A. 如何從ncbi上下載database
因此NCBI 的分類學資料庫不是一個系統發育或分類學的「專家資料庫」（Wheeler et al., 2000）。 獲取序列所對應的分類學信息有兩種方法。 一種方法，從NCBI 網站下載gi與taxid 對應表，在Taxonomy 資料庫的FTP 地址下載。這個目錄下有多個壓縮文件，其中針對Windows 操作系統的兩個針對蛋白質序列和核苷酸序列的壓縮文件分別是gi_taxid_prot.dmp.gz 和gi_taxid_nucl.dmp.gz 文件。這兩個文件都只有兩列，左邊為gi 號，右邊為Taxid。由於這些文件非常大，因此用瀏覽器來打開這些文件幾乎是不可能的。隨著時間的推移，這兩個文件會越來越大，不過速度不會是指數增長的，並且在美國東部時間的每個星期一2：00 am NCBI 會對其進行更新。 對於Windows 用戶還有一個文件稱為taxmp.zip 文件。文件解壓縮後包括1 個*.prt 文件和6 個*.dmp 文件。Gencode.dmp 文件保存有不同的密碼子表，與同目錄的gc.prt 聯合使用；merged.dmp 是保存有合並的taxid 號的對應表；nodes.dmp 是結點信息；division.dmp 是較大的幾個分類；names.dmp 結點名稱信息，每個id 對應多行。這些數據被Phylogenie 軟體包中的blammer 程序用於構建進化樹。 利用ftp 地址的連接利用Http 或ftp 方式將文件下載到本地，通過本地程序或腳本搜索文本，來建立gi 號與Taxid 之間的聯系（圖）。這種方法比較適合於在線服務的Web 形式的程序，通過在本地不斷地及時更新程序就可以完成這項工作。 第二種方法是對Taxonomy 資料庫進行API 分析。
B. 如何在geo資料庫找想要的資料庫
1、首先GEO資料庫是個什麼鬼呢？
GEO資料庫全稱GENE EXPRESSION
OMNIBUS，是由美國國立生物技術信息中心NCBI創建並維護的基因表達資料庫。它創建於2000年，收錄了世界各國研究機構提交的高通量基因表達數據，也就是說只要是目前已經發表的論文，論文中涉及到的基因表達檢測的數據都可以通過這個資料庫中找到。
2、那GEO資料庫有哪些檢索入口呢？
最常用的有兩種方式，如果你知道GSE編號可以通過網址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo直接進入，具體編號介紹文件下載方法見：https://www.omicsclass.com/article/1100
另外一種就是通過NCBI主頁的入口基因搜索下載。通常是不知道GEO編號，通過樣品類型，實驗處理，平台信息等搜索篩選想要的GEO數據：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，進入NCBI主頁，搜索數據選擇GEO DataSets，如果搜索某個基因表達量可選擇GEO Profiles。