1. 國際著名的三大蛋白質資料庫
國際著名的三大蛋白質資料庫有UniProt資料庫、The Human Protein Atlas資料庫、PhosphoSitePlus資料庫。
1、UniProt資料庫
蛋白組學常用資料庫UniProt(全稱UniProt Protein Resource),建立於1986年,由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白質資料庫聯合成立的,其信息量豐富、資源廣泛,是目前公認的首選免費蛋白質資料庫。
2、The Human Protein Atlas資料庫
The Human Protein Atlas內含近30000種人類蛋白質的組織和細胞分布信息,並提供免費查詢。
瑞典Knut&Alice Wallenberg基金會利用免疫組化技術,檢查每一種蛋白質在人類48種正常組織,20種腫瘤組織,47個細胞系和12種血液細胞內的分布和表達,其結果用至少576張免疫組化染色圖表示,並經專業人員校對和標引,保證染色結果具有充分的代表性。
3、PhosphoSitePlus資料庫
PhosphoSitePlus資料庫是一個由CST和NIH聯合開發的免費資源資料庫,總結歸納了海量通過科學研究發現的蛋白修飾位點,包括磷酸化、甲基化、乙醯化、泛素化等,並且包括一些CST公司發現但未發表的蛋白修飾位點。
該資料庫是動態的、開放的、高度互動並持續更新的。它有助於研究PTMs在正常和病理細胞/組織中的作用,同時它也是發現新的疾病標志物和葯物靶點的有力工具。
性能及歷史
蛋白質資料庫(HPDB),建於2005年5月,動態展示生物大分子立體結構,滑鼠點擊放大分子結構、原子定位、測定原子之間距離,可用於教學或科研。服務對象是能夠熟練使用中文的生命科學、醫學、葯學、農學、林學等領域的大中專學生、教師及科技工作者。
分子結構特徵描述採用漢語,同時提供英文原文以供考證。對於善於使用英文的讀者,我們提倡直接訪問RCSB PDB,一來可以減少網路擁擠,二來可以減少由於HPDB的翻譯不妥帶來的不便。
蛋白質資料庫(HPDB)對每個蛋白質分子結構說明部分做了中文翻譯(最新加入資料庫的分子除外),內容包括分子結構定性描述、樣品的來源、表達載體、宿主、化學分析方法、分子結構組成成分等。這些信息並同蛋白質分子結構數據存儲於資料庫,因此HPDB支持中文查詢。
蛋白質資料庫(HPDB)雖然翻譯了「分子結構說明」部分,但為了保證數據的可靠性和准確性,HPDB對一級結構序列及大分子結構坐標數據等未做任何改動,資料庫保持RCSB PDB核實後的原始實驗數據文件,並保持PDB文件格式和蛋白質分子編號。
2. 癌細胞全部轉錄本有那些庫可以查,TERRA轉錄本可以查到么
癌細胞全部轉錄氏襪滾本的資料庫有很多,如TCGA (The Cancer Genome Atlas)、CCLE (Cancer Cell Line Encyclopedia)、HGMD (Human Gene Mutation Database) 等。這些資料庫都整合了大殲餘量的癌症組織和細胞系的轉錄組測序數據,提供了基因表達水平、突變情況、染色體重排、分子亞型等信息,可以為癌症研究和治療提供參考。
至於TERRA轉錄本是否能被查詢到,則取決於所使用的資料庫。
舉例來說,TCGA資料庫中包含了 TERRA 轉錄本的表達信息,可以通過 TCGA 數據門戶網站進行檢索與下載。而其它一好遲些資料庫可能沒有包含 TERRA 的信息,需要具體查詢。