⑴ 做好代谢组学研究的关键在哪里
首先明确代谢组学的核心任务。对小分子代谢物的定性、定量分析并发现差异代谢物:(1)对生物体系中的内源性代谢物及其变化规律进行表征;(2)以差异代谢物作为核心对生命奥秘进行解析。而基于色谱/质谱联用的分离分析技术具有灵敏度高、选择性好、动态范围宽、信息丰富等优点,已成为代谢组学研究的主流技术平台。
其次明确代谢组学的研究方法。对于非靶向代谢组学而言,色谱与高分辨质谱的联用必不可少;而对于靶向代谢组学而言,基于多反应监测(MRM)模式的三重四极杆质谱被认为是质谱定量的 “金标准”。近年来,拟靶向技术由于结合了非靶向和靶向分析技术的双重优势,在代谢物分析的覆盖度上与非靶向方法接近,在灵敏度上与靶向分析一样,迅速发展成为代谢组学的主流研究方法。拟靶向代谢组学主要包括三个步骤:(1)基于四极杆飞行时间质谱的非靶向分析;(2)母离子/产物离子对的选择及检测参数优化;(3)使用三重四极杆或QTRAP质谱采用MRM模式(包括上述离子对)对样品进行分析。
关键点有哪些?代谢组学整个研究过程可以细分为20多个步骤,若每一步准确率为70%,最终结果的准确率不足0.1%,因此必须确保每一步(尤其是关键步骤)都规范、准确,才能保证研究结果准确、可靠。影响代谢组学研究质量的关键环节包括:(1)系统科学的研究方案;(2)样本收集、分组、储存、前处理、质量控制;(3)数据采集与质量控制;(4)数据处理、分析;(5)差异分子筛选与鉴定;(6)分类模型构建与验证;(7)数据库自建、管理与使用。这些环节受制因素较多,需要参考研究论文、技术规范、注意过程控制,采用专业的技术和工具支持才能获得高质量的研究结果。
为什么关键?围绕快速、有效地发现分子和标志物这一目的,精准和高通量正成为引领发展的方向。代谢组学研究需要满足生物医药、食品等行业的个性化分子智能识别需求,所以需要分子智能识别检测技术做支撑,需要自主知识产权的核心算法,才能保证专业化的组学、质谱数据处理、数据挖掘。
总结来说,在组学研究过程中,只有做好分子特征检测、差异分子筛选、差异分子鉴定、分类模型构建、数据库自建等关键步骤,才能得到最好的组学研究结果。
⑵ 1.求推荐一家靠谱的尿液代谢组学和血清代谢组学服务公司
(1) 尿液样品采集需要马上进行萃灭:快速使组织或细胞内的酶失活,防止代谢物的变化。液氮速冻是常用的萃灭方式。尿液采集后需立即放入-80℃或液氮保存。在NMR分析中,建议用0.2um滤膜过滤除菌。GC-MS分析中,由于尿素高温分解产生的氨气可能对检测其他物质造成干扰,因此分析前应加入尿素酶除去尿素。样本量要求200µL/例。LC-MS分析对样品则要求较少,仅需要弃去沉淀冻存即可。
(2)血液样品:包括血浆和血清,血清中代谢物的含量略高于血浆,血清和血浆均可用于代谢组学研究,但是取样尽量一致,要么都用血清,要么都用血浆。
血浆样品:应使用肝素钠抗凝管(EDTA等其余抗凝剂会对质谱信号有影响)采集全血,并尽快进行血浆分离:3000 rpm室温离心10 min,待血细胞完全沉降到管底后,取上层,0.2 mL/管分装至1.5 mL离心管中。-80°C冻存,干冰寄送。样本量要求100-200µL/例。
血清样品:血液收集在离心管中37°C(或室温)静置30 min或1 h进行凝固分层;3000 rpm室温离心10 min,待血细胞完全沉降到管底后,取上清转至干净的离心管中; 再12000 rpm 4°C离心10 min,取上清分装到1.5 mL离心管中,每管0.2 mL,-80 °C冻存,干冰寄送。样本量要求100-200µL/例。
现在市面上提供代谢组学的公司基本上都是基于LC-MS, GC-MS, NMR这三种技术展开。NMR技术的优点是样品可回收利用,但对复杂样品:例如血液样品的代谢组学分析,稍显力不从心,基于NMR的代谢组学数据库还没有大型的可参考标准物质谱图,这就使得解析谱图异常困难,遇到多物质的谱图重叠等问题很难解决。GC-MS由于需要样品衍生化,会有一部分物质丢失,并且由于精密度等原因,所测得的物质较少,并不能完整的反应该时刻的代谢轮廓特征。由于高分辨质谱的发展,配备有高分辨检测器的LC-MS例如LC-TOF-MS越来越成为了代谢组学样品分析的有利武器。并且随着MASSBANK, METLIN,HMDB等数据库的完善,使得LC-MS的数据的物质鉴定效率大大提升。不光如此,在样品的前处理中,使用LC-MS技术所需的处理步骤最为简单,可以很大程度上减少代谢物的流失。因此高分辨LC-MS技术已成为代谢组学中的主流手段被广泛使用。
目前国内做代谢组学的单位有很多,价格不一。如果是华北地区,可以考虑百泰派克,这家公司的价格很合理技术也挺好。
注意事项:建议尽量多的收集样本并分装冻存,100-200µL/管较为合适,且避免反复冻融。