motif資料庫_蛋白質序列資料庫包含哪些內容

『壹』蛋白質資料庫的內容

Protein Sequence Databases: Antibodies: Sequence and Structure
BRENDA: Enzyme database
CD Antigens: Database of CD antigens
dbCFC: Cytokine family database
Histons: Histone sequence database
HPRD: Human protein reference database
InterPro: Intergrated documentation 5resources for protein families
iProClass: An integrated protein classification database
KIND: A non-rendant protein sequence database
MHCPEP: Database of MHC binding peptides
MIPS: Munich information centre for protein sequences
PIR: Annotated, and non-rendant protein sequence database
PIR-ALN: Curated database of protein sequence alignments
PIR-NREF: PIR nonrendent reference protein database
PMD: Protein mutant database
PRF: Protein research foundation, Japan
ProClass: Non-rendant protein database
ProtoMap: Hierarchical classification of swissprot proteins
REBASE: Restriction enzyme database
RefSeq: Reference sequence database at NCBI
SwissProt: Curated protein sequence database
SPTR: Comprehensive protein sequence database
Transfac: Transcription factor database
TrEMBL: Annotated translations of EMBL nucleotide sequences
Tumor gene database: Genes with cancer-causing mutations
WD repeats: WD-repeat family of proteins Protein Structure Databases: Cath: Protein structure classification
HIV Protease: HIV protease database 3D structure
PDB: 3-D macromolecular structure data
PSI: Protein structure initiative
S2F: Structure to function project
Scop: Structural Classification of Proteins Protein Domains, Motifs & Signatures: BLOCKS: Multipe aligned segments of conserved protein regions
CCD: Conserved domain database and search service
DOMO: Homologous protein domain families
Pfam: Database of protein domains and HMMs
ProDom: Protein domain database
Prints: Protein motif fingerprint database
Prosite: Database of protein families and domains
SMART: Simple molar architecture research tool
TIGRFAM: Protein families based on HMMs Others: Phospho Site: Database of phosphorylation sites

『貳』怎麼在ubuntu上安裝oracle資料庫

安裝Oracle所需要的依賴包
sudo apt-get install automake
sudo apt-get install autotools-dev
sudo apt-get install binutils
sudo apt-get install bzip2
sudo apt-get install elfutils
sudo apt-get install expat
sudo apt-get install gawk
sudo apt-get install gcc
sudo apt-get install gcc-multilib
sudo apt-get install g++-multilib
sudo apt-get install ia32-libs
sudo apt-get install ksh
sudo apt-get install less
sudo apt-get install lesstif2
sudo apt-get install lesstif2-dev
sudo apt-get install lib32z1
sudo apt-get install lio1
sudo apt-get install lio-dev
sudo apt-get install libc6-dev
sudo apt-get install libc6-dev-i386
sudo apt-get install libc6-i386
sudo apt-get install libelf-dev
sudo apt-get install libltdl-dev
sudo apt-get install libmotif4
sudo apt-get install libodbcinstq4-1 libodbcinstq4-1:i386
sudo apt-get install libpth-dev
sudo apt-get install libpthread-stubs0
sudo apt-get install libpthread-stubs0-dev
sudo apt-get install libstdc++5
sudo apt-get install lsb-cxx
sudo apt-get install make
sudo apt-get install openssh-server
sudo apt-get install pdksh
sudo apt-get install rlwrap
sudo apt-get install rpm
sudo apt-get install sysstat
sudo apt-get install unixodbc
sudo apt-get install unixodbc-dev
sudo apt-get install unzip
sudo apt-get install x11-utils
sudo apt-get install zlibc

謹慎起見，最好都執行一遍。
3、檢查系統變數
/sbin/sysctl -a | grep sem

/sbin/sysctl -a | grep shm

/sbin/sysctl -a | grep file-max

/sbin/sysctl -a | grep aio-max

/sbin/sysctl -a | grep ip_local_port_range

/sbin/sysctl -a | grep rmem_default

/sbin/sysctl -a | grep rmem_max

/sbin/sysctl -a | grep wmem_default

/sbin/sysctl -a | grep wmem_max

然後根據上面命令中得到的參數值在/etc/sysctl.conf中增加對應數據，比如：
fs.aio-max-nr = 1048576
fs.file-max = 6815744
kernel.shmall = 2097152
kernel.shmmax = 536870912
kernel.shmmni = 4096
kernel.sem = 250 32000 100 128
net.ipv4.ip_local_port_range = 9000 65500
net.core.rmem_default = 262144
net.core.rmem_max = 4194304
net.core.wmem_default = 262144
net.core.wmem_max = 1048586

運行一下命令更新內核參數：
sysctl –p

4、添加對用戶的內核限制
添加對dong用戶的內核限制在 /etc/security/limits.conf 文件中增加以下數據,注:其中dong是我ubuntu系統的普通用戶
dong soft nproc 2047

dong hard nproc 16384

dong soft nofile 1024

dong hard nofile 65536

dong soft stack 10240

5、查看/etc/pam.d/login，增加以下行（有了就不用增加了）：
session required pam_limits.so
同樣檢查/etc/pam.d/su，沒有以下行就自己加上：
session required pam_limits.so
6、創建需要的文件夾
makdir ~/tools/oracle11g

7、為Oracle配置環境變數
#oracle安裝目錄，第6步創建的文件夾
export ORACLE_BASE=/home/dong/tools/oracle11g
#網上說可以隨便寫
export ORACLE_HOME=$ORACLE_BASE/proct/11.2.0/dbhome_1
#資料庫的sid
export ORACLE_SID=orcl
export ORACLE_UNQNAME=orcl
#默認字元集
export NLS_LANG=.AL32UTF8
#環境變數
export PATH=${PATH}:${ORACLE_HOME}/bin/:$ORACLE_HOME/lib64;

8、欺騙oracle的安裝程序
Oracle本身並不支持ubuntu來安裝，所以要進行欺騙oracle的安裝程序（sudo執行）：
mkdir /usr/lib64
ln -s /etc /etc/rc.d
ln -s /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 /lib64/
ln -s /usr/bin/awk /bin/awk
ln -s /usr/bin/basename /bin/basename
ln -s /usr/bin/rpm /bin/rpm
ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libc_nonshared.a /usr/lib64/
ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpthread_nonshared.a /usr/lib64/
ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 /lib64/
ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 /usr/lib64/

echo 'Red Hat Linux release 5' > /etc/RedHat-release

9、下載Oracle安裝程序
從oracle官網上下載Linux x86的那兩個文件(64位系統就下Linux x86-64)，解壓後得到database文件夾。
10、安裝Oracle
進入database文件夾，為runInstaller文件賦予可執行許可權
chmod 777 runInstaller

11、安裝過程可能遇到的問題
一、Oracle安裝界面亂碼解決方法
執行:
exportNLS_LANG=AMERICAN_AMERICA.UTF8
export LC_ALL=C

二、Error in invoking target 『install』 of makefile 『/home/dong/tools/oracle11g/proct/11.2.0/dbhome_1/ctx/lib/ins_ctx.mk』. See 『/home/dong/tools/oraInventory/logs/installActions2015-01-22_09-39-03AM.log』 for details.
解決方法如下：
使用rpm安裝這個glibc-static-2.17-55.el7.x86_64.rpm資源，安裝即可，下載見http://www.linuxidc.com/Linux/2015-01/112247.htm
然後點擊retry ，接著往下執行
注:這是網上提供的解決方案，我的系統安裝失敗，我直接跳過了

三、Error in invoking target 『agent nmhs』 of makefile 『/home/dong/tools/oracle11g/proct/11.2.0/dbhome_1/sysman/lib/ins_emagent.mk』
解決方法：
打開新的終端窗口
使用vi命令，打開/home/dong/tools/oracle11g/proct/11.2.0/dbhome_1/sysman/lib/ins_emagent.mk文件，將$(MK_EMAGENT_NMECTL)修改成$(MK_EMAGENT_NMECTL)-lnnz11 即可，
然後點擊retry ，接著往下執行
四、Error in invoking target 『all_no_orcl』 of makefile 『/home/dong/tools/oracle11g/proct/11.2.0/dbhome_1/rdbms/lib/ins_rdbms.mk』. See 『/home/dong/tools/Inventory/logs/installActions2016-03-19_02-37-44PM.log』 for details.
解決辦法：
打開一個新的終端，輸入如下四個命令：
sed -i 's/^$TNSLSNR_LINKLINE.*\$(TNSLSNR_OFILES)$ $\$(LINKTTLIBS)$/\1 -Wl,--no-as-needed \2/g' $ORACLE_HOME/network/lib/env_network.mk
sed -i 's/^$ORACLE_LINKLINE.*\$(ORACLE_LINKER)$ $\$(PL_FLAGS)$/\1 -Wl,--no-as-needed \2/g' $ORACLE_HOME/rdbms/lib/env_rdbms.mk
sed -i 's/^$\$LD \$LD_RUNTIME$ $\$LD_OPT$/\1 -Wl,--no-as-needed \2/g' $ORACLE_HOME/bin/genorasdksh
sed -i 's/^$\s*$$\$(OCRLIBS_DEFAULT)$/\1 -Wl,--no-as-needed \2/g' $ORACLE_HOME/srvm/lib/ins_srvm.mk
然後在圖形界面點擊『Retry』就能繼續安裝了。
五、然後按照安裝程序提示最後執行兩個腳本:
sudo /home/dong/tools/Inventory/orainstRoot.sh
sudo /home/dong/tools/oracle11g/proct/11.2.0/dbhome_1/root.sh

『叄』 Oracle企業管理器(OEM)常見問題解答

OracleEnterpriseManager(Oracle企業管理器簡稱OEM)是通過一組Oracle程序為管理分布式環境提供了管理服務 OEM包括了一組DBA工具一個repository 以及一個圖形化顯示的控制台 OEM控制台與每一個伺服器上的智能化代理(IntelligentAgent)相對應智能化代理能夠監控系統的特定事件並且執行任務（作業）就象你在系統本地一樣事件和作業的結果會被送回控制台這樣可以在一個地方管理所有的系統 OEM與ServerManagerMotif相比有以下優點）從適用范圍看 OEM可以同時監控管理多個系統上的多個資料庫因而特別適合分布式環境而ServerManager只能監控管理一個資料庫）從管理對象看 OEM可以監控管理節點資料庫和監聽進程（listener）而ServerManager只能監控資料庫）從適用版本看 OEM可以同時監控管理Oracle x和 x 而從版開始 ServerManager已不存在本文主要介紹一些OEM的常見問題及其解決方法 Q OEM資料庫工具組的功能是什麼？ A OEM資料庫工具組是一組使DBA能夠通過GUI界面管理Oracle資料庫的工具包括以下工具 DataManager（數據管理器）這工具使你能夠象載入數據一樣執行數據的export/import SchemaManager 這工具使你能夠在資料庫中管理對象可以用於創建修改和刪除tables indexes views snapshots sequences等等 SecurityManager（安全性管理器）這工具使你能夠管理用戶角色許可權及profiles StorageManager（存儲管理器）這工具允許你創建和修改表空間數據文件和回滾段 InstanceManager（實例管理器）這工具允許你關閉啟動實例並且存儲和管理資料庫參數 SQL*Worksheet 這工具使你能夠運行或創造SQL腳本並且存慎察儲在硬碟上你能使用這工具重現最後執行的語句同時檢查顯示到屏幕上的執行結果 BackupManager（備份管理器）這工具允許你管理備份和恢復為Oracle 和Oracle 資料庫在Oracle 此工具支持EnterpriseBackupUtility(EBU) 在Oracle 此工具支持恢復管理器RecoveryManager SofareManager（軟體管理器）這允許你將遠程軟體安裝到支持這一特性的遠程伺服器 Q 作業狀態一直為提交未變為預定（scheled） A 作業在OEM控制台創建並旦拿且到被通過SQL*net送至智能化代理一旦當智能化代理接受作業請求會發送一個通知回到OEM控制台狀態變化到預定如果狀態從未從提交變化到預定那代理程序可能沒有收到作業請求確定代理程序是否已經啟動確定SQL*net和OEM是否已經適當配置 Q 作業狀態一直為預定未變為運行 A 當代理程序開始運行作業的時候會發送一個通知回到OEM控制台狀態變化到已發送或啟動如果作業狀態一直為預定而無變化那可能是代理程序不能打開一個socket回到OEM控制台原因可能是TCP/IP問題或代理程序沒有足夠許可權去派生一個進程來運行作業在伺服器端使用主機名來Ping控制台以此確定TCP/IP不存在問題確認運行作業的資料庫用戶具有dba connect resource許可權 Q 運行作業出錯錯誤信息為 FailedtoAuthenticateUser A 在NT系統上你必須把 Logonasabatchjob 許可權授予登錄用戶然後在OEMPreferredCredentials中設置此用戶如果代理程序是一個 x的代理程序那這個用戶必須是一個本地的NT用戶不能為一個DOMAIN用戶在Unix系統上代理程序的許可權應為 rwsr xr xrootdba dbsnmp s 許可權意味著dbsnmp進程將用root用戶的許可權運行當這許可權設置以模孝搭後作業將由在OEM控制台的PreferredCredentials窗口中設置的用戶運行確認在OEM控制台的PreferredCredentials窗口中設置的用戶在伺服器上有合適的登錄權利 Q 客戶能創建自己定義的事件嗎? A 在OEM x中客戶不能創建自己定義的事件這將是OEM x的一個新特性然而你能創建一個運行TCL腳本的作業能通過使用TCL命令orareportevent觸發一個事件有關orareportevent的進一步信息請參閱OEM應用開發者手冊 Q 在控制台上資料庫顯示為紅色的圓圈和斜線表示資料庫已關閉然而資料庫是正在運行的 A 如果資料庫監聽進程或節點顯示為紅色的圓圈和斜線 OEM控制台是在試圖通知你服務已關閉如果服務未關閉你需要在事件窗口中單擊 OutstandingEventstab 並將通知移動至歷史記錄這應該從導航（navigator）和地圖（map）窗口中清除關閉提示 Q 怎樣創建OEMRepository？ A OEMRepository是在Oracle 或Oracle 資料庫中的一組表這些表存儲了通過OEM控制台圖形化瀏覽的信息在OEM x結構中這些表存儲在一個特定的用戶下並且不能與另外的用戶共享在OEM x 應該用一個非 system 用戶登錄來運行腳本SMPCRE SQL 此用戶必須有connect resource和dba許可權在OEM x 初次激活OEM控制台圖標時將自動地創建Repository 如果已存在一個早期版本的repository 會提示更新表如果沒有OEM表會提示創建表 Q 怎樣自定義OEM工具欄？ A 如果要設定OEM工具欄應在工具欄上按右鍵選擇Customizetab 你能編輯工具欄項目的名字刪除項目或添加項目如果在Databasetab上單擊可以進入logoncredentials 為每資料庫選擇一個默認值輸入項 Q 當登錄至OEM控制台時得到以下錯誤信息 VOC Failuretoobtaininterfacelogin A 原因是OEM通信後台進程不能打開一個與Repository的連接確認TCP/IP配置正確以及是否通信後台進程的預設參數已被修改（使用DaemonManager） Q 當使用OEM控制台時得到以下錯誤信息 VOC Not connected to ORACLE A 原因是OEMRepository所在資料庫已關機或是連接資料庫的服務發生了網路故障 Q 當使用SYSDBA登錄至OEM控制台時得到以下錯誤信息 VOC ORA Tableorviewdoesnotexist A 用戶登錄至OEM控制台的預設角色是NORMAL 如果你需要作為SYSDBA連接應該在PreferredCredentials窗口中設置CONNECTASSYSDBA選項 lishixin/Article/program/Oracle/201311/17696

『肆』求：一些好的有關於自然科學的英文網站！

『伍』蛋白質序列資料庫包含哪些內容

蛋白質資料庫

1. PIR和PSDPIR國際蛋白質序列資料庫(PSD)是由蛋白質信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質序列資料庫(JIPID)共同維護的國際上最大的公共蛋白質序列資料庫。這是一個全面的、經過注釋的、非冗餘的蛋白質序列資料庫，包含超過142,000條蛋白質序列(至99年9月)，其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質序列。所有序列數據都經過整理，超過99%的序列已按蛋白質家族分類，一半以上還按蛋白質超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結構、基因組和文獻資料庫的交叉索引，以及資料庫內部條目之間的索引，這些內部索引幫助用戶在包括復合物、酶－底物相互作用、活化和調控級聯和具有共同特徵的條目之間方便的檢索。每季度都發行一次完整的資料庫，每周可以得到更新部分。

PSD資料庫有幾個輔助資料庫，如基於超家族的非冗餘庫等。PIR提供三類序列搜索服務：基於文本的互動式檢索；標準的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；結合序列相似性、注釋信息和蛋白質家族信息的高級搜索，包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索GeneFIND等。

PIR和PSD的網址是：http://pir.georgetown.e/。

資料庫下載地址是：ftp://nbrfa.georgetown.e/pir/。

2. SWISS-PROT

SWISS-PROT是經過注釋的蛋白質序列資料庫，由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。資料庫由蛋白質序列條目構成，每個條目包含蛋白質序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗餘序列，並與其它30多個數據建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。

利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的資料庫。

SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。

SWISS-PROT的網址是：http://www.ebi.ac.uk/swissprot/。

3. PROSITE

PROSITE資料庫收集了生物學有顯著意義的蛋白質位點和序列模式，並能根據這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質序列應該屬於哪一個蛋白質家族。有的情況下，某個蛋白質與已知功能蛋白質的整體序列相似性很低，但由於功能的需要保留了與功能密切相關的序列模式，這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點、配體結合位點、與金屬離子結合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質結合的區域等；除了序列模式之外，PROSITE還包括由多序列比對構建的profile，能更敏感地發現序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相關檢索服務。

PROSITE的網址是：http://www.expasy.ch/prosite/。

4. PDB

蛋白質數據倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結構數據檔案庫，由美國Brookhaven國家實驗室建立。PDB收集的數據來源於X光晶體衍射和核磁共振(NMR)的數據，經過整理和確認後存檔而成。目前PDB資料庫的維護由結構生物信息學研究合作組織(RCSB)負責。RCSB的主伺服器和世界各地的鏡像伺服器提供資料庫的檢索和下載服務，以及關於PDB數據文件格式和其它文檔的說明，PDB數據還可以從發行的光碟獲得。使用Rasmol等軟體可以在計算機上按PDB文件顯示生物大分子的三維結構。

RCSB的PDB資料庫網址是：http://www.rcsb.org/pdb/。

5. SCOP

蛋白質結構分類(SCOP)資料庫詳細描述了已知的蛋白質結構之間的關系。分類基於若干層次：家族，描述相近的進化關系；超家族，描述遠源的進化關系；折疊子(fold)，描述空間幾何結構的關系；折疊類，所有折疊子被歸於全α、全β、α/β、α＋β和多結構域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗餘的ASTRAIL序列庫，這個庫通常被用來評估各種序列比對演算法。此外，SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫，通過與這個庫中序列的兩兩比對，可以找到與未知結構序列遠緣的已知結構序列。

SCOP的網址是：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/。

6. COG

蛋白質直系同源簇(COGs)資料庫是對細菌、藻類和真核生物的21個完整基因組的編碼蛋白，根據系統進化關系分類構建而成。COG庫對於預測單個蛋白質的功能和整個新基因組中蛋白質的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某個蛋白質與所有COGs中的蛋白質進行比對，並把它歸入適當的COG簇。COG庫提供了對COG分類數據的檢索和查詢，基於Web的COGNITOR服務，系統進化模式的查詢服務等。

COG庫的網址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG。

下載COG庫和COGNITOR程序在：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/COG。

motif資料庫

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