❶ 學生信的那些事兒之七 - Linux基礎之Shell腳本編程
沿著前面的軌跡，接下來是Linux中shell腳本的學習。這對於生信工程師後續處理大量 (海量更合適些) 數據是非常非常重要的，但是同樣的，作為一個有點古板的人，對於"腳本"是什麼意思我都死磕了好久。主要覺得有些抽象，尤其是跟生信的同事討論項目分析部分的問題時，他們經常會說道這個詞，在他們意識里這是個不言自明的術語，殊不知對外行人而言 (比如我)，那簡直就是無情的"知識的詛咒"。經常是我假裝聽懂了，然後繼續討論下面的問題，形成一個模糊的印象。
網路上的解釋是：腳本（Script）是一種批處理文件的延伸，是一種純文本保存的程序，一般來說的計算機腳本程序是確定的一系列控制計算機進行運算操作動作的組合，在其中可以實現一定的邏輯分支等。不知道你能不能看懂，反正我開始的時候真是一知半解。
鳥哥私房菜的解釋是：shell script是利用 shell 的功能所寫的一個"程序"，這個程序是使用純文本文件，將一些shell的語法與命令(含外部命令)寫在裡面，搭配正則表達式、管道命令與數據流重定向等功能，以達到我們所想要的處理的目的。不明覺厲，好像更看不懂了···
Jude 的簡單粗暴大白話解釋是：腳本就是Linux中很多命令按照一定規則的組合，以實現某個特定的功能。Linux中有很多簡單的命令，往往只是進行了簡單的對話，比如 cd 就是進入到某個目錄，簡單直接。但是如果我想進入某個目錄A，然後在目錄A中創建目錄B，再在目錄B中創建文本C呢？當然可以一步一步操作，如果想要一步到位呢，那就可以用腳本，把三個命令寫在一起，一起執行。好像有點啰嗦···
或者從英語的角度去理解，腳本的對應英文是Script，而這個單詞的中文釋義中還有劇本的意思。劇本就好理解了啊，劇本就是導演(生信工程師)基於某個主旨(要實現的目標)按照一定的手法(規則)所寫的一個故事。不管是哪個演員，都得按照劇本演。所以，學好英語對於生信也是有幫助的~
按照腳本的復雜程度可以分為：
這個無需多說，其實就是若干個簡單命令的順序排列，執行腳本後會按照命令的前後關系從前往後一一執行。
相對於簡單的基本腳本，結構化的命令腳本可以施加邏輯流程式控制制，從而改變程序(命令)執行的順序。基本腳本中的命令就是從上往下執行，但是結構化的命令腳本可以根據邏輯判斷重復或者跳過某些命令。
常用的結構化命令(語句)有：
後面還有什麼嵌套循環啊啥的，不過我覺得上面的7中命令學到家了，應該可以應付大部分在生信分析裡面的應用了。
記得高中的時候，物理老師(也是班主任)在給我們講解習題時有個有意思的套路：不管什麼難題現在下面寫個"答："，以示自己解決問題的決心，也是一種正向的心理暗示。腳本編寫也是有套路的，不過總的來說還是比較簡單。
對於簡單的腳本(超級簡單的那種)，直接幾個命令連在一起即可，中間用"；"隔開。
對於更長更復雜的腳本，一般需要創建一個文本，並在裡面編輯。這就涉及到了文本編輯器，比較常用和簡單的一般有nano和vim，實在很簡單，規則也容易理解，教程隨手可得，不多說。
比如用vim創建了一個腳本之後，具體的語法(套路)：
ok，腳本寫完了，怎麼讓腳本開始工作呢？這有涉及到之前講過的環境變數和相對路徑、絕對路徑了。方法有三：
就這么多吧，應該有點感覺到了，剩下的就是狂練狂練了~
❷ linux 中如何執行腳本
首先腳本需要有執行許可權
chmod u+x file.sh
執行腳本有三種方法：
1. ./file.sh
特點：開啟bash子進程來執行，也就是開啟額外的進程來進行，不影響原進程的變數、配置等
2. bash file.sh
特點：和./file.sh相同
3. source file.sh 或者 . file.sh
特點：在原bash進程中執行腳本。
第三種方法主要用於在腳本中切換用戶su、切換目錄cd等命令。
source 和 . 命令是相同的。
你可以搜索 source
補充,如何查看腳本運行是否開啟了bash子進程
1.
vim
file.sh
2.
寫入
#!/bin/bash
#echo
$$命令會輸出bash進程id
echo
$$
3.
保存並賦予可執行許可權chmod
u+x
file.sh
4.
在你的shell中輸入，echo
$$
屏幕輸出4176
5.
./file.sh
屏幕輸出3600
6.
bash
file.sh
屏幕輸出3984
7.
source
file.sh
屏幕輸出4176
和
你直接在shell中輸出的一樣，說明是在同一個bash進程
❸ 怎麼在linux下創建一個可運行腳本
步驟：
1.新建一個.sh文件，touch test.sh
(3)linux連接腳本學習視頻擴展閱讀：
Linux是一套免費使用和自由傳播的類Unix操作系統，是一個基於POSIX和UNIX的多用戶、多任務、支持多線程和多CPU的操作系統。它能運行主要的UNIX工具軟體、應用程序和網路協議。它支持32位和64位硬體。Linux繼承了Unix以網路為核心的設計思想，是一個性能穩定的多用戶網路操作系統。
Linux操作系統誕生於1991 年10 月5 日（這是第一次正式向外公布時間）。Linux存在著許多不同的Linux版本，但它們都使用了Linux內核。Linux可安裝在各種計算機硬體設備中，比如手機、平板電腦、路由器、視頻游戲控制台、台式計算機、大型機和超級計算機。
嚴格來講，Linux這個詞本身只表示Linux內核，但實際上人們已經習慣了用Linux來形容整個基於Linux內核，並且使用GNU工程各種工具和資料庫的操作系統。
腳本（Script）是使用一種特定的描述性語言，依據一定的格式編寫的可執行文件，又稱作宏或批處理文件。
Linux系統的shell作為操作系統的外殼，為用戶提供使用操作系統的介面。它是命令語言、命令解釋程序及程序設計語言的統稱。
shell是用戶和Linux內核之間的介面程序，如果把Linux內核想像成一個球體的中心，shell就是圍繞內核的外層。當從shell或其他程序向Linux傳遞命令時，內核會做出相應的反應。
shell是一個命令語言解釋器，它擁有自己內建的shell命令集，shell也能被系統中其他應用程序所調用。用戶在提示符下輸入的命令都由shell先解釋然後傳給Linux核心。