1. uniprot怎么看蛋白有没有配体
1 .首先打开官网，在搜索框前面的选择框中选择“gene”，在后面的搜索框中键入“CD47”，点击search
2 .可以在弹出的新页面中查看搜索结果。 你可以在这里看到各种相关基因的链接。 这里选择单击CD47molecule[HomoSapiens(Human ) ]
3 .在弹出的网页上可以看到这种蛋白质的概要
4 .往下拉，可以看到基因信息、染色体上的位置、表达分布、相互作用、蛋白质和mRNA的序列等其他信息。 这里隐藏了所有的信息，只显示标签，有兴趣的人可以自己点击查看。 另外，里面的信息可以看引用文献。
这是基因信息和染色体上的位置
表现分布。 上面的复选框是数据源
PubMed中的文献及蛋白质功能相关文献
mRNA和蛋白质序列
5 .接下来我们来看看mRNA序列。 可以看到序列号、长度、相关文献等。
为了能看到mRNA上每个区域的划分、外显子、编码区域、氨基酸序列等，会持续下降。
7 .点击前面的“CDS”，最后的序列中就会看到编码靶蛋白质的核酸序列。 点击fasta可以下载序列。
uniprot这个名字是通用蛋白质的英文缩写，介绍信息丰富的蛋白质数据库。
1 .同样搜索“CD47”这种蛋白质吧。
2 .下面是这一页跳出的结果。
中间的表包括蛋白质的标签、蛋白质和基因名称、是否人工注释(黄色标签)、属种等。
3 .在这里，选择第3个“CD47_HUMAN”。 紧挨着跳跃的网页有蛋白质名基因名和属种。
页面的左侧是整个网页的目录，其中包含有关该蛋白质的所有信息，包括功能、细胞定位、PTM、交互、高级结构、序列和其他数据库的链接。
这是蛋白质细胞定位和序列的域
这是蛋白质的结构信息，点击后面的链接，可以在RCSB数据库中查看详细信息。
以下为序列信息，包含4个可变拼接体。
以下是关于该蛋白质的其他数据库的信息
以上就是今天的分享。 周边很多人主要没听说过蛋白的信息，或者没想到找的时候会去看蛋白的信息。 如果在阅读文献之前能够搜索这些数据库，大致了解蛋白质的信息，在阅读文献时就会在心中计数。
168飞艇6种不亏钱的方法oimg.com/origin/pgc-image/?from=
2. PDB数据库怎么下载蛋白质的二级结构序列
蛋白质数据库是指包括蛋白质信息的数据库。常用的蛋白质数据库有很多，其中Uniprot被认为收录最广泛和注释信息最全面的蛋白质数据库。Uniprot下包括Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD，详见Uniprot_网络。其他的蛋白数据库有PDB（Protein Data Bank，简称PDB，开始建立于1971年）等。国内也有些如由上海生物信息技术研究中心下属的生物信息科学数据共享平台建立及维护的SDSPB等。
3. 生物信息学有关的问题
我只能回答这些 NCBI功能太多了
EMBL的研究主要集中在以下几个方面： 1. 生化实验技术质谱分析(Mass Spectrometry)等。 2．细胞生物学(Cell Biology)，研究细胞膜上蛋白和脂肪的分布，包括膜运输、微管网络、细胞核及细胞周期，焦点是Rab蛋白。 3．细胞生物物理(Cell Biophysics)，重点是理论创新和实际应用的研究，尤其是光学显微镜的完善使用。 4．分化(Differentiation)，集中研究果蝇的早期发育。 5．基因表达(Gene Expression)，研究基因到蛋白质信息传递的过程，尤其是核糖体合成在整个细胞生命过程中的重要作用。 6．结构生物学(Structure Biology)，在过去9年中建立了cDNA测序技术、生物计算、蛋白工程、晶体学、电子显微镜(EM)及核磁共振(VMR)，研究肌肉巨型蛋白分子Titin。 7．Grenoble研究分部，主要研究蛋白质合成过程，尤其揭示了G-蛋白-鸟苷酸交换因子偶联物的结构。 8．Hamburg研究分部，有关长期的分子生物学国际合作研究历史，着重于结构生物学研究，如光学测量系统、晶体学、X-线吸收光谱及小角散射。 9．Hinxton研究分部EBI(European Bioinformatics Institute，欧洲生物信息学研究所)，重点是与世界上其他分子生物学数据库进行合作研究，最主要的有EMBL核酸序列数据库，于1980年开始建立，随后参予了与日内瓦大学共同进行的SWISS-PROT的建设。在SWISS-PROT与EMBL核苷酸序列库之间的数据转移的基础上，产生了新的数据库TREMBL(Translation from EMBL)，即使核苷酸序列库的核苷酸序列自动翻译成SWISS-PROT蛋白序列库中的蛋白序列。 10．放射性杂交数据库(Radiation Hybrid Database)。 11．Monterotondo研究中心组，EMBL和欧洲其他研究组一起，加入到哺乳类生物学和生物医学的研究行列，中心位于意大利罗马北部的Monterotondo。EMBL着重于鼠遗传学研究。
PDB中含有通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振NMR）测定的生物大分子的三维结构
蛋白质 核酸 糖类 其它复合物
一种是显式序列信息（explicit sequence）
在PDB文件中，以关键字SEQRES作为显式序列标记，以该关键字打头的每一行都是关于序列的信息。
一种是隐式序列信息(implicit sequence)
PDB的隐式序列即为立体化学数据，包括每个原子的名称和原子的三维坐标。
蛋白质数据库（简称PDB）,专门用于处理和分类储存蛋白质等生物大分子的3D结构及其他生物学数据，应用范围极其广泛，是十分重要的世界性数据库之一.建立PDB的主要目的是：研究者可查询特定的生物大分子结构信息,对一个或多个结构进行简单分析；可作为因特网上其它相关资源的入口；可以下载结构信息等。RCSB与欧洲分子生物学研究所EBI和NCBI紧密合作，保持每个结构数据的一致性，并可以实现与蛋白质序列数据库、核酸序列数据库的交叉检索 .PDB中含有通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振NMR）测定的生物大分子的三维结构
蛋白质 核酸 糖类 其它复合物 .
4. 在pdb 数据库上下载蛋白质
你直接在PBD主页上的pbdIDortext里输入你的蛋白ID，也就是1SA1和1SA0，就能查到你要的蛋白质了。蛋白ID旁边有个DownloadFiles，点击后选择你要下载的文件格式即可下载。5. 常用的查询蛋白质结构以及序列的数据库主要有哪些
1. PIR和PSD
PIR国际蛋白质序列数据库(PSD)是由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库，可在这里下载。这是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库，其中包括来自几十个完整基因组的蛋白质序列。所有序列数据都经过整理，超过99%的序列已按蛋白质家族分类，一半以上还按蛋白质超家族进行了分类。PSD的注释中还包括对许多序列、结构、基因组和文献数据库的交叉索引，以及数据库内部条目之间的索引，这些内部索引帮助用户在包括复合物、酶－底物相互作用、活化和调控级联和具有共同特征的条目之间方便的检索。每季度都发行一次完整的数据库，每周可以得到更新部分。
PSD数据库有几个辅助数据库，如基于超家族的非冗余库等。PIR提供三类序列搜索服务：基于文本的交互式检索；标准的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；结合序列相似性、注释信息和蛋白质家族信息的高级搜索，包括按注释分类的相似性搜索、结构域搜索GeneFIND等。
2. SWISS-PROT
SWISS-PROT是经过注释的蛋白质序列数据库，由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护。数据库由蛋白质序列条目构成，每个条目包含蛋白质序列、引用文献信息、分类学信息、注释等，注释中包括蛋白质的功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级结构、四级结构、与其它序列的相似性、序列残缺与疾病的关系、序列变异体和冲突等信息。SWISS-PROT中尽可能减少了冗余序列，并与其它30多个数据建立了交叉引用，其中包括核酸序列库、蛋白质序列库和蛋白质结构库等。
利用序列提取系统(SRS)可以方便地检索SWISS-PROT和其它EBI的数据库。SWISS-PROT只接受直接测序获得的蛋白质序列，序列提交可以在其Web页面上完成。
3. PROSITE
PROSITE数据库收集了生物学有显着意义的蛋白质位点和序列模式，并能根据这些位点和模式快速和可靠地鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族。有的情况下，某个蛋白质与已知功能蛋白质的整体序列相似性很低，但由于功能的需要保留了与功能密切相关的序列模式，这样就可能通过PROSITE的搜索找到隐含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等；除了序列模式之外，PROSITE还包括由多序列比对构建的profile，能更敏感地发现序列与profile的相似性。PROSITE的主页上提供各种相关检索服务。
4. PDB
蛋白质数据仓库(PDB)是国际上唯一的生物大分子结构数据档案库，由美国Brookhaven国家实验室建立。PDB收集的数据来源于X光晶体衍射和核磁共振(NMR)的数据，经过整理和确认后存档而成。目前PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织(RCSB)负责。RCSB的主服务器和世界各地的镜像服务器提供数据库的检索和下载服务，以及关于PDB数据文件格式和其它文档的说明，PDB数据还可以从发行的光盘获得。使用Rasmol等软件可以在计算机上按PDB文件显示生物大分子的三维结构。
5. SCOP
蛋白质结构分类(SCOP)数据库详细描述了已知的蛋白质结构之间的关系。分类基于若干层次：家族，描述相近的进化关系；超家族，描述远源的进化关系；折叠子(fold)，描述空间几何结构的关系；折叠类，所有折叠子被归于全α、全β、α/β、α＋β和多结构域等几个大类。SCOP还提供一个非冗余的ASTRAIL序列库，这个库通常被用来评估各种序列比对算法。此外，SCOP还提供一个PDB-ISL中介序列库，通过与这个库中序列的两两比对，可以找到与未知结构序列远缘的已知结构序列。
6. COG
蛋白质直系同源簇(COGs)数据库是对细菌、藻类和真核生物的21个完整基因组的编码蛋白，根据系统进化关系分类构建而成。COG库对于预测单个蛋白质的功能和整个新基因组中蛋白质的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某个蛋白质与所有COGs中的蛋白质进行比对，并把它归入适当的COG簇。COG库提供了对COG分类数据的检索和查询，基于Web的COGNITOR服务，系统进化模式的查询服务等。
6. PDB数据库网址是什么
http://www.uniprot.org/
新的“联合蛋白质数据库”预计在三年内建成，美国国家卫生研究所已决定为这项计划斥资1500万美元。这一全球性数据库有望在2003年年底初步在因特网上开放，各国研究人
员可通过访问其网址www.uniprot.org，免费获取信息。(新浪网 2002年11月01日)
蛋白质数据库（Protein Data Bank, PDB）是一个生物大分子，如蛋白质和核酸，的数据库。这些数据包括X光晶体衍射或者NMR核磁共振显示以及由全世界生物学家和生物化学家上传，在网上，它们可以通过PBD的会员组织（PDBe, PDBj, RCSB）免费获取。PDB是由一个叫做世界蛋白质数据库（Worldwide Protein Data Bank, wwPDB）管理。PDB是结构生物（如结构基因组学）的一个关键性资源。大部分学术刊物，以及一些官方科研机构[如美国的国立卫生研究院（NIH）]，现在都要求科学家将它们研究的蛋白质、核酸结构上传到PDB
从PDB的网站上，可以通过蛋白质的编号查找到相应的3D结构，并可以将这个结构图下载到电脑中，通过PyMol、RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等软件查看、编辑。 从PDB网站上下载的3D结构图的后缀名为.pdb。
7. 如何从ncbi上下载database
因此NCBI 的分类学数据库不是一个系统发育或分类学的“专家数据库”（Wheeler et al., 2000）。 获取序列所对应的分类学信息有两种方法。 一种方法，从NCBI 网站下载gi与taxid 对应表，在Taxonomy 数据库的FTP 地址下载。这个目录下有多个压缩文件，其中针对Windows 操作系统的两个针对蛋白质序列和核苷酸序列的压缩文件分别是gi_taxid_prot.dmp.gz 和gi_taxid_nucl.dmp.gz 文件。这两个文件都只有两列，左边为gi 号，右边为Taxid。由于这些文件非常大，因此用浏览器来打开这些文件几乎是不可能的。随着时间的推移，这两个文件会越来越大，不过速度不会是指数增长的，并且在美国东部时间的每个星期一2：00 am NCBI 会对其进行更新。 对于Windows 用户还有一个文件称为taxmp.zip 文件。文件解压缩后包括1 个*.prt 文件和6 个*.dmp 文件。Gencode.dmp 文件保存有不同的密码子表，与同目录的gc.prt 联合使用；merged.dmp 是保存有合并的taxid 号的对应表；nodes.dmp 是结点信息；division.dmp 是较大的几个分类；names.dmp 结点名称信息，每个id 对应多行。这些数据被Phylogenie 软件包中的blammer 程序用于构建进化树。 利用ftp 地址的连接利用Http 或ftp 方式将文件下载到本地，通过本地程序或脚本搜索文本，来建立gi 号与Taxid 之间的联系（图）。这种方法比较适合于在线服务的Web 形式的程序，通过在本地不断地及时更新程序就可以完成这项工作。 第二种方法是对Taxonomy 数据库进行API 分析。
8. 请教一种新蛋白的研究思路
研究思路取决于研究的方向，一般来说需要先提纯出来，然后获得基因序列。蛋白质序列的检索往往是进行相关分析的第一步，由于数据库和网络技校术的发展，蛋白序列的检索是十分方便，将蛋白质序列数据库下载到本地检索和通过国际互联网进行检索均是可行的。接着就是做一些蛋白质基本性质分析、跨膜区分析、卷曲螺旋分析、前导肽与蛋白质定位、蛋白质功能预测等等