先把每个库的表结构导出到文件，然后比较这两个文件。
mysqlmp --skip-comments --skip-extended-insert -u root -p database1>file1.sql
mysqlmp --skip-comments --skip-extended-insert -u root -p database2>file2.sql
diff file1.sql file2.sql
其实还有一些比较工具，推荐一个
mysql-comparison-tools
B. 如何对比两个相同数据库表的不同
不知道你说的表结构还是表记录的不同，表结构比较很简单，从数据字典里读出每个表的数据（包含字段、类型、索引等等）形成文件，然后把两个数据库结构文件用对比工具就可以搞定，当然现在有很多的现行工具能够将所有表结构形成文本文件（ORACLE如PL/SQL工具）；记录的比较就需要你逐表写SQL语句比较了或者将表里的数据按照一定规则导出成文件比较