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生物有關的資料庫

發布時間: 2022-04-22 03:35:43

1. 知網 中國生物醫學資料庫 pubmed 谷歌 哪個更好啊更實用

提供CNKI源資料庫、外文類、工業類、農業類、醫葯衛生類、經濟類和教育類多種資料庫。其中綜合性資料庫為中國期刊全文資料庫、中國博士學位論文資料庫、中國優秀碩士學位論文全文資料庫、中國重要報紙全文資料庫和中國重要會議文論全文資料庫。每個資料庫都提供初級檢索、高級檢索和專業檢索三種檢索功能。高級檢索功能最常用。
PubMed 提供生物醫學方面的論文搜尋以及摘要。它的資料庫來源為MEDLINE。其核心主題為醫學,但亦包括其他與醫學相關的領域,像是護理學或者其他健康學科。它同時也提供對於相關生物醫學資訊上相當全面的支援,像是生化學與細胞生物學。這搜尋引擎是由美國國立醫學圖書館提供,作為 Entrez 資訊檢索系統的一部分。
本人認為查閱中文文獻可以用CNKI,英文的Pubmed不錯,highwire也可以。西文生物醫學期刊裡面有許多SCI的文章,很值得借鑒。

2. 生物專業這些資料庫怎麼能不知道

免費的生物信息資料庫,我知道的有ncbi(美國國立生物技術信息中心),很權威。有關生物信息資料庫,最好是進一些學校或者科研單位,因為他們一般要買一些資料庫的。

3. 常用的查詢蛋白質結構以及序列的資料庫主要有哪些

1. PIR和PSD
PIR國際蛋白質序列資料庫(PSD)是由蛋白質信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質序列資料庫(JIPID)共同維護的國際上最大的公共蛋白質序列資料庫,可在這里下載。這是一個全面的、經過注釋的、非冗餘的蛋白質序列資料庫,其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質序列。所有序列數據都經過整理,超過99%的序列已按蛋白質家族分類,一半以上還按蛋白質超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結構、基因組和文獻資料庫的交叉索引,以及資料庫內部條目之間的索引,這些內部索引幫助用戶在包括復合物、酶-底物相互作用、活化和調控級聯和具有共同特徵的條目之間方便的檢索。每季度都發行一次完整的資料庫,每周可以得到更新部分。
PSD資料庫有幾個輔助資料庫,如基於超家族的非冗餘庫等。PIR提供三類序列搜索服務:基於文本的互動式檢索;標準的序列相似性搜索,包括BLAST、FASTA等;結合序列相似性、注釋信息和蛋白質家族信息的高級搜索,包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索GeneFIND等。
2. SWISS-PROT
SWISS-PROT是經過注釋的蛋白質序列資料庫,由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。資料庫由蛋白質序列條目構成,每個條目包含蛋白質序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等,注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗餘序列,並與其它30多個數據建立了交叉引用,其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。
利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的資料庫。SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質序列,序列提交可以在其Web頁面上完成。
3. PROSITE
PROSITE資料庫收集了生物學有顯著意義的蛋白質位點和序列模式,並能根據這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質序列應該屬於哪一個蛋白質家族。有的情況下,某個蛋白質與已知功能蛋白質的整體序列相似性很低,但由於功能的需要保留了與功能密切相關的序列模式,這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能motif,因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點、配體結合位點、與金屬離子結合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質結合的區域等;除了序列模式之外,PROSITE還包括由多序列比對構建的profile,能更敏感地發現序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相關檢索服務。
4. PDB
蛋白質數據倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結構數據檔案庫,由美國Brookhaven國家實驗室建立。PDB收集的數據來源於X光晶體衍射和核磁共振(NMR)的數據,經過整理和確認後存檔而成。目前PDB資料庫的維護由結構生物信息學研究合作組織(RCSB)負責。RCSB的主伺服器和世界各地的鏡像伺服器提供資料庫的檢索和下載服務,以及關於PDB數據文件格式和其它文檔的說明,PDB數據還可以從發行的光碟獲得。使用Rasmol等軟體可以在計算機上按PDB文件顯示生物大分子的三維結構。
5. SCOP
蛋白質結構分類(SCOP)資料庫詳細描述了已知的蛋白質結構之間的關系。分類基於若干層次:家族,描述相近的進化關系;超家族,描述遠源的進化關系;折疊子(fold),描述空間幾何結構的關系;折疊類,所有折疊子被歸於全α、全β、α/β、α+β和多結構域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗餘的ASTRAIL序列庫,這個庫通常被用來評估各種序列比對演算法。此外,SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫,通過與這個庫中序列的兩兩比對,可以找到與未知結構序列遠緣的已知結構序列。
6. COG
蛋白質直系同源簇(COGs)資料庫是對細菌、藻類和真核生物的21個完整基因組的編碼蛋白,根據系統進化關系分類構建而成。COG庫對於預測單個蛋白質的功能和整個新基因組中蛋白質的功能都很有用。利用COGNITOR程序,可以把某個蛋白質與所有COGs中的蛋白質進行比對,並把它歸入適當的COG簇。COG庫提供了對COG分類數據的檢索和查詢,基於Web的COGNITOR服務,系統進化模式的查詢服務等。

4. 請推薦幾個常用的查生物英文文獻的資料庫,如springer

Spinger是個不錯的資料庫,再推薦你幾個:

1. NCBI(美國國立生物技術信息中心) 資料庫
www.ncbi.nlm.nih.gov
可以查閱的內容豐富,不僅可以查閱文獻,還可以檢索蛋白質,基因序列,一些已完成測序的生物的全基因組序列等.比如E.coli等.

2. ISIKnowledge
www.isiknowlege.com
專業的英文文獻檢索系統.

3. 美國化學學會
http://pubs.acs.org

我也是學生物的,呵呵,這些都是精華,與你分享,主要還是要看你所在的單位有沒有這些資料庫的訪問權.

5. 常用生物中文資料庫有哪些

萬方、維普還有CHKI
你也可以使用一下網路文庫