Ⅰ 高通量數據怎麼上傳數據至ncbi
其實很簡單， 1.首先建立一個meta file，即包含實驗信息的文件 2.將測序的fastq（*.fq或*.fastq）文件准備好，此為原始數據（必須）。 3.將每個fastq文件處理後（去接頭，合並相同序列）的序列整理為SEQ COUNT兩列的文件即可，此為處理後數據（...
Ⅱ 如何將轉錄組數據上傳到ncbi
過程有點復雜，如果是讓公司測序，可以讓他們幫你傳呀 不行的話ncbi有傳的英文教程 稍微啃下 應該沒問題的
Ⅲ 轉錄組測序所得的數據，怎樣傳到NCBI的SRA資料庫
xshell連接NCBI伺服器 輸入命令 ftp
連接成功後輸入賬號 密碼
mkdir命令創建一個文件夾，以你的BioProject accession命名
FTP 連接成功後連接成功後
進入剛才建立的BioProject文件夾
把原始數據拖進去即可
傳輸過程中，如果一定時間（五分鍾？）沒有激活傳輸界面，可能會導致連接斷開
進度可能會一直停在99%，重新連接成功後，也一直卡在99%，不過似乎數據還是上傳成功了的
傳輸成功的會顯示linked，同時FTP里對應的文件會消失 傳輸成功的會顯示linked，同時FTP里對應的文件會消失
全部文件夾都傳輸成功了會變成queued
然後就等NCBI處理了
Ⅳ 發表文章提交ncbi是轉錄組raw data還是clean data
一般來說，raw data經過以下處理之後叫clean data 1，去掉低質量的reads 2，去掉包含接頭(adaptor)的reads 3，去掉包含N過多的reads
Ⅳ ncbi上傳時gb文件怎麼來的
NCBI中查找序列號時導出來之後是.gb文件。
GenBank的文件。包含一個gene的名稱，編號，發現者，參考文獻，外顯子位置，編碼區序列，蛋白序列等等信息。
.gb文件用記事本就可以打開。
拓展：
NCBI位於馬里蘭州的貝塞斯達， 建立於1988年· NCBI保管GenBank的基因測序數據和Medline的生物醫學研究論文索引· 所有的這些資料庫都可以通過Entrez搜索引擎在線訪問。
國家生物技術信息中心(National Center for Biotechnology Information, 簡稱NCBI) 是美國國家醫學圖書館(NLM)的一部分(該圖書館是美國國家衛生研究所的一部分).
Ⅵ 如何利用Aspera快速上傳轉錄組數據至NCBI的SRA資料庫
Unigene其實沒有一個標準的定義。大體的概念是經過去冗餘之後得到的基因序列，這條序列和其他的序列是非冗餘的，也就是理論上其他序列都和此序列代表的不是同一個基因。或者是經過聚類後得到的不同的類，類和類之間是非冗餘的，每個類可以認為唯一的代表一個基因。不同的去冗餘和聚類的方法得到的結果都可以稱為unigene。
另外NCBI上也有Unigene的概念，是NCBI用自己的方法對序列進行聚類，它認為每一個類都唯一的代表一個基因，並賦予一個編號：物種名字.數字，比如小麥的一個例子：Ta.191，這也是較常用的Unigene.
Ⅶ 如何將測序數據上傳到NCBI的SRA資料庫
一般上傳數據到NCBI SRA的過程需要6步：
1、Create a BioProject for this research
2、Create a BioSample submission for your biological sample(s)
3、Gather Sequence Data Files
4、Enter Metadata on SRA website
a、Create SRA submission
b、Create Experiment(s) and link to BioProject and BioSample
c、Create Run(s)
5、Transfer Data files to SRA
6、Update Submission with PubMed links, Release Date, or Metadata Changes
需要注意的一點是，上傳的過程中很多地方一旦保存或提交就不可以修改，尤其是各處的Alias。但是，可以聯系NCBI的工作人員修改內容。NCBI的工作效率是很高的，一般不超過48小時，就可以得到確認，並拿到登錄號。
Ⅷ 如何向NCBI上傳數據
許多期刊在文章發表之前需要在文章中有序列的登錄號，並且要求你在文章發表時，序列可以被讀者索取。
NCBI的GenBank提供了兩個投遞方式：
1、在線投遞－BankIt，特點是比較方便。
2、本地投遞文件生成程序——Sequin。目前NCBI seqin有MAC, PC和UNIX不同版本。其輸出文件需要你通過電子郵件發給NCBI.
另外，上面所述一般適用於研究單個或多個功能基因的情況。如果大規模的測序如EST、 STS和GSS序列分別有專門的投遞途徑。
另外，提醒你的兩個問題：
1、對你所投序列所屬物種分類（拉丁名）要有所了解，這通常是出錯的地方（seqin）
2、在你投遞序列到發表文章之間，要注意NCBI發給你的電子郵件，它會詢問你在什麼時間將序列公布。
具體細節你可以瀏覽參考資料所指連接。