威性的資料庫。該協會成立於1841年，是一個由5.4萬名化學研究人員、教師、工業家組成的專業學術團體，出版的期刊及資料庫一向是化學領域的核心期刊和權威性的資料庫。RSC期刊大部分被SCI收錄，並且是被引用次數最多的化學期刊，2016年平均影響因子為6.109，其中高於5.0的期刊超過40%，類型包括期刊、電子書、過刊文獻、文摘資料庫以及免費的ChemSpider化學專業搜索引擎，是學術研究的重要信息來源。RSC支持IOS與安卓系統應用程序。
I. discoverystudio如何單獨移動配體
在Discovery Studio（DS）中，可以直接構建分子結構，也可用其他繪制軟體繪制完成後，導入至DS中打開。（推薦大家使用ChemOffice軟體進行小分子的繪制，並轉為3D結構，保存為.mol2格式）①點擊View>Toolbars>Sketching，調出Sketching功能。隨後創建一個新的分子窗口用來繪制結構，如下圖，或者點擊File>New>Molecular Window；
②藉助Sketching繪制化合物的3D空間構象點擊View>Toolbars>View調出更多工具欄，使用上方工具進行結構繪制；
可以選中某個碳原子，選擇菜單欄Chemistry>Element更換原子類型。
隨後選擇菜單欄點擊Structrue>Clean Geometry優化該化合物的幾何三維結構。2.小分子配體結構優化
很多時候我們需要處理多個配體結構，我們可以使用DS進行統一處理，進行加氫、能量最低化等。利刃君這里是使用ChemOffice畫好了結構，點擊File>Open打開畫好的結構，一共有52個小分子；
在工具瀏覽器中，展開點擊Small Molecules>Prepare or Filter Ligands>Prepare Ligands， 打開相應的流程參數設置面板；設置Input Ligands 參數為52structures:All，即表示對所有的小分子進行處理，其餘參數一般設置默認值即可；
參數設置完成後，點擊Run即可運行任務，任務完成需要一點時間；
任務完成後，彈出如下窗口，點擊Report，打開報告界面，可以看到一些處理信息；
點擊View Results，可觀察處理後的分子結構，此時小分子即處理完畢。
另外，如果需要添加立場對小分子進行結構優化，可點擊Small Molecules|Minimize Ligands>Full Minimization，選擇所有小分子，點擊Run即可批量優化小分子結構。
二、蛋白處理
1.蛋白結構的導入
①通過DS直接從PDB資料庫中下載
需要電腦聯網，點擊菜單欄File>Open URL可出現下圖對話框，直接輸入蛋白ID號（PDB編號），點擊Open即可。
②從蛋白質晶體結構資料庫PDB中下載後導入
PDB資料庫網址：http://www.rcsb.org/
利刃君這里以TRK-A蛋白為例，下載其晶體結構，編號為6PL1。打開PDB網址後，在搜索框輸入6PL1，點擊Go即可；
我們可以在搜索結果上看到該晶體結構的諸如解析度、來源、序列、共晶化合物等相關信息。點擊Dowload Files>PDB Format，即可下載該蛋白晶體結構的PDB格式文件；然後從File 中直接打開下載好的本地文件。
2.蛋白質結構處理
從系統視圖中選中水分子Water，點擊鍵盤Delete 刪除（水分子一般不保留，除非有特殊需求，如水分子作為蛋白與配體之間的橋梁）。
註：可通過快捷鍵Ctrl+H 打開系統視圖，Ctrl+T 打開表格視圖。
隨後，我們需要對蛋白質進行去除蛋白多構象，補充非完整的氨基酸殘基，為蛋白加氫等處理。在工具瀏覽器中，點擊Macromolecules>Prepare Protein>Clean Protein即可完成對蛋白質的處理。
另外，在顯示窗口中點擊滑鼠右鍵選擇Display Style，可改變蛋白質的顯示類型、顏色、光照等，這些內容大家可以按自己意願進行更改即可。
以上就是利刃君為大家帶來的使用Discovery Studio 2016軟體進行小分子配體及蛋白准備的教程啦~