A. perl名詞解釋
perl
Perl，一種功能豐富的計算機程序語言，運行在超過100種計算機平台上，適用廣泛，從大型機到便攜設備，從快速原型創建到大規模可擴展開發。
Perl最初的設計者為拉里·沃爾(Larry Wall)，於1987年12月18日發表。現在的版本為Perl 6，於2015年12月25日更新。
Perl借取了C、sed、awk、shell 腳本語言以及很多其他程序語言的特性，其中最重要的特性是它內部集成了正則表達式的功能，以及巨大的第三方代碼庫CPAN。簡而言之，Perl像C一樣強大，像awk、sed等腳本描述語言一樣方便，被Perl語言愛好者稱之為"一種擁有各種語言功能的夢幻腳本語言"、"Unix 中的王牌工具"。
Perl 一般被稱為"實用報表提取語言"(Practical Extraction and Report Language)，你也可能看到"perl"，所有的字母都是小寫的判搏。一般，"Perl"，有大寫的 P，是指語言本身，而"perl"，小寫的 p，是指程序運行的解釋器。
中文名
實際抽取與匯報語言
外文名
Perl(Practical Extraction and Reporting Language)
設計者
拉里·沃爾
設計時間
1987年12月18日
借取程序語言
C、awk、shell scripting等
perl開發perl語言為什麼不流行perl官網下載string ppilimma bioconctororg.Hs.eg.dbTCGA GDCGeneCardsTCGAtcga gdc
引言
1987年Larry Wall發布Perl1.0以來，用戶數一直急劇增加，同時越來越多的程序員與軟體開發者(商)參與Perl的開發。從最初被當做一肢沖數種跨平台環境中書寫可移植工具的高級語言開始，Perl被廣泛地認為是一種工業級的強大工具，可以在任何地方用來完成你的工作。perl的前身是Unix系統管理的一個工具，被用在無數的小任務里。後逐漸發展成為一種功能強大的程序設計語言，用作Web編程、資料庫處理、XML處理以及系統管理;在完成這些工作時，同時仍能處理日常細小工作，這是它的設計初衷。Perl特別適合系統管理和Web編程。實際上已經被用在所有Unix(包括Linux)捆綁在一起作為標准部件發布，同時也用於Microsoft Windows和幾乎所有操作系統。Perl的應用非常廣泛。
基本信息
Perl 最初的設計者為拉里·沃爾(Larry Wall)，他於1987年12月18日發表。Perl借取了C、sed、awk、shell 腳本語言以及很多其他程序語言的特性。其中最重要的特性是它內部集成了正則表達式的功能，以及巨大的第三方代碼庫CPAN。
Perl 被稱為"實用報表提取語言"(Practical Extraction and Report Language)。它是術語，而不僅僅是簡寫，Perl的創造者，Larry Wall提出第一個，但很快又擴展到第二個。那就是為什麼"Perl"沒有所有字母都大寫。沒必要爭論哪一個正確，Larry 兩個都認可。
編程語言
Perl是由Larry Wall設計的，並由他不斷更新和維護的編程語言。
Perl具有高級語言(如C)的強大能力和靈活性。事實上，你將看到，它的許多特性是從C語言中借用來的。
Perl與腳本語言一樣，Perl不需要編譯器和鏈接器來運行代碼，你要做的只是寫出程序並告訴Perl來運行而已。這意味著Perl對於小的編程問題的快速解決方案和為大型事件創建原型來測試潛在的解決方案是十分理想的。
Perl提供腳本語言(如sed和awk)的所有功能，還具有它們所不具備的很多功能。Perl還支持sed到Perl及awk到Perl的翻譯器。
簡而言之，Perl像C一樣強大，像awk、sed等腳本描述語言一樣方便。
特點歷首
Perl的解釋程序是開放源碼的免費軟體，使用Perl不必擔心費用。Perl能在絕大多數操作系統運行，可以方便地向不同操作系統遷移。
Perl 是一種能完成任務的語言。從一開始，Perl 就設計成可以把簡單工作簡單化，同時又不失去處理困難問題能力的語言。它可以很容易操作數字，文本，文件和目錄，計算機和網路，特別是程序的語言。這種語言應該很容易運行外部的程序並且掃描這些程序的輸出獲取感興趣的東西。而且它還應該很容易能把這些你感興趣的東西交給其它程序做特殊的處理。當然，這種語言還應該很容易在任何現代的操作系統上可以移植地編譯和運行。
(1)tcga下載腳本擴展閱讀:
360網路
目錄
引言
基本信息
編程語言
特點
基本語法
優點
缺點
相關文化
時勢造英雄
Perl 詩歌
下載安裝
其他信息
perl
Perl，一種功能豐富的計算機程序語言，運行在超過100種計算機平台上，適用廣泛，從大型機到便攜設備，從快速原型創建到大規模可擴展開發。
Perl最初的設計者為拉里·沃爾(Larry Wall)，於1987年12月18日發表。現在的版本為Perl 6，於2015年12月25日更新。
Perl借取了C、sed、awk、shell 腳本語言以及很多其他程序語言的特性，其中最重要的特性是它內部集成了正則表達式的功能，以及巨大的第三方代碼庫CPAN。簡而言之，Perl像C一樣強大，像awk、sed等腳本描述語言一樣方便，被Perl語言愛好者稱之為"一種擁有各種語言功能的夢幻腳本語言"、"Unix 中的王牌工具"。
Perl 一般被稱為"實用報表提取語言"(Practical Extraction and Report Language)，你也可能看到"perl"，所有的字母都是小寫的。一般，"Perl"，有大寫的 P，是指語言本身，而"perl"，小寫的 p，是指程序運行的解釋器。
中文名
實際抽取與匯報語言
外文名
Perl(Practical Extraction and Reporting Language)
設計者
拉里·沃爾
設計時間
1987年12月18日
借取程序語言
C、awk、shell scripting等
perl開發perl語言為什麼不流行perl官網下載string ppilimma bioconctororg.Hs.eg.dbTCGA GDCGeneCardsTCGAtcga gdc
引言
1987年Larry Wall發布Perl1.0以來，用戶數一直急劇增加，同時越來越多的程序員與軟體開發者(商)參與Perl的開發。從最初被當做一種跨平台環境中書寫可移植工具的高級語言開始，Perl被廣泛地認為是一種工業級的強大工具，可以在任何地方用來完成你的工作。perl的前身是Unix系統管理的一個工具，被用在無數的小任務里。後逐漸發展成為一種功能強大的程序設計語言，用作Web編程、資料庫處理、XML處理以及系統管理;在完成這些工作時，同時仍能處理日常細小工作，這是它的設計初衷。Perl特別適合系統管理和Web編程。實際上已經被用在所有Unix(包括Linux)捆綁在一起作為標准部件發布，同時也用於Microsoft Windows和幾乎所有操作系統。Perl的應用非常廣泛。
基本信息
Perl 最初的設計者為拉里·沃爾(Larry Wall)，他於1987年12月18日發表。Perl借取了C、sed、awk、shell 腳本語言以及很多其他程序語言的特性。其中最重要的特性是它內部集成了正則表達式的功能，以及巨大的第三方代碼庫CPAN。
B. 請教關於TCGA數據的問題
Case列顯示的是該文件里數據來自於多少cases。比如569，說明這個文件整合了所有569個cases的genotyping數據，有些數字為1的，說明這個文件里只有一個case的數據。
對於RNAseq後續的分析，如果要用軟體比如limma，edgeR比較表達差異的基因，就用counts數據。如果你想自己做t-test，下載counts數據自己做normalization再進行比較也行，或者下載已經做過normalization的RPKM/RPKM-UQ直接比較也行
癌旁的數據也包含在這些cases里了，下載metadata就能看到每個sample的信息，你會發現有些是來自solid tissue normal，這些都是癌旁的數據
C. perl腳本求助。
不明白你說逗虧的合並是什麼意思，下面僅是提取渣哪的方法。
use 5.010;
use File::Slurp;
sub foo {
sprintf "%.3d", shift;
}
$_ = read_file 'in.txt';
( $first_line, $_ ) = /(.*?\n)(.*)/;
print $first_line;
while (/[a-z]+|[A-Z]+/gc) {
print substr( $&, 0, 1 ) ~~ @{ [ '如指碼a' .. 'z' ] }
? 'I' . foo( ++$icont )
: 'E' . foo( ++$econt );
print $&, "\n";
}
D. 如何直接查找tcga數據中某一基因在某一腫瘤中的表達
一個良好的開端就是分析感興趣基因的突變和其它異常，ICGC數據門戶提供了幾條研究路線。輸入一個基因名稱，NCBI登錄號，或者Ensembl基因ID，點擊基因報告（Gene Report），就能在突變摘要（Mutation Summary）中找到已發現的突變和拷貝數變化，以及迄今為止，這些突變在腫瘤中出現的頻率。COSMICsection就在體細胞突變列表下方，包括了點突變，少量缺失，以及插入突變等方面的數據。
另外一種方法就是在一種腫瘤中尋找所有受到影響的基因，在ICGC數據門戶中，研究人員能通過點擊數據搜索（Database Search）下的Genes，然後選擇感興趣的腫瘤類型，以及一些其它參數，比如分析的途徑等，這樣就能找到所有受到影響的基因。除此之外，TCGA數據門戶中，還可以從Download Data menu上選擇批量下載（Bulk Download），獲取體細胞突變數據，以及其它類型數據，比如拷貝數，DNA甲基化，基因表達。
E. tcga資料庫firebrowse數據怎麼分析
TCGA由NCI牽頭，作為美國攻克癌計劃的一個大的project，投入巨大的人力和資金，較早的進行深度測序，提供Gene expression, DNA methylation, Copy Number Variant, Mutation還有更深度的exon expression外顯子測序結果，其臨床數據整理的相對最完整，指標最多。在TCGA中直接下載數據的方法較為繁瑣，但是有多個網站提供TCGA數據（包括表達和臨床等）完善的整理：GDAC， Cancer Browser和cBioportal是其中整理最為完整和可靠的。GDAC由美國MIT和Harvard共建的Broadinstitute運行，UCSC運行著Cancer Browser 和Xena, cBioportal由MemorialSloan-Kettering Cancer Cente建立，提供較為完善的TCGA數據為基礎的各類信息檢索服務。
F. 如何快速掌握TCGA資料庫
在proportional裡面搜你感興趣的腫瘤，然後就會出現很多研究，在每個研究後面都有summary，你點擊進去就有臨床數據，有的還有變異和拷貝數變化的數據。目前個人感覺臨床數據這塊還是proportional這兒比較方便，其他的例如基因表達的數據cancer browser還是可能會好些，各種各樣的都可以試試，不過原始的TCGA數據還是覺得一般是高手才去弄，新手還是多學習，站在巨人的肩膀上再去。The Cancer Genome Atlas，TCGA， 資料庫。TCGA數據源大部分都是公開的。目前來能夠從TCGA資料庫中提取數據的處理工具有proportional。
G. 求一個python 腳本 按一個文件描述 從另一個文件選取內容
#!/usr/bin/python
# encoding: utf-8
import re, string
# 解析基因位置信息裂襲
contents = """
>ENSG00000161929
Mutual Exons:10..88 [78 b]
>ENSG00000128194
Mutual Exons:16..120 [104 b]
>ENSG00000023191
Mutual Exons:46..106 [60 b]
>ENSG00000177192
Mutual Exons:30..329 [299 b]
"""
patt = re.compile(r"""
(?P<id>>D*d*)
|
(MutualsExons:(?P<start>d*)..(?P<ended>d*)s.*)
""", re.I|re.U|re.X)
items, item = {}, None
for m in map(patt.match, filter(None, map(string.strip, contents.splitlines()))):
if not m:
歲源此continue
乎迅d = m.groupdict()
if d["id"]:
item = d["id"]
else:
items[item] = dict(start = int(d["start"]), ended = int(d["ended"]))
# 解析基因序列
contents = """
>ENSG00000161929
>ENSG00000128944
"""
patt = re.compile(r"""
(?P<id>>D*d*)
|
(?P<data>[ACTG]*)
""", re.I|re.U|re.X)
datas, item = {}, None
for m in map(patt.match, filter(None, map(string.strip, contents.splitlines()))):
if not m:
continue
d = m.groupdict()
if d["id"]:
item = d["id"]
datas[item] = ""
else:
datas[item] += d["data"]
for item, data in datas.items():
print item
if item not in items:
print "Does not exists position infomation"
else:
print data[items[item]["start"]:items[item]["ended"]]
H. TCGA資料庫怎麼下載mi RNA信息
TCGA資料庫下載mi RNA信息的方法：
第一步，登錄TCGA數據獲取網站；
第二步，在搜索欄搜索自己關注的癌症類型；
第三步，選擇下載的數據類型：（我需要下載的是mi RNA數據）；
第四步，對數據進行進一步篩選；
第五步，將所有文件添加到購物車；
第六步，點擊下載即可。
I. 寶萊塢生死戀高清完整版下載地址
《寶萊塢生死戀》網路網盤高清資源免費在線觀看：
鏈接: https://pan..com/s/1tPaFDYjTCGAN7RFC4uX-MQ
寶萊塢生死戀的劇情簡介 · · · · · ·
生在地主家的德夫達（沙魯克‧可汗 Shahrukh Khan 飾）和平民女子帕羅（艾西瓦婭·雷 Aishwarya Rai 飾）從小青梅竹馬，但由於德夫達被送到倫敦讀書，二人一別多年。到了德夫達學成返鄉，帕羅已經長成光彩照人漏悉森的美貌少女，他們的愛火仍舊炙熱，但是德夫達家人對於帕羅母親的提親表現出傲慢和輕蔑的姿態，深深傷了少女的心。德夫達迫於父命難為時，帕羅已經決定嫁給一個豪門鰥夫，追悔莫及的德陸戚夫達開始終日酗酒，流連花叢，相思成疾，而帕羅需要恪守婦道，只能把愛和遺憾埋在心裡。自暴自棄的德夫達終於送掉自己性命，臨死之前，他強撐到大門外返畝想要再見帕羅一面…