pacbio測序數據上傳到sRA資料庫。. 1.注冊並登入NCBI帳號,然後進入NCBI submission portal,選擇SRA資料庫
2. 在資料庫介紹頁面選擇文件上傳方式
3. 安裝完之後,返回資料庫介紹頁面。點選創建新任務
❷ 轉錄組測序所得的數據，怎樣傳到NCBI的SRA資料庫
Unigene其實沒有一個標準的定義。大體的概念是經過去冗餘之後得到的基因序列，這條序列和其他的序列是非冗餘的，也就是理論上其他序列都和此序列代表的不是同一個基因。或者是經過聚類後野閉得到的不同的類，類和類之間是非冗餘的，每個類可以認為唯一的代表一個基因。不同的去冗餘和聚類的方法得到的結果都可以稱為unigene。 另外NCBI上也有頌鬧裂Unigene的概念，是NCBI用彎吵自己的方法對序列進行聚類，它認為每一個類都唯一的代表一個基因，並賦予一個編號：物種名字.數字，比如小麥的一個例子：Ta.191，這也是較常用的Unigene.
❸ 如何上傳測序數據至NCBI
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/ ，點擊「 Register for a NCBI account」，進入到注冊頁面，如實填寫信息。(盡量使用項目提交人的信息進行注冊)
https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/bioproject/ ，在界面上選擇 new submission ，依次填寫SUBMITTER、PROJECT TYPE、TARGET、GENERAL INFO等信息，後面的BIOSAMPLE和PUBLICATIONS兩個界面可以不寫相關信息，都直接點Continue，進入OVERVIEW界面。如果有問題可返回修改，沒問題的話即可點擊submit提交。
創建成功後，再次進入該網址，會出現BioProject編號，以PRJNA開頭，可放在文章中。（注冊人的郵箱會收到相關郵件）
https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/biosample/ ，在界面選擇 new submission。大致提交過程如下截圖所示，最終提交完成後，每個樣本會有一個樣本編號，以SAMN開頭，用於後面提交原始數據。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra_sub/sub.cgi ，選擇 NCBI PDA入口，填寫個人信息後，點擊 create new submission >> New submission。
數據上傳比較慢，等數據都上傳完成後，再點擊「Select preload folder」，即可出現上傳好的原始數據，點擊「Use selected folder」，繼續即可。
注意：數據上傳完成之後，NCBI還需要一段時間對數據進行processing，若頁面提示"error"（比如提示數據文件格式有問題），只能發郵件聯系 [email protected] ，數據上傳成功會出現"processed"標志，每個樣本會對應獲得一個SRR編號。SRA處理郵件的效率還是很高的。
❹ 轉錄組測序所得的數據，怎樣傳到NCBI的SRA資料庫
xshell連接NCBI伺服器 輸入命令 ftp
連接成功後輸入賬號 密碼
mkdir命令創建一個文件夾，以你的BioProject accession命名
FTP 連接成功後連接成功後
進入剛才建立的BioProject文件夾
把原始數據拖進去即可
傳輸過程中，如果一定時間（五分鍾？）沒有激活傳輸界面，可能會導致連接斷開
進度可能會一直停在99%，重新連接成功後，也一直卡在99%，不過似乎數據還是上傳成功了的
傳輸成功的會顯示linked，同時FTP里對應的文件會消失 傳輸成功的會顯示linked，同時FTP里對應的文件會消失
全部文件夾都傳輸成功了會變成queued
然後就等NCBI處理了
❺ 如何將基因晶元數據上傳至NCBI
你到GEO上注冊，然後按照他們的步驟做，他們會有人聯系你來確保數據質量的 。格式等直中局襪接問賣激他們就可臘肢以。通常是SOFT格式。
❻ 如何將測序數據上傳到NCBI的SRA資料庫
一般上傳數據到NCBI SRA的過程需要6步：
1、Create a BioProject for this research
2、Create a BioSample submission for your biological sample(s)
3、Gather Sequence Data Files
4、Enter Metadata on SRA website
a、Create SRA submission
b、Create Experiment(s) and link to BioProject and BioSample
c、Create Run(s)
5、Transfer Data files to SRA
6、Update Submission with PubMed links, Release Date, or Metadata Changes
需要注意的一點是，上傳的過程中很多地方一旦保存或提交就不可以修改，尤其是各處的Alias。但是，可以聯系NCBI的工作人員修改內容。NCBI的工作效率是很高的，一般不超過48小時，就可以得到確認，並拿到登錄號。
❼ 怎樣將微生物菌落分析的宏基因組數據上傳到NCBI上
宏基因組學（Metagenomics）又叫微生物環境基因組學、元基因組學。它通過直接從環境樣品中提取全部微生物的DNA,構建宏基因組文庫，利用基因組學的研究策略研究環境樣品所包含的全部微生物的遺傳組成及其群落功能。它是在微生物基因組學的基礎上發展起來的一種研究微生物多樣性、開發新的生理活性物質（或獲得新基因）的新理念和新方法。其主要含義是： 對特定環境中全部微生物的總DNA（也稱宏基因組，metagenomic）進行克隆，並通過構建宏基因組文庫和篩選等手段獲得新的生理活性物質；或者根據rDNA資料庫設計引物，通過系統學分析獲得該環境中微生物的遺傳多樣性和分子生態學信息。
❽ 如何NCBI上傳Genbank數據
與 前面 是相同的步驟，此處就不再重復了，登錄完成後同樣點擊首頁的submit進入即可，進入後往下翻頁，看到Genbank提交數據，選擇對應的選項即可，根據提交的數據不同，進行選擇即可，後續神歷的步驟都是逗瞎鄭類似的，此處以提交葉綠體基因組為示例。
提交葉綠體基因組用的BankIt這個工具，其他不同類型的基因組選擇不同的選項即可，前面的步驟都是一樣的，填寫對應的信息，同樣需要填寫Bioproject號和Biosample號，如果沒有，就填寫no，網頁會自動進行跳轉至Bioproject號申請和Biosample號申請的界面，填寫對應信息即可。
葉綠體基因組除了上傳基因組的fasta數據之外，還需要上傳注釋的tbl文件，此文件可以通過多種注釋軟體獲得，或者自己造一個也是可以的，但是必須滿足NCBI所要求的五列格式，格式如下：
其中第一列為起始位置；第二列為終止位置，其中<和>表示正反向；第三列為特徵名，例如：CDS，mRNA，rRNA，gene或exon；第四列為限定詞的類型，例如：proct，number，gene或note；第五列為限定詞的相關描述。
上傳完成後，最後一步同樣為再次檢查信息，檢查完成後，同樣會發送郵件給對應的郵箱，如果後續需要修改信息，山頌同樣可以發送郵件給NCBI的工作人員。
❾ 如何向NCBI提交測序數據
許多期刊在文章發表之前需要在文章鄭氏中有序列的登錄號，並且要求你在文章發表時，序列可以被讀者索取。
NCBI的GenBank提供了兩個投遞方式：
1、在線投遞－BankIt，特點是比較方便。
2、本地投遞文件生成程序——Sequin。目前NCBI seqin有MAC, PC和UNIX不同版本。其輸出文件需要你通過電子郵件發給NCBI.
另外，上面所述一般適用於研究單個或多個功能基因的情況。如果大規模的測序如EST、 STS和GSS序列分別姿沖有專門的投遞途徑。
另外，提醒你的兩個問題：
1、對你所投序列跡叢殲所屬物種分類（拉丁名）要有所了解，這通常是出錯的地方（seqin）
2、在你投遞序列到發表文章之間，要注意NCBI發給你的電子郵件，它會詢問你在什麼時間將序列公布。
具體細節你可以瀏覽參考資料所指連接。
❿ 如何將轉錄組數據上傳到ncbi
過程有點復雜，如果是讓公司測序，可以讓他們幫你傳呀 不行的話ncbi有傳的英文教程 稍微啃下 應該沒問題的