A. 什麼是生物信息學中的二級資料庫
一、生物信息學資料庫的種類
分子生物信息資料庫種類繁多。歸納起來，大體可以分為4個大類：
基因組資料庫
核酸和蛋白質一級結構資料庫
生物大分子(主要是蛋白質)三維空間結構資料庫
由上述3類資料庫和文獻資料為基礎構建的二級資料庫
一級資料庫（一次資料庫） ：基因組資料庫來自基因組作圖，序列資料庫來自序列測定，結構資料庫來自X射線衍射和核磁共振等結構測定。這些資料庫是分子生物學的基本數據資源，通常稱為基本資料庫、初始資料庫，也稱一次資料庫。
二級資料庫（二次資料庫） ：是在一級資料庫、實驗數據、理論分析的基礎上，衍生整理而得。它是根據生命科學不同研究領域的實際需要，對基因組圖譜、核酸和蛋白質序列、蛋白質結構以及文獻等數據進行分析、整理、歸納、注釋，構建具有特殊生物學意義和專門用途的資料庫。
一般說來，一級資料庫的數據量大，更新速度快，用戶面廣，通常需要高性能的計算機伺服器、大容量的磁碟空間和專門的資料庫管理系統支撐。
二級資料庫的容量則小得多，更新速度也不像一次資料庫那樣快，也可以不用大型商業資料庫軟體支持，這類針對不同問題開發的二次資料庫的最大特點是使用方便，特別適用於計算機使用經驗不太豐富的生物學家。
序列資料庫是分子生物信息資料庫中最基本的資料庫，包括核酸和蛋白質兩類，以核苷酸鹼基順序或氨基酸殘基順序為基本內容，並附有注釋信息。
GenBank：由美國國家生物技術信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)建立(1979-1982)。該中心隸屬於美國國家醫學圖書館，位於美國家衛生研究院(NIH)內。
EMBL：由歐洲分子生物學實驗室(European Molecular Biology Laboratory, 其下有European Bioinformatics Centre)建立（1982），主要位於英國劍橋Cambridge和德國漢堡Hamburg。
DDBJ：日本DNA資料庫(DNA Data Bank of Japan）。由the National Institute of Genetics建立（1984-1987）, NIG主管。
二級資料庫的形式：大多以web界面為基礎，具有文字信息、表格、圖形、圖表等方式顯示資料庫內容。
一級資料庫與二級資料庫之間並無明確的界限。（例如：GDB、AceDB、SCOP、CATH等都已經具有二級資料庫的特色）。
B. genbank如何使用
GenBank Overview 基本信息
• 什麼是GenBank？GenBank是一個有來自於70,000多種生物的核苷酸序列的資料庫。每條紀錄都有編碼區（CDS）特徵的注釋，還包括氨基酸的翻譯。GenBank屬於一個序列資料庫的國際合作組織，包括EMBL和DDBJ。
• 紀錄樣本 - 關於GenBank的各個欄位的詳細描述，以及同Entrez搜索欄位的交叉索引。
• 訪問GenBank - 通過Entrez Nucleotides來查詢。用accession number，作者姓名，物種，基因/蛋白名字，還有許多其他的文本術語來查詢。關於Entrez更多的信息請看下文。用BLAST來在GenBank和其他資料庫中進行序列相似搜索。用E-mail來訪問Entrez和BLAST可以通過Query和BLAST伺服器。另外一種選擇是可以用FTP下載整個的GenBank和更新數據。
• 增長統計 - 參見公布通知的2.2.6（每個分類的統計），2.2.7（每個物種的統計），2.2.8（GenBank增長）小節。
• 公布通知，最新 - 最近和即將有的變化，GenBank的分類，數據增長統計，GenBank的引用。 • 公布通知，舊 - 同上相同，是過去公布的統計。
• 遺傳密碼 - 15個遺傳密碼的概要。用來確保GenBank中紀錄的編碼序列被正確的翻譯。 （向）GenBank提交（數據）
• 關於提交序列數據，收到accession number，和對紀錄作更新的一般信息。
• BankIt - 用於一條或者少數條提交的基於WWW的提交工具軟體。（請在提交前用VecScreen去除載體） • Sequin - 提交軟體程序，用於一條或者很多條的提交，長序列，完整基因組，alignments，人群/種系/突變研究的提交。可以獨立使用，或者用基於TCP/IP的「network aware」模式，可以鏈接到其他NCBI的資源和軟體比如Entrez和PowerBLAST。（請在提交前用VecScreen去除載體）
• ESTs - 表達序列標簽，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列。也包括來自於差異顯示和RACE實驗的cDNA序列。
• GSSs - 基因組調查序列，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列，exon trap獲得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
• HTGs - 來自於大規模測序中心的高通量基因組序列，未完成的（階段0，1，2）和完成的（階段3）序列。（注意：完成的人類的HTG序列可以同時在GenBank和Human Genome Sequencing頁面上訪問。） • STSs - 序列標簽位點。短的在基因組上可以被唯一操作的序列，用於產生作圖位點。
• 註：SNPs - 人類的和其他物種的遺傳變異數據可以提交到NCBI資料庫的單核苷酸多態性庫中（dbSNP）。 國際核苷酸序列資料庫合作組織
• GenBank，DDBJ，EMBL - 合作計劃的概述，並鏈接到相應的主頁。GenBank，DDBJ（DNA Data Bank of Japan），and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）資料庫共享的數據是每天都交換的，因此他們是相等的。數據紀錄的格式和搜索方式可能會不一樣，但是accession number，序列數據和註解都是一模一樣的。即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相應紀錄，得到的結果是完全一樣的序列數據，參考內容等等。
• DDBJ/EMBJ/GenBank特性表 — 特性表格式和標准被合作資料庫用在序列記錄的注釋上，使得數據共享成為可能，包括詳細的描述生物特性和特性限定語的附錄，以及IUPAC規定的核苷酸和氨基酸的代號。
C. 什麼是Genbank,它的主要用途是什麼
GenBank 概述
· 什麼是GenBank？ GenBank 是一個有來自於70,000多種生物的核苷酸序列的資料庫。每條紀錄都有編碼區（CDS）特徵的注釋，還包括氨基酸的翻譯。GenBank屬於一個序列資料庫的國際合作組織，包括EMBL和DDBJ。
· 紀錄樣本 - 關於GenBank的各個欄位的詳細描述，以及同Entrez搜索欄位的交叉索引。
· 訪問GenBank - 通過 Entrez Nucleotides 來查詢。用 accession number，作者姓名，物種，基因/蛋白名字，還有許多其他的文本術語來查詢。關於 Entrez 更多的信息請看下文。用 BLAST 來在 GenBank 和其他資料庫中進行序列相似搜索。用E-mail來訪問Entrez 和 BLAST 可以通過 Query 和 BLAST 伺服器。另外一種選擇是可以用 FTP 下載整個的 GenBank 和更新數據。
· 增長統計 - 參見公布通知的2.2.6（每個分類的統計），2.2.7（每個物種的統計），2.2.8（GenBank增長）小節。
· 公布通知，最新 - 最近和即將有的變化，GenBank 的分類，數據增長統計，GenBank 的引用。
· 公布通知，舊 - 同上相同，是過去公布的統計。
· 遺傳密碼 - 15個遺傳密碼的概要。用來確保GenBank中紀錄的編碼序列被正確的翻譯。
向GenBank提交數據
· 關於提交序列數據，收到 accession number，和對紀錄作更新的一般信息。
· BankIt - 用於一條或者少數條提交的基於WWW的提交工具軟體。（請在提交前用 VecScreen 去除載體）
· Sequin - 提交軟體程序，用於一條或者很多條的提交，長序列，完整基因組，alignments，人群/種系/突變研究的提交。可以懶⑹褂茫�蛘哂沒�赥CP/IP的"network aware"模式，可以鏈接到其他NCBI的資源和軟體比如Entrez和PowerBLAST。（請在提交前用VecScreen去除載體）
· ESTs - 表達序列標簽，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列。也包括來自於差異顯示和 RACE 實驗的 cDNA 序列。
· GSSs - 基因組調查序列，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列，exon trap 獲得的序列，cosmid/BAC/YAC 末端，及其他。
· HTGs - 來自於大規模測序中心的高通量基因組序列，未完成的（階段0，1，2）和完成的（階段3）序列。（注意：完成的人類的HTG序列可以同時在 GenBank 和 Human Genome Sequencing 頁面上訪問。）
· STSs - 序列標簽位點。短的在基因組上可以被唯一操作的序列，用於產生作圖位點。
· 註：SNPs - 人類的和其他物種的遺傳變異數據可以提交到NCBI資料庫的單核苷酸多態性庫中（dbSNP）。
國際核苷酸序列資料庫合作組織
· GenBank，DDBJ，EMBL - 合作計劃的概述，並鏈接到相應的主頁。GenBank，DDBJ（DNA Data Bank of Japan），and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）資料庫共享的數據是每天都交換的，因此他們是相等的。數據紀錄的格式和搜索方式可能會不一樣，但是accession number，序列數據和註解都是一模一樣的。即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相應紀錄，得到的結果是完全一樣的序列數據，參考內容等等。
· DDBJ/EMBJ/GenBank 特性表 - 特性表格式和標准被合作資料庫用在序列記錄的注釋上，使得數據共享成為可能，包括詳細的描述生物特性和特性限定語的附錄，以及IUPAC規定的核苷酸和氨基酸的代號。
FTP GenBank 及每日更新
· GenBank普通文件格式 - 參見GenBank記錄樣本和在GenBank公布通知中的詳細描述，下載大多數最近的完全公告和日常積累或非積累更新數據。
· ASN.1格式 - 摘要句法記號1，國際標准組織（ISO）數據表示格式，下載大多數最近的完全公告和日常積累或非積累更新數據。
· FASTA格式 - 定義行號後只跟隨序列數據（示例），參見描述資料庫的readme文件，包括nt.Z（每天更新的非冗餘BLAST核酸資料庫，包括GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列，但是不包括EST, STS, GSS, or HTGS序列），nr.Z（每日更新的非冗餘蛋白質），est.Z, gss.Z, htg.Z, sts.Z,和其它文件。
http://www.bioon.com/biology/Print.asp?ArticleID=1256
D. 基因資料庫 一般使用什麼資料庫
集合所有已知核酸的核苷酸序列，單核苷酸多態性、結構、性質以及相關描述，包括它們的科學命名、來源物種分類名稱、參考文獻等信息的資料庫。基因和基因組的資料也包含在DNA資料庫中。目前國際上比較重要的核酸（含蛋白質）一級資料庫有美國的GenBank、歐洲的EMBL和日本的DDBJ。三個資料庫信息共享，每日交換，故資料是一樣的，唯格式有所不同。
E. 什麼叫核苷酸序列
核苷酸序列就是指DNA或RNA中鹼基的排列順序.
這意味著DNA中A,T,G,C的排列循序,或者mRNA中A,U,G,C的排列循序,也包括rRNA,tRNA中鹼基的排列順序.
環核苷酸不存在核苷酸序列.
希望我的回答對您有幫助，滿意請採納，謝謝。
F. 核酸序列、結構資料庫有哪些
美國的核酸資料庫GenBank
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
歐洲核酸序列資料庫EMBL
http://www.embl-heidelberg.de
日本核酸序列資料庫DDBJ
http://www.ddbj.nig.ac.jp
這是目前世界三大核酸資料庫.不本我們用的最多的還是NCBI,基本上是不用日本的!
G. 什麼是核苷酸序列
DNA(RNA)分子是由4種核苷酸（A,T,G,C）排列組成，DNA序列就是組成某一DNA分子的核苷酸的排列次序。 一類由嘌呤鹼或嘧啶鹼、核糖或脫氧核糖以及磷酸三種物質組成的化合物。又稱核甙酸。戊糖與有機鹼合成核苷,核苷與磷酸合成核苷酸,4種核苷酸組成核酸。核苷酸主要參與構成核酸，許多單核苷酸也具有多種重要的生物學功能,如與能量代謝有關的三磷酸腺苷（ATP）、脫氫輔酶等。某些核苷酸的類似物能幹擾核苷酸代謝，可作為抗癌葯物。根據糖的不同，核苷酸有核糖核苷酸及脫氧核苷酸兩類。根據鹼基的不同，又有腺嘌呤核苷酸(腺苷酸，AMP)、鳥嘌呤核苷酸(鳥苷酸，GMP)、胞嘧啶核苷酸(胞苷酸， CMP)、尿嘧啶核苷酸(尿苷酸,UMP)、胸腺嘧啶核苷酸（胸苷酸，TMP）及次黃嘌呤核苷酸(肌苷酸，IMP)等。核苷酸中的磷酸又有一分子、兩分子及三分子幾種形式。此外，核苷酸分子內部還可脫水縮合成為環核苷酸。
說白了就是 A,T,G,C的排列循序.建議你看看下面的地址.
H. GenBank資料庫的介紹
GenBank 是一個有來自於70,000多種生物的核苷酸序列的資料庫。每條紀錄都有編碼區（CDS）特徵的注釋，還包括氨基酸的翻譯。GenBank屬於一個序列資料庫的國際合作組織，包括EMBL和DDBJ。
