① 常用的查询蛋白质结构以及序列的数据库主要有哪些
1. PIR和PSD
PIR国际蛋白质序列数据库(PSD)是由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库,可在这里下载。这是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库,其中包括来自几十个完整基因组的蛋白质序列。所有序列数据都经过整理,超过99%的序列已按蛋白质家族分类,一半以上还按蛋白质超家族进行了分类。PSD的注释中还包括对许多序列、结构、基因组和文献数据库的交叉索引,以及数据库内部条目之间的索引,这些内部索引帮助用户在包括复合物、酶-底物相互作用、活化和调控级联和具有共同特征的条目之间方便的检索。每季度都发行一次完整的数据库,每周可以得到更新部分。
PSD数据库有几个辅助数据库,如基于超家族的非冗余库等。PIR提供三类序列搜索服务:基于文本的交互式检索;标准的序列相似性搜索,包括BLAST、FASTA等;结合序列相似性、注释信息和蛋白质家族信息的高级搜索,包括按注释分类的相似性搜索、结构域搜索GeneFIND等。
2. SWISS-PROT
SWISS-PROT是经过注释的蛋白质序列数据库,由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护。数据库由蛋白质序列条目构成,每个条目包含蛋白质序列、引用文献信息、分类学信息、注释等,注释中包括蛋白质的功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级结构、四级结构、与其它序列的相似性、序列残缺与疾病的关系、序列变异体和冲突等信息。SWISS-PROT中尽可能减少了冗余序列,并与其它30多个数据建立了交叉引用,其中包括核酸序列库、蛋白质序列库和蛋白质结构库等。
利用序列提取系统(SRS)可以方便地检索SWISS-PROT和其它EBI的数据库。SWISS-PROT只接受直接测序获得的蛋白质序列,序列提交可以在其Web页面上完成。
3. PROSITE
PROSITE数据库收集了生物学有显着意义的蛋白质位点和序列模式,并能根据这些位点和模式快速和可靠地鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族。有的情况下,某个蛋白质与已知功能蛋白质的整体序列相似性很低,但由于功能的需要保留了与功能密切相关的序列模式,这样就可能通过PROSITE的搜索找到隐含的功能motif,因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等;除了序列模式之外,PROSITE还包括由多序列比对构建的profile,能更敏感地发现序列与profile的相似性。PROSITE的主页上提供各种相关检索服务。
4. PDB
蛋白质数据仓库(PDB)是国际上唯一的生物大分子结构数据档案库,由美国Brookhaven国家实验室建立。PDB收集的数据来源于X光晶体衍射和核磁共振(NMR)的数据,经过整理和确认后存档而成。目前PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织(RCSB)负责。RCSB的主服务器和世界各地的镜像服务器提供数据库的检索和下载服务,以及关于PDB数据文件格式和其它文档的说明,PDB数据还可以从发行的光盘获得。使用Rasmol等软件可以在计算机上按PDB文件显示生物大分子的三维结构。
5. SCOP
蛋白质结构分类(SCOP)数据库详细描述了已知的蛋白质结构之间的关系。分类基于若干层次:家族,描述相近的进化关系;超家族,描述远源的进化关系;折叠子(fold),描述空间几何结构的关系;折叠类,所有折叠子被归于全α、全β、α/β、α+β和多结构域等几个大类。SCOP还提供一个非冗余的ASTRAIL序列库,这个库通常被用来评估各种序列比对算法。此外,SCOP还提供一个PDB-ISL中介序列库,通过与这个库中序列的两两比对,可以找到与未知结构序列远缘的已知结构序列。
6. COG
蛋白质直系同源簇(COGs)数据库是对细菌、藻类和真核生物的21个完整基因组的编码蛋白,根据系统进化关系分类构建而成。COG库对于预测单个蛋白质的功能和整个新基因组中蛋白质的功能都很有用。利用COGNITOR程序,可以把某个蛋白质与所有COGs中的蛋白质进行比对,并把它归入适当的COG簇。COG库提供了对COG分类数据的检索和查询,基于Web的COGNITOR服务,系统进化模式的查询服务等。
② 怎么查看sqlserver2008数据库的序列号
去找一个叫“prokey”的小软件,它可以帮你查到的微软的多数软件的序列号。
提示,部分杀软会把它当成恶意软件,因为它属于偷序号,密码一类的,连着你的win的序号都会给你找出来。不放心的话,自个去网上按“prokey”这个名字去找。
反正我传上后,网络是通过的,说“已经过网络安全检测”呵呵。
另外想说的是,SQL的序列号不值钱(正经的买因来的除外)网上一搜就知道了。
③ 如何在uniprot数据库中查找某个蛋白序列
NCBI
NCBI下有很多数据库,以下是蛋白质序列PopSet
包括研究1个人群、1个种系产生或描写人群变化的1组组联合序列。PopSet既包括核酸序列数据又包括蛋白质序列数据。
Entrez
功能强大,在于它的大多数记录可相互链接,既可在同1数据库内链接,也可在数据库之间进行链接。当应用BLAST软件比较某氨基酸或DNA序列与库中其他氨基酸或DNA序列差异即进行类似性检索时,则会触及到蛋白质库或核苷酸库的库内链接。库间链接产生在核苷酸数据库内的记录与PubMed库中已发表序列的引文间的链接,或蛋白质序列记录与核苷酸序列库中编码它的核苷酸序列间的链接。BLAST(Basic
Local
Alignment
Search
Tool)是用于序列类似性检索的1个重要数据库,是辨别基因和基因特点的工具。该软件能在15秒内完成全部DNA数据库的序列检索。BLAST记录的相干度有明确的统计学解释,以便更容易地将相干记录与随机的数据库记录像辨别。在NCBI主页的左工具条中,点击BLAST图标,即进入BLAST主页。
BLAST
主页提供了几种BLAST检索软件。其中BLAST2.0是1种新的BLAST检索工具,它在原有基础上作了改进,运行速度更快,灵敏度更高,同时具有Gapped
BLAST
和PSI-BLAST两种软件的新功能。Gapped
BLAST
允许在对准的序列中引入空位(碱基缺失或插入),引入空位(Gaps)意味着在比较两个相干序列时不会出现中断(Break)现象。这些空位对准的记分系统更能反应相干序列的类似程度。PSI-BLAST的全称是Position-Specific
Iterated
BALST,即特殊位置重复BLAST,它提供了自动、易用的概貌(Profile)检索,是查找序列同源的有效工具。Dnastar
可以用于解决你踢完的后半个问题
④ SQL server 2012 数据库 序列号查看
一、序列号保存在哪
不要被ProctCode迷惑,就算只安装了SQL Server客户端,注册表里也会有这个键值,并不是序列号,DigitalProctID才是,但经过了Base24编码,需要解码才行。
可以看到,对于不同版本,注册表的路径不一样,但是键是一致的。
Express版是免费的,没有序列号,从而注册表也没DigitalProctID这个键。
二、如何解码序列号
利用Powershell 解码
以下powershell函数用于解码/找回SQL Server序列号,在SQL Server 2008, 2008 R2实例上测试通过:
SQL Server 2012序列号里字符的格式发生了变化, data.uValue)[0..16] 不同于SQL Server 2008的 data.uValue)[52..66],同时别忘了改下注册表路径$regPath = "SOFTWARE\Microsoft\Microsoft SQL Server\110\Tools\Setup",修改后如下,在SQL Server 2012实例上测试通过:
调用powershell函数并输出序列号
打开powershell,把上面的函数贴进去,回车,输入Get-SQLServerKey 并回车;
或者把上面的函数存为.ps1文件直接引用:
输出结果如下:
根据powershell 脚本翻译成的Python base24 解码函数:
⑤ mysql数据库查询序列
问题分析:序列=自增ID,是数据库根据数据插入先后顺序自动生成的。
查询方式:
只能再查询自增ID即可
具体操作:MYSQL获取自增ID的四种方法
selectmax(id)fromtablename
SELECTLAST_INSERT_ID()函数
LAST_INSERT_ID是与table无关的,如果向表a插入数据后,再向表b插入数据,LAST_INSERT_ID会改变。
select@@IDENTITY;
@@identity是表示的是最近一次向具有identity属性(即自增列)的表插入数据时对应的自增列的值,是系统定义的全局变量。一般系统定义的全局变量都是以@@开头,用户自定义变量以@开头。
SHOWTABLESTATUS;
得出的结果里边对应表名记录中有个Auto_increment字段,里边有下一个自增ID的数值就是当前该表的最大自增ID.
⑥ postgresql数据库怎么查询所有的序列名
postgresql中一个序列对象通常用于为行或者表生成唯一的标识符。查看序列:psql
的
\d
命令输出一个数据库对象,包括
Sequence,表,视图和索引。你还可以使用
\ds
命令只查看当前数据库的所有序列。例如:pigdb-#
\ds
List
of
relations
Schema
|
Name
|
Type
|
Owner--------+-----------------------+----------+--------
public
|
author_ids
|
sequence
|
ichexw
public
|
shipments_ship_id_seq
|
sequence
|
ichexw(2
rows)