Ⅰ 如何從基因組資料庫中挖掘目標基因
最簡單，但是未必最有效的辦法，但是最快
抽個樣本，把你的目標基因打上標記，然後建立一個模型，比如決策樹等等
模型質量不錯的情況下跑全庫，然後找出分類結果為你目標分類的記錄
Ⅱ 請教千人基因組資料庫中的一些問題~~~~~求前輩詳細指教
vega:vertebrate genome annotation database;
HUGO:Human Genome Organization;
HGNC:The HUGO Gene Nomenclature Committee;
ENSEMBL:http://ke..com/view/2028023.htm;
CCDS:The consensus coding sequence;
括弧里註明的是該基因詮釋的來源----不同的資料庫。
圖中最左邊的是Y染色體，右面的三列應該是做的統計。
第一列，genes和known genes表示在Y染色體對應的位置基因的數量，已知基因用紅色柱，所有基因用空心柱，紅色柱越長表示該區域的基因我們了解的越精細。
第二列，是統計DNA的GC含量和重復序列的比例，各有符號表示，根據顏色可辨別。
第三列，是統計突變位點，柱的長短代表了該區域的DNA的突變幾率的大小。
Ⅲ 基因組資料庫里的文件怎麼用
在NCBI上下的基因組資料庫，有5種文件格式，分別是.asn .fa .gbk .gbs .mfa！
Ⅳ 人類基因組資料庫結構
科學家認為，人類基因組計劃是與曼哈頓原子計劃、阿波羅登月計劃並稱的人類科學史上的重大工程。它由美國政府於1990年10月正式啟動，後有德、日、英、法、中等6個國家的科學家先後正式加入，有16個實驗室及1100名生物科學家、計算機專家和技術人員參與。該計劃已繪制出覆蓋率達97％的人類基因組「工作框架圖」，並將在2001年6月前繪制出更高覆蓋率的「完成序列圖」。
人類基因組計劃國際組織中國合作者、中科院遺傳所人類基因組中心主任楊煥明教授介紹說，基因，是決定一個生物物種的所有生命現象的最基本的因子。決定一個物種之所以是這個物種，是由它的遺傳信息決定的，而遺傳信息的載體，就是DNA（脫氧核糖核酸）。DNA就是基因的實體。 楊煥明說，人類的遺傳物質是DNA，它的總和就是人類基因組，人體估計有6―10萬個基因，由大約30億鹼基對組成，分布在細胞核的23對染色體中。人類基因組計劃是用大撒網的方法，將人的所有基因一網打盡，即測定人類基因組的全部DNA序列，從而解讀所有遺傳密碼，揭示生命的所有奧秘。這項計劃一旦完成，我們將清楚地了解一個人為什麼會成為色盲，為什麼會發胖、禿頂，易患這種疾病而不是另外的疾病等等。正由於此，它是一項改變世界、影響到我們每一個人的科學計劃。
國家人類基因組南方研究中心主任、中科院院士陳竺說，人類基因組計劃為推動醫學進步帶來了空前的機遇。一般而言，某一致病基因被發現後，數月內即可用於診斷。疾病的基因診斷有可能發展成醫學的重要分支和實現產業化。隨著人類基因組向「完成序列圖」的目標進行，以揭示基因組功能及調控機制為目標的功能基因組學以及醫學（疾病）基因組學也已提上了議事日程。科學家預測，在未來10―20年裡，人類將解讀所有模式生物、模式基因組和代表生物的遺傳密碼。截至2000年4月15日，人類基因組計劃已對29種微生物、麵包酵母、大腸桿菌和線蟲進行了100％測序，對果蠅的測序接近100％，對小鼠的全基因組測序工作也全面展開。人類基因組計劃還對幾十種病原微生物的基因組進行了序列測定，如與胃病發生密切相關的幽門螺桿菌，引起肺病的結核桿菌和引起梅毒的螺旋體等等基因組測序都已完成，為闡明這些疾病發生的分子機理，設計診斷、治療和預防的新方法提供了可能性。
中科院遺傳所人類基因組中心副主任於軍教授長期在美國最具實力的基因組中心工作。他認為，人類基因組計劃使基因組學再生，也使其走出了「象牙塔」，成為生命科學乃至生物技術及相關產業的先遣學科。
我國1999年7月在國際人類基因組HGSI注冊，中科院遺傳所人類基因組中心與國家人類基因組南方中心（上海）和北方中心（北京）共同承擔了國際人類基因組大規模測序任務的1％，即3號染色體短臂從D3S3610至端粒的30Mb區域上3000萬個鹼基對的測序任務，是參與此項計劃的唯一發展中國家。今年4月份我國完成了1％人類基因組測序「工作框架圖」的構建，與世界同步進入了第二階段：「完成序列圖」，把人類基因組整體序列的准確率提高到99．99％。據了解，我國已成為參與測序的全球16個基因組中心裡的十強之一。
來自法、德、日、中、英、美的16個中心的科學家組成國際人類基因組測序協作組，其中位於美、英的五個最大的基因組中心測定了82％的基因組序列。
測序協作組遵循百慕大原則――所有大於2000個鹼基對的序列都必須在24小時內遞交到國際基因資料庫中。數據公開，資源共享。
人類基因組原計劃用15年時間即到2005年完成全部30億鹼基對序列測定，但由於它在科學上的巨大意義和商業上的巨大價值，使得這一計劃完成時間一再提前。1998年對原計劃進行了修改，宣布提前兩年即2003年完成序列測定。今年5月10日，又將「完成序列圖」完成時間再提前兩年，即2001年6月全部完成。而實際上基因組序列的產出在過去的一年裡迅速增長，超過60％的序列是在最近的六個月中測定的。在這段時間里，各國科學家每天24小時不斷的工作，每秒共測定1000個鹼基。這使得「工作框架圖」序列的質量與數量都遠遠超出了原來預期。
繪制「工作框架圖」的全部資金大約為3億美元，其中1．5億是由美國衛生院資助的，有報道說這一數字30億，這是指人類基因組計劃啟動時估計歷時15年耗資總數。
科學家指出，雖然已完成了97％的工作框架圖，仍不能鬆懈，因為「完成序列圖」准確率要求更高，工作更加細致，測序難度也更大。
我們面對的是一個生物世紀，或更准確地說，生物技術世紀、基因世紀。伴隨克隆羊「多利」的誕生和人類基因組計劃的實施，關於生命倫理的討論已經廣泛而深入的展開。傑里米·里夫金（J．Rifkin）的新作《生物技術世紀——用基因重塑世界》試圖從歷史和自然哲學的角度，在經濟社會的整體構架中，探討生命科學和信息科學的合流將帶來的革命性變化。里夫金用「基因術」（Algeny）來隱喻生物技術世紀中人與自然打交道的方式。基因術是一種技術，但技術決不僅僅是科學的應用。技術作為本質先行，是一種哲學框架，規范和昭顯人與自然的關系。這里，基因術與煉金術（Alchemy）構成發人深省的比照關系。Alchemy來自阿拉伯語，意為圓滿，後者源自古希臘語「轉變的藝術」（theartoftransmutation）。煉金術士認為一切物質都在自然生長，「所有金屬都處在變為黃金的過程中」，他們確信，通過對自然魔力的體悟，人不僅可以在實驗室里模仿、而且可以加速和改造這一過程，以達到更高的圓滿。如今的基因術士認為生物界共享一個「基因庫」，物種作為基因的載體以潛在的形式存在，是非實體的。用精緻的實驗操作可以將基因分離、修飾和重組，構建出更優化的生物體。技術革命同時也是一場思想革命，在基因術的蓋覆和彰顯之下，人和自然在何種命運中交錯？
基因術所開辟的世界是祛魅世界的延續；基因術所開辟的世界也是工業革命塑造的世界的延續；賦予生命專利標志著商業化世界的徹底完成。
基因術所開辟的世界是祛魅世界的延續。第一次科學革命拋棄了「自然是一個活的有機體」的希臘自然觀，萬物不再保有靈魂，自然不再秉有魔力。物質由微粒構成，其運動是萬有引力定律支配下的「僵死」的物理運動。現代化學的創立源自道爾頓的「原子論」，而不是長期實踐的煉金術；同樣，當代生物學不是博物學傳統的延續，甚至不以達爾文的進化論為開端，它發軔於1953年沃森和克里克對生物遺傳物質結構的破譯。DNA雙螺旋模型是一個物理化學模型，至此，還原主義終於深入了柔韌的生命領域內部，「我們這個星球上最偉大的秘密」（吳國盛語）在分子水平開始得到解釋。正是這一發現，使「基因」與「靈魂」、「隱得來希」、「普紐瑪」、「阿契厄斯」、「原型」等眾多活力論、有機論的用語區別開來，世界又剝除了一層（如果不是最後一層的話）魔力迷霧的籠罩。植物育種不再是美國園藝學家伯班克對櫻桃樹的喃喃自語，基因術士們要做得更多——將一切透明化和外在化是其目標。經過他們視線的透視，一切可以真正「一眼望到底」。物種的界限不再神聖不可侵犯，基因像一枚枚聽話的棋子，只要符合一定的游戲規則，就可以任由人類在不同物種間安插。人類基因組計劃的實施預示著每個人都將擁有自己的遺傳檔案，生物晶元作為遺傳篩查的方法大規模進入醫學檢測之後，每個人都能遠眺自己的生物學未來，即使是概率性質的。這種透明化趨勢的極端表現在建造人造子宮的想法上。子宮黑暗而溫暖，是新生命的孕育之所，是最古老感情的維系之處。而當代醫學家卻認為子宮是一個危險和有害的環境，「應該盡可能把未來的兒童置於可以被觀察和受保護的地方」，以便使胚胎生活在可預測的環境中，及時進行遺傳糾正。這種自然的透明化和外在化進一步消解了世界的神秘魅力。
基因術所開辟的世界也是工業革命塑造的世界的延續。人類將生產改造後的有機活體。延續下來的是標准化、可組裝的批量生產方式。世界上不僅有兩片相同的葉子，克隆技術還將大規模生產遺傳構成均一的哺乳動物生物個體。在醫學研究和生物工業中，不僅是整體，生物體的部分也成為了製造的對象，這是將生命還原為化學材料的必然後果。器官移植已被器官製作的概念代替：在體外的三維塑料構架中，種下種子細胞，以收獲完整的功能性器官。這種思維模式中，生物整體被拆分為可替代的零部件，與流水線生產出來的可組裝的機器沒有區別。在這個意義上，第一次科學革命所允諾的「動物是機器」和「人也是機器」終於得到兌現。
賦予生命專利標志著商業化世界的徹底完成。始於五百年前的歐洲圈地運動使社會經濟關系發生了重大改變，土地不再是「地母」的寬廣懷抱，而變成了可以分割佔有的商品；人被降格為勞動力（如今被稱為人力資源）；時間變為價值的量度。隨之而來的是一部分公有資源（如公海、大氣層、電磁頻率）的被圈佔，成為可以買賣的私有資產。如今更是登峰造極。在農業和制葯領域，大量經過微小遺傳修飾的遺傳工程生命形式被認為是人類的發明，紛紛被授予專利，甚至包括有特殊價值細胞的簡單分離和建立純系，甚至包括人類的大約十萬個基因。正如里夫金所說：「國際上把進化了數百萬年的生物遺傳藍圖轉化為私有知識產權的努力，既代表著五百年來商業化歷史的完成，也標志著大自然留下的最後公有疆地的終結。」這種專利保護的法律行為提供了商業社會的運轉所必需的保證，商業力量一旦啟動，則完成了權力的移交。素樸學術的聲音越來越微弱，評估和討論也愈加不可能，一切都將淹沒在商業化世界的單極指向中。在這個世界中，自然是身外之物，只有使用價值，而完全失去了內在價值。
基因術士們正昂首邁進「美麗的新世界」。但同時，另一種道路也向我們敞開著。這條路通向一個完整的生物圈，生物在每一層次上與環境發生整合。
我們面對的是一個生物「新」世紀嗎？似乎我們還在「換湯不換葯」的老路上走著：機械工業框架下的線性還原思維，再加上商業社會的絢麗包裝。還有沒有其它的選擇？
里夫金認為生物革命和信息革命的匯合將提供新的出口。這種匯合不是工具層面上的：計算機處理大量生物學數據或者採用生物材料製作新型晶元，而是概念構架的重合。懷特海的過程哲學是一個開端，他認為生物在與環境發生作用時，以某種方式「預見未來」，從而不斷地調節自己的行為，以適應環境的變化。維納的「控制論」提供了科學界更容易接受的模型，一個系統通過信息流動和反饋作用來維持自身。越來越多的生物學家把生物體看作信息系統，工程領域和生命科學領域的術語開始混用。尤其在分子水平，基因被看作是數字化的，遺傳物質與計算機的軟體系統沒有什麼區別，它在生物體內的運作依賴環境信息的輸入。在進化的層次上，同樣出現了新的思維方式。懷特海把進化看作「向創新的創造性擢升」；普里高津認為耗散結構的正反饋作用有可能在復雜性更高的水平上重新組織自身，這種更高的復雜性也就是生物對信息處理過程的改進。新生的「復雜性科學」把生命看作一個復雜性系統，一個層次的混沌行為將在下一個層次產生不可預測的秩序。生物不是完全被動地等待自然選擇的生殺予奪，而是一個具有主動性的自組織過程。進化被視為生物在與環境的信息交流中不斷增強的計算能力。
一個新的出口總是雙向的，它通向不同的自然觀和技術方式。基因術士們正昂首邁進「美麗的新世界」，他們認為，人類已進化到這種境地，以至於可以作為重塑自然的設計師來繼續生命未來發展的創造性進程。生命的歷史性被簡單取消，擺脫了時間和空間的限制，生命無限伸展著可能性。但同時，另一種道路也向我們敞開著。這條路通向一個完整的生物圈，生物在每一層次上與環境發生整合，人與自然榮辱與共，休戚相關，唇亡齒寒，著眼於此的生態學應該為生態農業和預防醫學提供發展的空間。在這樣一個宏大系統中，人不能想到就干，畢竟還有很多想不到或者即使想到也無法控制的東西，在化學污染和核污染之後，難道我們還能支付得起遺傳污染的代價嗎？
面前的這個生物世紀既給了我們「最甜蜜的希望」，又給了我們「最隱秘的恐懼」。這絕不是一次價值無涉的「科學發現」之旅，也不是一次自由無限的「藝術創造」之旅，人類仍圍困在現代技術賦予我們的命運中，經歷著量的開掘和擴張，而不是質的采擷和持守。
《生物技術世紀——用基因重塑世界，》
Ⅳ ncbi基因組資料庫包括了哪些文件
NCBI對BLAST進行了全新的改版，推出了最新的web BLAST report。在最新的BLAST比對結果頁面中，「圖形化概要(Graphic Summary)」、「具體描述(Descriptions)」以及「序列比對(Alignments)」等部分頁面都可以展開和收起。此外，網頁上還提供了「結果輸出格式選項(Formatting)」和「結果下載選項(download)」，在下載選項中還新增了CSV格式下載。這樣，讀者可以輕松地將BLAST的比對結果輸入到表格處理軟體中去。另外，BLAST比對結果頁面上的「Alignments」部分還提供了每一條命中序列在Entrez Gene中的相關信息，這些信息包括基因名稱、來源物種以及在PubMed資料庫中與該基因有關條目的數目等。
Ⅵ NCBI 有宏基因組資料庫嗎
biocyc有，我下了一個60G的，還沒有看。
NCBI也應該有，畢竟是美國政府資助的
Ⅶ 核酸序列資料庫和基因組資料庫的區別
核酸序列資料庫（genbank）和基因組資料庫（ensemble）的區別：
1、GenBank
是一個有來自於70,000多種生物的核苷酸序列的資料庫。每條紀錄都有編碼區（CDS）特徵的注釋，還包括氨基酸的翻譯。GenBank屬於一個序列資料庫的國際合作組織，包括EMBL和DDBJ。
2、Ensemble資料庫可為葯物研發提供超過167,000種生物活性化合物包括化學結構在內的必要信息。本資料庫利用用戶容易掌握的界面將數據、文本和圖象資料有機地結合起來，便於查詢。Ensemble可從葯品專利開始，再通過其臨床前和臨床研究資料，直至注冊信息、市場概況及其他方面的相關資料來跟蹤葯物。資料庫每月更新一次，每年增加約10,000
種新化合物。
Ⅷ 中國DNA資料庫建立了嗎
中國DNA資料庫建立了。
中國國內的，在偵破案件上使用DNA技術，是很早就有的，但是真正的DNA系統是最近10年間才發展起來的。中國國內的DNA資料庫系統，有數據量大，增長量快，比對復雜等特點。
目前主流公安機關使用的DNA系統 ，是由北京海鑫高科技有限公司和遼寧省公安廳刑事科學研究所共同研究的項目。該項目也列入了國家」十五「科技課題和公安廳的」金盾計劃「。
針對近幾年拐賣兒童案件逐年上升的趨勢，公安部又組織開發建立了全國公安機關「打拐」DNA資料庫，使許多被拐賣的孩子和家裡親人得以團聚。
(8)基因組資料庫擴展閱讀：
中國DNA資料庫始建於新世紀初，國家九五科技攻關項目法庭科學DNA資料庫建設關鍵技術、國產化DNA試劑的研製等項目相繼執行，標志著我國DNA資料庫建設啟動，而在公安機關打拐專項行動中建立全國打拐DNA資料庫並實現異地查詢，則標志著我國DNA資料庫進入建設實施階段。
至2010年12月，全國公安機關共建立了312個DNA實驗室，其中283個與國家庫聯網，DNA數據總量達700餘萬份，居世界第2位，日均破案150餘起。
參考資料來源：網路-DNA資料庫
參考資料來源：網路-DNA資料庫
Ⅸ DNA資料庫的EMBL
歐洲生物信息學研究所(European Bioinformatics Institute, EBI)創建的一個核酸序列資料庫。EMBL的數據來源主要有兩部分，一部分由科研人員或某些基因組測序機構通過計算機網路直接提交，另一部分則來自科技文獻或專利(Stoesser等, 1998)。EMBL與DDBJ、GenBank建有合作關系，他們分別在全世界范圍內收集核酸序列信息，每天都將新發現或更新過的數據相互交換。
DNA資料庫的規模正在以指數方式增長，平均不到9個月就增加一倍。1998年1月，EMBL中收錄的序列數已超過一百萬，包括15,500個物種，其中模式生物的序列佔50%以上，它們包括人類(Homo sapiens), 線蟲(Caenorhabditis elegans)，啤酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)，小鼠(Mus musculus)和擬南芥(Arabidopsis thalania)。
可以利用序列查詢系統 SRS(Sequence Retrieval System)從EMBL資料庫中提取有關信息(Etzold等，1996年)。SRS序列查詢系統通過超文本鏈接將DNA序列資料庫和蛋白質序列、功能位點、結構、基因圖譜以及文獻摘要MEDLINE等各種資料庫聯系在一起。利用EBI網站提供的BLAST或FastA程序，可以對EMBL資料庫進行未知序列同源性搜索。