① 生物催化和生物降解的数据库及网址有哪些
生物催化和生物降解的数据库及网址有哪些
生物降解作用
生物降解是引起有机污染物分解的最重要的环境过程之一.水环境中化合物的生物降解依赖于微生物通过酶催化反应分解有机物.当微生物代谢时,一些有机污染物作为食物源提供能量和提供细胞生长所需的碳;另一些有机物,不能作为微生物的唯一碳源和能源,必须由另外的化合物提供.因此,有机物生物降解存在两种代谢模式:生长代谢(Growth metabolism)和共代谢(Cometabolism).这两种代谢特征和降解速率极不相同,下面分别进行讨论.
1.生长代谢
许多有毒物质可以像天然有机化合物那样作为微生物的生长基质.只要用这些有毒物质作为微生物培养的唯一碳源便可鉴定是否属生长代谢.在生长代谢过程中微生物可对有毒物质进行较彻底的降解或矿化,因而是解毒生长基质去毒效应和相当快的生长基质代谢意味着与那些不能用这种方法降解的化合物相比,对环境威胁小.
一个化合物在开始使用之前,必须使微生物群落适应这种化学物质,在野外和室内试验表明,一般需要2—50天的滞后期,一旦微生物群体适应了它,生长基质的降解是相当快的.由于生长基质和生长浓度均随时间而变化,因而其动力学表达式相当复杂.Monod方程是用来描述当化合物作为唯一碳源时,化合物的降解速率:
式中:c——污染物浓度;
B——细菌浓度;
Y——消耗一个单位碳所产生的生物量;
μmax——最大的比生长速率;
Ks——半饱和常数,即在最大比生长速率μmax一半时的基质浓度.
Monod方程式在实验中已成功地应用于唯一碳源的基质转化速率,而不论细菌菌株是单一种还是天然的混合的种群.Paris等用不同来源的菌株,以马拉硫磷作唯一碳源进行生物降解(如图3—34所示).分析菌株生长的情况和马拉硫磷的转化速率,可以得到Monod方程中的各种参数:μmax =0.37h-1,Ks=2.17μmol/L(0.716mg/L),Y=4.1×1010cell/μmol(1.2 ×1011cell/mg)
Monod方程是非线性的,但是在污染物浓度很低时,即Ks>>c,则式可简化为:
-dc/dt=Kb2·B·c’
式中:Kb2——二级生物降解速率常数.
② 美国国家标准与技术研究院的数据库
根据标准参考数据计划,NIST的各实验室正在将他们的数据库产品不断加入到在线访问的数据库行列,建立了一系列的科学数值数据库。通过更新现有的数据库及开发新数据库,NIST不断地丰富它的评价数值数据集,为社会提供可靠的、经过评价的数值数据。社会各界的工程师和科学家依靠 NIST的标准参考数据对许多关键技术进行决策。
NIST的标准参考数据库系列包括50多个数据库,其中大部分是建在微机上的多用途数据包,根据学科可分为以下几类:分析化学(包括谱学),原子和分子物理,生物技术,化学与晶体结构,化学动力学,工业流体与化工,材料性能,热力学与热化学,以及NIST的其它数据库。
分析化学类包括质谱库、红外谱、光电子能谱等数据库;原子与分子物理类包括光谱性能、c-射线衰减系数及交叉截面、原子光谱等数据库;生物技术类包括生物大分子结晶库等数据库;化学与晶体结构类有电子衍射等数据库;化学动力学类包括化学动力学、溶液动力学等数据库;工业流体与化工类有物质的热力学性能数据库;材料性能类包括结构陶瓷、腐蚀性能、摩擦材料、高温超导等数据库;表面数据类包括表面结构、弹性电子散射交叉截面等数据库;热化学类包括化学热力学、有机化合物热力学性能估算、JANAF热化学表等数据库。
NIST提供科学数值数据服务的方式主要有:①将数据与分析仪器连在一起出售,如质谱库中有近10万个化合物数据,附在质谱仪中出售的有常用的几万个化合物;②以PC数据包方式出售;③联机数据服务;④作为其它大的软件包的一部分;⑤直接装入用户的计算机。
具体的在线科学数据库名单如下:
儿童人体测量数据库(AnthroKids - Anthropometric Data of Children),
铂/氖阴极管灯泡的光谱图(Atlas of the Spectrum of a Platinum/Neon Hollow-Cathode Lamp in the Region 1130-4330 Å),
用于电子结构计算的原子参考数据库(Atomic Reference Data for Electronic Structure Calculations),
原子光谱数据库(Atomic Spectra Database,ASD),
原子谱线加宽目录数据库(Atomic Spectral Line Broadening Bibliographic Database),
原子跃迁概率数据库(Atomic Transition Probability Bibliographic Database),
原子重量及同位素成分数据库(Atomic Weights and Isotopic Compositions),
光子总交叉截面(衰减系数)测量目录(Bibliography of Photon Total Cross Section (Attenuation Coefficient) Measurements),
生物高分子结晶数据库(Biological Macromolecule Crystallization Database),
陶瓷互联网手册(Ceramics WebBook),
化学动力学数据库(CKMech,Chemical Kinetic Mechanisms),
化学互联网手册(Chemistry WebBook),
单分子反应计算数据库(ChemRate: A Calculational Database for Unimolecular Reaction),
视觉协同测试床(CIS2 Visual Interoperability Testbed),
化学动力学机理(CKMech,Chemical Kinetic Mechanisms),
计算化学比较和基准数据库(Computational Chemistry Comparison and Benchmark Database),
计算机辨认工具测试项目网站(Computer Forensics Tool Testing (CFTT) Project Web Site),
二阶光谱数据库(Diatomic Spectral Database),
运算法则和数据结构字典(Dictionary of Algorithms and Data Structures),
电子与等离子体加工用气体相互作用数据 (Electron Interactions with Plasma Processing Gases),
元素数据索引(Elemental Data Index),
工程统计学手册(Engineering Statistics Handbook),
火灾研究信息服务(Fire Research Information Services ,FRIS),
基本物理常数(Fundamental Physical Constants),
中性原子的基本水平和电离能量(Ground Levels and Ionization Energies for the Neutral Atoms),
数学软件指南(Guide to Available Mathematical Software),
NIST计量结果不确定性的评估与表达指南(Guidelines for Evaluating and Expressing the Uncertainty of NIST Measurement Results),
基础原子光谱数据手册(Handbook of Basic Atomic Spectroscopic Data),
绝缘体和建筑材料的热传递性质(Heat Transmission Properties of Insulating and Building Materials),
高温超导材料数据库(High Temperature Superconcting Materials Database),
HIV蛋白酶数据库(HIV Protease Database),
人线粒体蛋白数据库(Human Mitochondrial Protein Database),
烃类光谱数据库(Hydrocarbon Spectral Database),
二氧化碳同位素测定的交互规则(Interactive Algorithm for Isotopic CO2 Measurements),
国际比较数据库(International Comparisions Database),
ITS-90热电偶数据库(ITS-90 Thermocouple Database),
自动数据分析工具(MassSpectator Automated Data Analysis Tool),
矩阵市场数据库(Matrix Market Database),
相位图和计算热动力学―焊接系统(Phase Diagrams and Computational Thermodynamics - Solder Systems),
多轮烃结构索引(Polycyclic Aromatic Hydrocarbon Structure Index),
聚合物方法数据库(Polymer MALDI MS Methods Database),
高级材料的性质数据总结(Property Data Summaries for Advanced Materials),
断裂韧度性质数据总结(Property Data Summaries for Fracture Toughness),
氧化玻璃的性质数据总结(Property Data Summaries for Oxide Glasses),
蛋白质数据银行(Protein Data Bank (PDB) ( in collaboration with RCSB )
放射性核半衰期计量(Radionuclide Half-Life Measurements),
用于观测星际分子微波跃迁的雷达技术扫描频率(Recommended Rest Frequencies for Observed Interstellar Molecular Microwave Transitions - 1991 Revision),
加强渗透性数值数据库(Database on Reinforcement Permeability Values),
短暂前后重复的DNA数据库(Short Tandem Repeat DNA Internet Database),
无铅焊料的焊接特性数据库(Database for Solder Properties with Emphasis on New Lead-free Solders),
可溶性数据库(IUPAC-NIST Solubility Database),
溶解动力学数据库(NDRL/NIST Solution Kinetics Database on the Web),
坎德拉X-射线天文台光谱数据库(Spectral Data for the Chandra X-ray Observatory),
统计参考数据库(Statistical Reference Datasets),
电子、质子和氦离子的静止能与行程表(Stopping-Power and Range Tables for Electrons,Protons,and Helium Ions),
NIST结构陶瓷学数据库(NIST Structural Ceramics Database),
合成聚合物质谱项目(Synthetic Polymer Mass Spectrometry Project),
X-射线质量衰减系数和能量吸收系数表(Tables of X-Ray Mass Attenuation Coefficients and Mass Energy - Absorption Coefficients),
酶催化反应的热力学数据库(Thermodynamics of Enzyme-Catalyzed Reactions Database),
半导体器件加工用的气体的热物理特性数据库(Database of the Thermophysical Properties of Gases Used in the Semiconctor Instry),
三原子光谱数据库(Triatomic Spectral Database),
Vibrational branching ratios and asymmetry parameters in the photoionization of CO2 in the region between 650 Å and 840 Å
可见物粘合剂数据集(NIST Visible Cement Dataset),
Wavenumber Calibration Tables from Heterodyne Frequency Measurements
用于剂量测定的X-射线衰减与吸收表(X-Ray Attenuation and Absorption for Materials of Dosimetric Interest),
X-射线波型系数、衰减与散射表(X-Ray Form Factor,Attenuation and Scattering Tables),
X-射线电光子分光光谱数据库(NIST X-ray Photoelectron Spectros Database),
X-射线跃迁能量数据库(X-Ray Transition Energies Database),
光子交叉截面数据库(XCOM: Photon Cross Sections Database)。
③ 如何使用《NIST化学动力学数据库》查找C+2H2=CH4;反应的反应速率常数公式
网址是http://kinetics.nist.gov/kinetics/index.jsp
C+2H2=CH4
没有检索到数据
Search returned 0 records.
④ NCBI是什么主要是做什么
NCBI (National Center for Biotechnology Information )是指美国国立生物技术信息中心。
理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表,出现了生命过程的语法,其最复杂形式就是人类。
阐明和使用这些字母来组成新的"单词和短语"是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性,并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具,以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。
基本研究
它的使命包括四项任务:
建立关于分子生物学,生物化学,和遗传学知识的存储和分析的自动系统。
实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的,先进方法的研究。
加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。
全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。
NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的:
NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家,分子生物学家,数学家,生物化学家,实验物理学家,和结构生物学家,集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。这些研究者不仅仅在基础科学上做出重要贡献,而且往往成为应用研究活动产生新方法的源泉。
他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。
这些问题包括基因的组织,序列的分析,和结构的预测。目前研究计划的一些代表是:检测和分析基因组织,重复序列形式,蛋白domain和结构单元,建立人类基因组的基因图谱,HIV感染的动力学数学模型,数据库搜索中的序列错误影响的分析,开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法,建立非冗余序列数据库,序列相似性的统计显着性评估的数学模型和文本检索的矢量模型。
另外,NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。
⑤ 药融云是药物研发必备的数据库吗
药融云药物研发必备数据库
一、药物研发
1、全球药物研发数据库
包含了全球已上市及处于不同研发阶段的药物详细信息,包括药物研发代码、研发企业、适应症、治疗领域、靶点、研发阶段、工艺技术等信息,同时扩展药物的研发状态、关键性临床以及销售额信息。本数据库可掌握全球在研新药市场变化;了解全球新药研发趋势;解决立项、评估等问题;制定企业的战略规划。
(1)支持模糊检索、精准检索、条件筛选、组合检索、热点检索、高级检索(且、或、非)等检索方式
(2)搜索结果包括药品名称、靶点信息、适应症、治疗领域、工艺技术、专利号、原研企业、ATC信息、化学名称、分子式、分子量、CAS号化学结构、上市时间轴,各个国家研发状态、首批适应症、首次上市国家/地区、首次上市时间等。
(3)可视化图表分析,利用可视化图表分析可直观了解,各个阶段药物详情、靶点、适应症、治疗领域等榜单。
药理毒理数据库