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circbase数据库

发布时间: 2023-01-10 06:44:56

1. Hbase和传统数据库的区别

HBase与传统关系数据库的区别?
答:主要体现在以下几个方面:1.数据类型。关系数据库采用关系模型,具有丰富的数据类型和储存方式。HBase则采用了更加简单的数据模型,它把数据储存为未经解释的字符串,用户可以把不同格式的结构化数据和非结构化数据都序列化成字符串保存到HBase中,用户需要自己编写程序把字符串解析成不同的数据类型。
2.数据操作。关系数据库中包含了丰富的操作,如插入、删除、更新、查询等,其中会涉及复杂的多表连接,通常是借助多个表之间的主外键关联来实现的。HBase操作则不存在复杂的表与表之间的关系,只有简单的插入、查询、删除、清空等,因为HBase在设计上就避免了复杂的表与表之间的关系,通常只采用单表的主键查询,所以它无法实现像关系数据库中那样的表与表之间的连接操作。
3.存储模式。关系数据库是基于行模式存储的,元祖或行会被连续地存储在磁盘页中。在读取数据时,需要顺序扫描每个元组,然后从中筛选出查询所需要的属性。如果每个元组只有少量属性的值对于查询是有用的,那么基于行模式存储就会浪费许多磁盘空间和内存带宽。HBase是基于列存储的,每个列族都由几个文件保存,不同列族的文件是分离的,它的优点是:可以降低I/O开销,支持大量并发用户查询,因为仅需要处理可以回答这些查询的列,而不是处理与查询无关的大量数据行;同一个列族中的数据会被一起进行压缩,由于同一列族内的数据相似度较高,因此可以获得较高的数据压缩比。
4.数据索引。关系数据库通常可以针对不同列构建复杂的多个索引,以提高数据访问性能。与关系数据库不同的是,HBase只有一个索引——行键,通过巧妙的设计,HBase中所有访问方法,或者通过行键访问,或者通过行键扫描,从而使整个系统不会慢下来。由于HBase位于Hadoop框架之上,因此可以使用Hadoop MapRece来快速、高效地生成索引表。
6.数据维护。在关系数据库中,更新操作会用最新的当前值去替换记录中原来的旧值,旧值被覆盖后就不会存在。而在HBase中执行更新操作时,并不会删除数据旧的版本,而是生成一个新的版本,旧有的版本仍旧保留。
7.可伸缩性。关系数据库很难实现横向扩展,纵向扩展的空间也比较有限。相反,HBase和BigTable这些分布式数据库就是为了实现灵活的水平扩展而开发的,因此能够轻易地通过在集群中增加或者减少硬件数量来实现性能的伸缩。
但是,相对于关系数据库来说,HBase也有自身的局限性,如HBase不支持事务,因此无法实现跨行的原子性。
注:本来也想来问这个问题,然后复制一下的。结果找不到,只好自己手打了,麻烦复制拿去用的同学点下赞呗。

2. 如何建立一个数据库

Mysql安装完成后,要想将数据存储到数据库的表中,首先要创建一个数据库。创建数据库就是在数据库系统中划分一块存储数据的空间。在MySQL中,创建数据库的基本语法格式如下所示:

CREATE DATABASE 数据库名称;

在上述语法格式中,“CREATE DATABASE”是固定的SQL语句,专门用来创建数据库。“数据库名称”是唯一的,不可重复出现。

例如下面我们创建一个名称为itcast的数据库,SQL语句如下所示:

CREATE DATABASE itcast;

执行结果如下所示:


上述执行结果显示出了数据库itcast的创建信息,例如,数据库itcast的编码方式为utf-8。

3. 哪里有circRNA(环状RNA)数据库资源

随着对circRNA研究的越来越多,已知的circRNA数据信息在快速增长,在这里我们肽度时界(timedoo)整理了当前circRNA相关的数据库列表,希望能帮到您:
1.circBase[1],是一个通过收集和整合已经发布的circRNA数据构建的数据库。目前该数据库收集包括以下6个物种的circRNA信息:人 (hg19)、小鼠(mm9) 、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇 (dm3)、矛尾鱼 (latCha1)、腔棘鱼 (latCha1)。该数据库最新版本发布时间为2014年1月。网址:http://www.circbase.org/。通过在搜索界面中的list search提交circBase支持的circRNA ID号或基因组区域位置信息,可以快速查询相关circRNA信息;研究者也可以通过tablebrowser进行条件设置,筛选自己所需要的circRNA数据。
2.circRNABase[2] , 该数据库通过整合已发表的circRNA数据,构建miRNA与circRNA以及circRNA与RNA结合蛋白(RBP)的互作网络。最新版本发布时间:2013年12月 。网址:http://starbase.sysu.e.cn/mirCircRNA.php
3.Circ2Traits[3] ,是一个收集与人类疾病或性状潜在关联的circRNA数据库。该数据库通过预测miRNAs和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状RNA间的相互作用关系,构建了相互作用网络,并对miRNAs-circRNA相互作用组中的蛋白编码基因进行了GO富集分析;此外,将与疾病相关的SNPs位点定位到circRNA基因座上,并鉴定了环状RNAs上的Ago相互作用位点。最新版本发布时间:2013年12月 。网址:http://gyanxet-beta.com/circdb/
4.circNet[4],利用464个RNA-seq测序数据,进行新circRNA预测及基因组注释,并计算已知的及新预测的circRNA表达情况,构建circRNA-miRNA-genet调控网络,以上信息均可从该数据库获得。版本发布时间:2015年12月 。网址:http://circnet.mbc.nctu.e.tw/
5.deepBase v2.0[5]平台, 该数据平台收集了大约15万多的circRNA基因(人、鼠、果蝇、线虫等),并构建了最全面的circRNA的表达图谱。最新版本发布时间:2015年10月 网址:http://deepbase.sysu.e.cn/
6.CircInteractome[6]该数据库预测了已知的109个RNA结合蛋白数据集与circbase中的circRNA的结合位点,并利用Targetscan软件预测了miRNAs与circRNA的潜在结合位点。最新版本发布时间:2015年12月网址:http://circinteractome.nia.nih.gov/
你也可以上肽度时界(timedoo)查看circRNA(环状RNA)学术解读资料。

4. 怎样用CSCD预测circRNA的下游miRNA

1、筛选PTC中潜在的circRNA,GEO数据库中查找甲状腺乳头状癌相关的数据集,最终找到GSE93522。通过GEO2R在线差异分析工具进行差异分析,此处组别的设置为:(正常vs良性);(正常vs恶性)。在挑选候选circRNA分子时,只挑选在(正常vs恶性)中的差异分子,排除在(正常vs良性)中上调或者下调的circRNA。最终找到13个上调和1个下调的PTC发生和进展相关的circRNA分子。随后,我们通过circBase数据库找到这14个circRNA分子的亲本基因以及在基因组中的座位。为了绘制circRNA圈图,我们在CSCD数据库中查找这14个circRNA,最终找到11个circRNA,并用其中的数据绘制圈图。
2、预测和分析PTC中与潜在circRNA分子结合的miRNA,circRNA分子发挥作用存在三种比较常见的机制:作为miRNA的海绵;与RBP结合;翻译为短肽或者蛋白质。从绘制的圈图看,这11个miRNA均存在MRE元件,可能可以与相应的miRNA相互作用。因此,我们使用CSCD和CRI数据库来预测相应的结合miRNA,并用Cytoscape软件构建相应的circRNA-miRNA网络图。随后,通过使用TCGA数据库中的数据,分析上述miRNA在甲状腺乳头状癌中的表达和预后价值。3、预测和分析PTC中上述miRNA下游的靶基因,通过上述的表达分析和预后分析,符合筛选要求的只有miR-605-5p和miR-876-3p两个miRNA。接着,我们使用综合性靶基因预测数据库miRNet,预测这两个miRNA下游的靶基因。通过蛋白互作网络分析,我们构建靶基因PPI网络,并结合CytoHubba中的算法(Cytoscape中的插件),最终筛选出20个hub基因。同时,使用STRING数据库,我们对预测出的靶基因进行GO和KEGG富集分析。
4、构建PTC中潜在的信号通路:hsa_circ_0088494-miR-876-3p-CTNNB1/CCND1,还是通过Cytoscape,我们构建miRNA-hub基因网。使用starBase数据库,我们对miRNA-hubgene关系对作表达相关性分析,从中筛选呈显着负相关的关系对(3个关系对符合)。最后,对三个关系对中的hub基因作表达分析,发现只有CTNNB1和CCND1在甲状腺乳头状癌中显着高表达,符合要求。

5. circbase数据库打不开

题主是否想询问“circbase数据库打不开怎么办”?1、首先打开电脑,双击此电脑,找到磁盘中的circbase文件夹。
2、其次点击属性,在常规选项卡中点击高级,在弹出的窗口中去掉压缩内容,点击确定。
3、最后点击应用,勾选应用于circbase文件夹所有文件,重新打开circbase数据库即可。

6. 总结sql型数据库和hbase数据库的可视化界面有哪些并描述

可视化界面。总结sql型数据库和hbase数据库都是用于存储和管理数据的关系数据库类型。这两种类型的数据库都具有可视化界面,允许用户与数据库交互并执行创建表、插入数据和运行查询等任务。

7. 数据库中的databasefor是什么意思

database,数据库是把信息按不同的成分进行分类存储,数据库用一些特殊程序管理,你因此可以迅速地按照一定的类别进行查询或选择。一个简单的例子是国家地址数据库。它是由人们的名字,街路地址,城镇名和邮编组成。在这个数据库中。你可以按照城镇名称搜索。或列出所有叫cxh的人,或找出所有居住在beijing名字为cxh的人,现在比较流行的数据库软件有microsoft msql或mysql.
在数据库中,有压缩比例,是指把数据从一种可以节省空间的形式在存储的磁盘上。压缩后的文件可以减少网上传输所需要的时间。因为它们可以很快被伟送出去。压缩后的数据在硬盘上或文档中占的空间也大为缩小。在你使用这样的数据之前必须先把它们解压。

8. 数据库中database是什么意思

数据库(Database)是按照数据结构来组织、存储和管理数据的仓库,它产生于距今六十多年前,随着信息技术和市场的发展,特别是二十世纪九十年代以后,数据管理不再仅仅是存储和管理数据,而转变成用户所需要的各种数据管理的方式。数据库有很多种类型,从最简单的存储有各种数据的表格到能够进行海量数据存储的大型数据库系统都在各个方面得到了广泛的应用。

9. 数据库的英文缩写

DB(Database)数据库,另外,还有常见的DBMS表示数据库管理系统(Database Management System)。

数据库是以某种规则储存在一起、能够与多个用户共享、具有尽可能小的冗余度、且与应用程序彼此独立的数据集合,可以视为电子化的文件柜,用户可以对文件中的数据进行新增、查询、更新、删除等操作。

(9)circbase数据库扩展阅读:

数据库类型:

1、关系数据库

关系型数据库,存储的格式可以直观地反映实体间的关系。关系型数据库和常见的表格比较相似,关系型数据库中表与表之间是有很多复杂的关联关系的。

常见的关系型数据库有Mysql,SqlServer等。在轻量或者小型的应用中,使用不同的关系型数据库对系统的性能影响不大,但是在构建大型应用时,则需要根据应用的业务需求和性能需求,选择合适的关系型数据库。

2、非关系型数据库(NoSQL)

指的是分布式的、非关系型的、不保证遵循ACID原则的数据存储系统。NoSQL数据库技术与CAP理论、一致性哈希算法有密切关系。

NoSQL数据库技术还是具有非常明显的应用优势,如数据库结构相对简单,在大数据量下的读写性能好;能满足随时存储自定义数据格式需求,非常适用于大数据处理工作。

10. 如何创建数据库

1、首先在电脑端安装MySQL,然后进行信息配置操作。打开该软件,如图所示。