A. 国际着名的三大蛋白质数据库
国际着名的三大蛋白质数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。
1、UniProt数据库
蛋白组学常用数据库UniProt（全称UniProt Protein Resource），建立于1986年，由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的，其信息量丰富、资源广泛，是目前公认的首选免费蛋白质数据库。
2、The Human Protein Atlas数据库
The Human Protein Atlas内含近30000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息，并提供免费查询。
瑞典Knut&Alice Wallenberg基金会利用免疫组化技术，检查每一种蛋白质在人类48种正常组织，20种肿瘤组织，47个细胞系和12种血液细胞内的分布和表达，其结果用至少576张免疫组化染色图表示，并经专业人员校对和标引，保证染色结果具有充分的代表性。
3、PhosphoSitePlus数据库
PhosphoSitePlus数据库是一个由CST和NIH联合开发的免费资源数据库，总结归纳了海量通过科学研究发现的蛋白修饰位点，包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等，并且包括一些CST公司发现但未发表的蛋白修饰位点。
该数据库是动态的、开放的、高度互动并持续更新的。它有助于研究PTMs在正常和病理细胞/组织中的作用，同时它也是发现新的疾病标志物和药物靶点的有力工具。
性能及历史
蛋白质数据库（HPDB），建于2005年5月，动态展示生物大分子立体结构，鼠标点击放大分子结构、原子定位、测定原子之间距离，可用于教学或科研。服务对象是能够熟练使用中文的生命科学、医学、药学、农学、林学等领域的大中专学生、教师及科技工作者。
分子结构特征描述采用汉语，同时提供英文原文以供考证。对于善于使用英文的读者，我们提倡直接访问RCSB PDB，一来可以减少网络拥挤，二来可以减少由于HPDB的翻译不妥带来的不便。
蛋白质数据库（HPDB）对每个蛋白质分子结构说明部分做了中文翻译（最新加入数据库的分子除外），内容包括分子结构定性描述、样品的来源、表达载体、宿主、化学分析方法、分子结构组成成分等。这些信息并同蛋白质分子结构数据存储于数据库，因此HPDB支持中文查询。
蛋白质数据库（HPDB）虽然翻译了“分子结构说明”部分，但为了保证数据的可靠性和准确性，HPDB对一级结构序列及大分子结构坐标数据等未做任何改动，数据库保持RCSB PDB核实后的原始实验数据文件，并保持PDB文件格式和蛋白质分子编号。
B. 如何搜索蛋白质结构对应的dna结构
分子模拟||查找蛋白质结构方法经验总结
唯理计算
来自专栏计算教程
有很多同学想做分子对接，却苦于不知道该如何寻找蛋白质结构，今天就分享一些关于查找蛋白质结构的一些经验。
01RCSB
RCSB（https://www.rcsb.org/）是由美国布鲁克海文国家实验室所维护的关于生物大分子三维结构的数据档案，其内容包括生物大分子的原子坐标、参考文献、1级和2级结构信息，也包括了晶体结构因数以及NMR实验数据。
1）进入到网站内，在搜索栏中输入想要检索到的蛋白质名称。可通过Advance Search增加筛选条件。
2）选择和自己模拟目的相贴切的结构，通过对比该结构的分类、来源、解析方法等选择合适的蛋白结构。亦可通过阅读解析蛋白的文章，进一步确认该结构是否为自己所需。
3）下载结构
确认蛋白质为所需结构，点击右上方的“Dowload Files”下载PDB格式的文件。
02Uniprot
Uniprot（https://www.uniprot.org/）被认为是收录最广泛和注释信息最全面的蛋白质数据库。由整合Swiss-Prot、 TrEMBL 和 PIR-PSD 三大数据库的数据而成。他的数据主要来自于基因组测序项目完成后，后续获得的蛋白质序列。它包含了大量来自文献的蛋白质的生物功能的信息。
进入数据库主页，选定UniProtKB蛋白质数据库，输入检索条目，选择相应的蛋白质。可以看到详细的信息解释，还有一些交叉数据库的链接，比如EMBL、RCSB等。
03NCBI
NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）是美国国家分子生物学信息资源中心，是全球最具影响力多的生物学网站之一。随着NCBI数据库不断更新，NCBI成为科研工作者必不可少的工具。在主页面可以看到，NCBI可以进行在线的序列比对、文献下载、查找序列信息、分析序列等等。
1）搜索蛋白质。中括号中为该蛋白的种属信息，选择合适的蛋白质查看详情。
选定结构后，下载该蛋白的序列信息；
2）也可将搜索选项设置为“Structure”，搜索相关结构信息；
3）序列比对
得到相关蛋白序列后，也可通过“tblastn”模块，比对相似序列。
04
其他相关数据库
1）HMDB：人类代谢组数据库（https://hmdb.ca/）于2007年首次发布，被认为是人类代谢研究的标准代谢组学资源，包含有关人类代谢物及其生物学作用、生理浓度、疾病相关性、化学反应、代谢途径和参考光谱的综合信息。
2）Ensembl是一个脊胡简椎动物基因组的基因组浏览器态拍，支持比较基因组学、进化、序列变异和转录调控的研究。可查看下方链接了解：
http://ensemblgenomes.org/
和NCBI类似，如果你有一个蛋白基因，在这个网站上找到信息后，可以直接查看同源蛋白（ortholog和paralog），不需要blast。
3）CATH：对蛋白质结构进行层次分类，可查看下方链接了解：
http://cathdb.info/
4）SCOP：提供所有已知结构蛋白质之间的结构和进化关系的相关信息，可查看下方链接了解：
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/
分子模拟||查找蛋白质结构方法经验总结
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有什么关于医生类的言情小说吗？
小尘
“脱裤子。”对面的医生小哥面无表情，一边戴手套，一边冷冰冰地说。我哦了一声，乖乖把裤子脱到膝盖。小哥皱眉看了我一眼，补充一句，“一只脚脱出来。”我默默把裤子往地下扯。小哥一边拿钳子，一边问我，“谈了几个男朋友？”我老老实实回答，“三个。”他又瞟了我一眼，突然莫名补充了一句，“同居了？”我摇头，“没同居过。”小哥啪地一下把钳子又丢了回去，“穿裤子。”我：？？？我裤子都脱了，你就给我来这个？玩我呢。《推倒医生的一百种方法》（已完结，保甜）1小哥回到办公桌前，唰唰唰给我开检查。“月经不调，白带无异常，做个 B 超看看。注意饮食，不要熬夜，多锻炼，少吃垃圾食品。”末了看了我一眼帆做羡，“尤其是外卖。”我就很好奇，他是怎么知道我喜欢点外卖的。然而他并没有给我时间反应，检查单丢给我就按了下一号。“二楼缴费负一 B 超室排队，检查出来直接来找我，不用再挂号了，下一位。”最后一句是送客，懂了。我捏着病历麻溜地滚了。我和赵初年的第一次相遇，起源于一句脱裤子，结束于一句去交钱。 当然，那是我以为的初次相遇。2检查结果一切正常。我看着 B 超单上的无异常阴影字样，再想想医生办公室外头排的长队，本着没病不去浪费资源的节约精神，打算一走了之。结果 B 超室那位极其温柔的护士姐姐，居然百忙之中硬是冲了出来，一路把我护送到了医生办公室门口。还极其热情地帮我交了病历本排队。于是我又见到了让我脱裤子的医生小哥。还听了他长达五分钟的絮絮叨叨。从我作息不规律，说到我吃饭不积极，再说到我平时不锻炼。简直比我妈还过份。末了让我扫他桌上的二维码，关注医院公众号，定期来复检。我满口子谢谢医生，保证听话调整作息。出了医生办公室，我就当他说话是放屁。只要身体没出问题，痛经就是绝症，定期听唐僧念经就能治好了？那我还不如直接下一曲大悲咒在家里循环播放。出了医院大门，我想了想，给母上大人打了个电话，汇报了一下检查结果。早两年母上大人赵女士还会苦口婆心劝我多出去转转，比如参加一下公园的相亲大会，递一下自己的材料。最近倒是提得少了。不知道是她想开了，还是在背着我憋大招。3下了班，我孤独寂寞地拎着两盒儿烤串，回去接着加班画稿子，最近刚接的私活儿。回到小区，电梯门要关上的一瞬间，突然伸进来一只手，手指修长，指节分明，手掌白皙，肌理匀停。我的画稿正好就缺这么一只完美无缺的爪子。手指往楼层按键上移了一下，没按楼层，直接按了关门键。我顺着手往上看了一眼。对面小哥眉清目秀，气质干净，眼神清澈，一身正气还自带天然安全感。那一瞬间，我脑袋里灵感就和火山喷发一样，瞬间构思了七八张男上女下男下女上，窗台上书桌上池塘边荒漠里树林中草地上各种不同场景酱酱酿酿的画面。以至于他跟我解释说他住 807 我都没反应。用我们画手圈的话来说，他真的是长了一张标标准准的，可适用于从古到今任何场景的，可攻可受可盐可奶的通杀脸。对着这张脸，别说下饭了，他就是我行走的灵感启动器，我的金饭碗。只可惜我怂，不敢明目张胆地看他。直到他走出电梯，按完 807 的密码，我才从背影里反应过来，他就住我隔壁。门挨着门的那种。天助我也。有他当邻居，我何愁画稿没男主？问题是，我总觉得这位小哥哥，好像在哪儿见过，有点眼熟。直到他开完门，冷不丁回过头来，看了一眼我手里拎的烤串。辛辣，刺激，上火，不健康。就在小哥垂眼的那一瞬间，我脑中突然电光火石般闪出一线清明。医院，白大褂，口罩，以及絮絮叨叨让我少吃外卖的，唐僧。我挂号的妇产科医生就住我隔壁，请问我可以去敲他门，问他为什么我的姨妈不规律吗？我盯着那张脱下口罩帅得鬼斧神工的脸，鬼使神差地，冲他提起我的宵夜，并不过脑子地，发出了热情洋溢的邀请。“要吃吗，我多买了一盒，里头有两串腰花和三串韭菜，补肾的。”不出所料，他看我的眼神，活像在看一个二傻子。我恨不得直接把舌头给咬下来。隔壁防盗门在我面前砰地一声，关得死紧。4换了鞋子，给死党王小小打电话。“我觉得我失恋了。”对面诡异地沉默了半晌，然后礼貌而克制地问，“请问你什么时候谈的恋爱？”我理直气壮。“五分钟前，电梯里，我对一只手的主人，一见钟情。”电话里传来嘟嘟嘟的忙音。半小时后，王小小拎着啤酒，风风火火按响了我家门铃。“你这不叫失恋，叫单方面意淫男人然后还对他进行了精神侮辱，别人没揍你那是他涵养好。”“有图有真相，你说他帅得一笔，图呢？”医院里他全程口罩，电梯里惊鸿一瞥，接着我就用两串腰花三串韭菜，干脆利落地结束了我和我未来老公的浪漫邂逅。春天，是适合恋爱的季节。然而我的房间里，充斥着一股出师未捷身先死的失恋酸腐气。我和我的医生小哥哥之间，隔着一层薄薄的墙板，又像隔着千山万水。王小小咬着烤串，化身恋爱导师，帮我一条一条梳理信息。“你搬来这里多久了？”“一年。”“一年了，你没碰到过你邻居？”“没注意。”“隔壁有没有雌性出没过？”“不知道。”“隔壁干吗的？”“妇产科医生，我今天刚挂了他的号。”王小小看着我，恨铁不成钢。“留微信了吗？”我老老实实地摇头。王小小不死心。“那电话呢？”我继续摇头。王小小锲而不舍。“名片你总拿了一张吧。”我羞愤欲死，摇头×n王小小仰天长啸，对我发出了发自肺腑的鄙视。“我阅男无数，怎么会有你这么蠢的朋友。”我做小伏低，虚心求教斩男大法。王小小一个枕头砸我脑袋上。“明天早上六点，不，五点你就起床，蹲在楼梯间，就是守，也要把他的出门时间守出来。”我举一反三。“要不我现在就去楼梯间蹲着？”王小小翻了个白眼。王小小拿着我的电脑戳戳写写，为我量身制定追男神详细计划表。并且把脱单计划投屏到了墙壁上。我洗耳恭听，一一记牢，并定下八个闹钟，表示一定完成任务。王小小啃完我最后一串烤串，又风风火火走了。我点头哈腰把她送上电梯，一回身，忽然一阵穿堂风刮来。我家防盗大门，砰地一下，就那么在我眼皮子底下，无情无义地关上了。而我，站在初春微凉的楼梯间里，没带钥匙，没带手机，还挂空挡。身上所有的装备，包括且仅限于我的粉红兔珊瑚绒睡衣，和我的泰迪熊抱枕。5807 的大门打开得猝不及防。暖黄色灯光从门内泻出来，医生哥哥那张可攻可受的脸，出现在了我面前。他应该是刚洗过澡，头发看上去湿湿的，晶莹剔透的水滴在发梢欲滴不滴，顺着轮廓分明的侧脸，滑落修长的脖颈，消失在睡衣 v 领的深处。再往下，是衣服里看不见但令人遐想无限的胸肌腹肌人鱼线……同样是睡衣，我穿在身上，裹得像个粽子；他穿在身上，禁欲又修身。我咕嘟一声，默默吞了口口水。小哥哥好看的眉头皱了起来。“你怎么回事？”我蹲在地上，老老实实回答问题。“门关了，我没带钥匙。”然后迅速补了一句。“也没带手机。”小哥似乎是叹了口气，侧身让出了门口的位置。“进来吧。”男神的房间就和他的人一样，看上去禁欲又规整。医生小哥指了指沙发，让我坐。而我的肚子很不合时宜地，咕噜叫了一声。“没吃晚饭？”我疯狂摇头，然后又拼命点头，想了想，继续疯狂摇头。并告诉男神我不饿。小哥哥站起来往厨房走，不知道是不是我的错觉，我总觉得他笑了一下。“西红柿鸡蛋面行不行？”我抱着抱枕，一顿点头。男神亲自下面，别说放西红柿，就是放一斤砒霜，我都能吃进去。男神家的厨房做成了开放式，我假装看电视，实则隔三岔五透过玻璃门，尽情视奸医生小哥做饭的销魂背影。鲜红的番茄炒出汁水，新嫩的鸡蛋煎得刚好，面条软硬适中，葱花欲语还休。在清汤的热气中若隐若现蒸腾出的，不仅仅是面条的美味，还是我和男神扬帆起航的新开始。我举着筷子，在心里不停祈祷。让过敏反应来得再慢一点。是的，我番茄过敏。在医生小哥的注视下，我缓缓挑起一筷子面，英勇地送入嘴里。一碗本该小鹿乱撞的面，硬是被我吃得心急如焚。不焚不行，脸痒着呢。我这边祈祷医生小哥家灯光昏暗，他看不清我的脸；那边医生小哥迅速抬手，在我脸上摸了一把。我：？？？我还没动手呢，男神先揩我油？接着我就感受到了，来自身下，医生小哥胸腔的震动。“你脸过敏了。”医生小哥突然呼啦一下站起身来，转身进了卧室。我顶着一张红肿脸，站在男神家客厅里，十分茫然。卧室门再次打开时，医生小哥穿戴整齐，冲我伸出手。“走吧。”我感觉我心都凉了。进男神家门还没俩小时，就要被扫地出门了……我饱含热泪地，离开了这块让我想长久逗留的土地。然后就一路被医生小哥带进电梯，扶进车库，塞进副驾。6我表示非常茫然。“这是去哪？”男神系完安全带，一扭车钥匙。“医院。”咦？到了医院，挂号都省了。因为去的是他本医院。我眼睁睁看着他和急诊医生简单交流了两句黑话，接着堂而皇之地在电脑前坐了下来，登录自己的医生账号，建档开药一气呵成，末了手机扫码缴费。全程别说挂号，我连嘴巴都没来得及张一下，药就已经到手了。因为人急诊医生还帮他去了趟药房。不仅替他去了药房，临走的时候还欲语还休地拍了拍他的肩膀，看着我的眼神意味深长。当然，这些我都已经不太想关心了。一直到他带着我离开医院大门，我满脑袋转悠的只有一个念头。下次复诊，我直接来医院挂他急诊行不行？这也忒方便了。小哥哥看着我一脸如丧考妣，又补了一句。“我就住你隔壁，你要复诊，过来敲我门就行。”“穿睡衣也可以，夏天的比较好。就是，别再挂空档。”我：！！！我觉得我耳朵应该没幻听。我和我家男神第二次相遇，他给了我一张，通往他家的长期门禁卡。并且嫌弃我，穿得太保守？7最后还是医生小哥帮我打电话找开锁，师傅一边换锁，一边絮絮叨叨吐槽。说像我们这种小情侣同时被关外头的情况，他一月碰好几回。我的重点在于小情侣，其他一概不往心里去。因为，医生小哥就站在旁边，他也，没！否！认！换锁换得我喜气洋洋，满面红光。男神付钱，我拿钥匙。然而门刚打开，我就傻了。王小小帮我写的倒追男神攻略，此刻还安安静静投屏在客厅的墙上。而我的电脑，长期不锁屏，所以……男神进门的时候，那份撩汉攻略，还正正地，打在墙上。明明白白，清清楚楚。“那什么，我朋友写小说的，这是她的大纲，大纲。”男神好像是看了一眼，又好像是没看。半天，给了我一个评价。“你朋友小说里的女主角，比你聪明点。”我扑到沙发上拿起手机，打开二维，试图引开男神的注意。“加个好友吧，我还你钱。”男神面无表情。“这个……好像我做不到。”我心如死灰。男神抬抬下巴，示意我自己看。“你给我的是付款码。”最后我是怎么和男神加上的好友，我已经不知道了。我是怎么把男神送出门的，我也不知道了。只记得出门前，医生小哥看着我，欲言又止。“不舒服就给我发消息，打语音也行，电话我写在药盒上了。”然后还补了一句。“我电话不关机，睡得挺浅的。”走的时候，他还帮我关上了门。他走了没几分钟，微信叮地一亮。“早点休息，明天七点，送你上班。”送我上班？肯定句，没问我意见。真·霸道医生！我直呼呜呼，果断把他微信备注改为攻略对象，闭眼睡觉。过敏算个球，如果过敏能换得男神天天嘘寒问暖，还车接车送，我恨不得我连空气都过敏。8王小小约我晚饭火锅局，目的是仔细盘问我推倒男神的进展。我毫不留情地拒绝了她，并表示今晚我还要跟男神约会，没空。的确是没空。为感谢男神，我特意买了蔬菜沙拉，打算给赵初年的晚饭添个菜。然而巴巴从下班回家就蹲守在门口，一直等到晚上九点。赵初年还没回来。我干脆连门都不关了，搬了个小板凳坐在门口，抱着手机想给他发微信。敲你好，删掉。敲在不在，删掉。敲药多少钱我转给你，还是删掉。穷极无聊，最后点进他朋友圈，拉到最底下，从下往上翻。不是医学论坛，就是院所宣传，再不就是医学文章科普转发点赞。唯一一个异类，是他搂着一个肤白貌美、腿长腰细的小姐姐，笑得阳光灿烂。看定位是在本市名胜秋名山。再仔细看一下，小姐姐就是我照 B 超时，给我递纸巾的热心护士姐姐。男神有女朋友了？说不定都不是女朋友，是老婆了。因为那条朋友圈显示是在一年前。我抱着手机，耳边叮地一声，不是电梯上行的声音，是我少女心碎了一地。“你怎么坐在门口？”赵初年站在我面前，弯腰看我。我下意识把手机一锁，摇头。“没事没事，就想看看你回来了没，昨天的药费还没转给你呢。”赵初年往我黑漆漆的手机屏幕上瞟了一眼。“没多少，过敏怎么样？”我哦了一声，给他现场表演了一场左右开弓打脸大会。“没事了，都消肿了。”赵初年又看了看我的脸。“注意点比较好，来我家吧。”然后还特意补了一句。“记得带钥匙。”我疯狂摇头，抱着凳子往家里跑。“不了不了不了不了，大晚上的，你女朋友看到不好，我就不去了。”追男神可以，但撬墙角这种事情我还是干不出来。赵初年一把拽住我胳膊，“什么女朋友？”我滑得和条泥鳅似的，哧溜一下从他手里钻出来，砰地一声关了大门。赵初年在外头敲门。我在里头装死。画面像极了电视剧。女主角得了绝症，然后跟男主角分手，防盗门一关，女主角靠门坐着泣不成声，门外男主角拿头哐哐撞大墙。不过我肯定是没有泣不成声，门外男神肯定也没有拿头跟墙过不去。我坐在地上，盯着桌上一个金灿灿的摆件发呆。不是我想盯，实在是那玩意儿摆在桌上挺显眼。土豪金上通红通红四个大字，见义勇为。底下还刻上了派出所的分局名字。从审美上来说，我其实不是很想给它摆在桌上。只不过这玩意儿沉甸甸的，放得又稳，拿来压纸，简直完美。我生平第一次运用我的运动神经见义勇为，不是抓小偷，而是抓人贩。追人贩的时候其实我并没有多想，一脚把人贩踹倒在地的时候，甚至还隐隐觉得我帅爆了。一直到王小小陪我去派出所录口供，我才开始后怕。我一个独居女性，万一人贩子还有同伙流落在外，给我惦记上了可怎么好。所以我直接拒绝了事主当面感谢的要求，并拜托派出所把我信息给保密了。最后，事主托派出所送来了这么个实心人造水晶奖杯。淘宝定制，三十八元包邮。敲门声响了十来分钟，最后还是停了下来。隔壁家的钥匙插进锁孔的声音特别明显。门被打开，然后再关上。我只感觉浑身上下的力气也随着那声关门，被抽了个干干净净。9王小小给我打电话，问我今天和男神的约会怎么样。我握着手机，问她今天的火锅局还算不算数。死党不愧是死党，一句话就听出了不对劲，当场踹掉她的小奶狗，过来陪我海底捞。我言简意赅地给她描述了一下，什么叫一阵风引发的惨案。王小小听完，冲我竖起一根大拇指。“就你这操作，都能跟他勾搭上，他还给你做饭，送你就医，包你售后，要不是你刚才说他有女朋友，我都觉得他对你有意思。”我否认三连。“不可能，他没有，就是职业病。”医生嘛，总不能眼睁睁看着我过敏无动于衷吧。他纯粹就是职业素质好，道德水平高。好男人都是别人家男朋友。王小小摸着下巴，继续对我穷追猛打。“那你是咋发现他有女朋友的？”我把相册打开，给她看截图。帅哥美女，四条白生生的大长腿，就连王小小都瞬间柠檬了一把。这还用得着我多说？王小小看着我，痛心疾首。“你居然现在才去翻他朋友圈？”我表示我那纯粹是被美色迷了眼，完全忘了这一茬。王小小给我判了死刑，“你就好好单着吧，老老实实相亲，靠你自己撩男人，没戏。”隔壁桌非常恰到好处发出几声笑。护士小姐姐从隔断小花盆后头绕了出来，看着我笑眯眯。赵初年的脸就在护士姐姐旁边。俩人并排坐着，我恍惚中，好像看到了颜值天花板。简直配一脸。杀伤力极大。赵初年绕过隔断，走到我身边。“往里让让。”我老老实实给挪屁股。好像还带着一丝消毒水味儿的男人直接坐了下来。“不是说了，你过敏要吃清淡。”我拿筷子往油碟里戳。“忘了。”护士小姐姐把脑袋凑到王小小耳边嘀咕了两句。然后这没良心的就见色忘义，眉开眼笑地坐去了隔壁桌。俩人还喊来服务员，换了个台，离我离得远远的。我差点没把脑袋埋进火锅汤里。赵初年往桌上摆出一张身份证，接着在第一张身份证旁边，摆了第二张身份证。我斜着眼睛偷瞄。第一张身份证，性别男，姓名赵初年。要么说男神就是男神，身份证照都好看。第二张身份证，性别女，姓名赵初云。嗯？怎么跟男神名字是一套？最关键的是，照片上那张脸，也很好看。好看得跟护士小姐姐一毛一样。赵初年慢条斯理地给我解释。“那是我姐，亲姐，她儿子都四岁半了。”“那天给你看急诊的，是我堂哥，已婚。”合着你全家都一个医院上班。我一把抢过身份证，又是侧光又是抠表面，拿出鉴定人民币的架势，试图鉴定证件真伪。男神在旁边给我加注解，“是真的。”我看看身份证，又看看他，再看看身份证，心花怒放。当然，嘴上我是不会承认的。“你跟我说这个干吗？”赵初年从我手里拽过辣碗，换了个干净油碟，“告诉你我没女朋友，也没结婚。”我默默往卡座角落里缩。赵初年继续承担了话题担当。“我今天临时加了台手术，所以回来晚了。”我一边往嘴里塞金针菇，一边偷瞄赵初年。修长的手指配上冰冷的手术刀，那画面感，简直了。“回去我来你家，抗过敏药我看着你吃完。”我往嘴里塞虾滑。“明天我继续送你上班？”我把清汤锅里象征性的食材全捞完了。赵初年看着我叹气，“你不说话，我就当你同意了。”我装死失败，被逼得不得不开口，“同意什么？”“同意明天我送你上班。”我：……就这？你身份证都掏了，就给我听个这？我还以为你要说同意我们原地结婚呢。白高兴了。这顿火锅，我主吃，赵初年负责给我涮菜，一顿饭吃得我尴尬得，能抠出个三室一厅。更何况拐角那桌，护士小姐姐和王小小两双精光四射的八卦之眼，只差没把我这桌给瞪穿了。直到赵初年问我吃饱了没，我从善如流，表示吃得很饱。他抄起平板来要结账。这我能同意？那一瞬间我手速暴涨，扫码输密码一气呵成。而为了抢单用力过猛，我整个人基本上是扑在平板上的。平板在赵初年手里。四舍五入，就好像我在他怀里一样。王小小冲我比大拇指。那意思我知道，姐们儿牛。赵初年好像是笑了一下，又好像没有。他喊我回家，我濒死挣扎，说要跟死党交代一声。然而反抗未果。不仅反抗失败，反而还一脚踩滑，结结实实把自己摔在了赵初年腿上。赵初年往王小小那桌看了一眼，告诉我，我的死党跟她的姐姐一见如故，二人决定在此把锅言欢，再吃一轮。我决定回去就拉黑王小小这根墙头草。赵初年一路扶着我往电梯走。嗯，就是我想的那种扶。他一手托着我胳膊肘，一手虚揽我的腰，隐隐还有点以借力为借口，把我往他怀里带的趋势。我偷摸动了动脚踝，不痛不肿，“脚没事。”赵初年哦了一声，我腰上悬着的那只手松开去按电梯，另一只手改扶为牵。电梯里就我跟他两个人。观光梯外星光璀璨，灯火通明。观光梯内他就站在我身边，胳膊若有若无地贴在我身边，圈住我手腕的手掌干燥有力。一时之间我竟然能够听到自己的心跳。砰砰砰砰砰，砰砰砰砰砰。回到家，丫又很自觉地跟着我进了屋，还坐在我旁边，一边倒水拿药，一边跟我闲聊天，语气还贼轻松。赵初年盯着我吃完药，完了还特顺手地在我手背上轻轻拍了一下。“好了，早点休息，明天早上七点我来叫你。”说完这句话，悠哉悠哉地回去了。10我一头雾水地掏出手机给王小小发微信。我：你不是人！你没有心！小小爱吃酸菜鱼：你个大屁眼子！就这种来往程度，说你们没有半年以上的奸情，老娘都不信！我：我用你的人品对天发誓，我去医院是头一回见他，他还戴了口罩。小小爱吃酸菜鱼：不，我不信，从今天开始，你在我心里不是顾小秋了，你是顾钮祜禄氏心机秋。我问她赵初年这到底是什么意思。对方回了我个白眼，说这是想泡我的意思。我：！！！我觉得这真的不可能。除了言情小说，而且是古早言情小说，现实中没有哪个女主角能靠着卖蠢来得到男神青睐的。凭什么？就因为我住在他隔壁？王小小问我是不是有病，指责我太过于凡尔赛。有这么个优质汉子追我，我居然还患得患失了。并表示换成她，现在就去敲男神房门，假装浴室坏了借厕所洗澡,再假装忘带浴袍成功拿到男神睡衣,再然后,就可以顺理成章来一场源自生命的干柴烈火大和谐。好吧，我承认我怂，我不敢。王小小说我送上门的男神不立刻扑倒，这年头居然还想着放长线钓大鱼。小心鱼跑了哦。我抱着手机，内心天人交战，要不要试试王小小说的方法。但总觉得这跟我风格好像不太合适，更何况我又不是没在他面前穿过睡衣。王小小给我极力鼓吹睡衣大法好，从男性天然的保护欲说到征服感再说到荷尔蒙多巴胺，总而言之就是一句话。试试我不亏。最后，我抱着试一试的心态，拔了热水器的插头，然后给赵初年发消息，说我热水器放不出热水了。三分钟后，我家门被敲响。赵初年拎着一个工具箱走了进来。“哪坏了？”我当场傻了。他一个学医的，为什么还能修热水器？我支支吾吾说放不出热水。赵初年先去厨房关了水阀，然后看了一眼我家热水器。接着面无表情地帮我插上插头，示意我去开水阀，再试试。我羞愤欲死，表示不用试了，是我忘了插插头。赵初年意味深长地看了我一眼。赏了我五个字。“床上躺着去。”我：哎哎哎？热水器不是修完了吗？我一脸迷茫，看着赵初年。他大大方方地看着我，不仅看着我，还一步一步往我面前走。我抄着我的小抱枕，就这么被他逼到了墙角，又转到了卧室，最后被按着坐在了床上。赵初年俯下身子，嘴唇贴着我的耳朵，声音带着些喑哑的磁性。“不要关门，等我一下。””我缩进被子里，面红耳赤，脑内全都是脖子以下不可描述的酱酱酿酿画面。赵初年往自己家转悠了一圈，不知道拿了个什么东西过来。男神的手隔着被子在拍我的背。“你自己来还是我来？”我死抱着被子不撒手。被子外头是包装被拆开的声音。好像还有什么东西被撕了下来。再然后，一只手把被子掀开了一个角，另一只手伸进来。把暖宝宝，正正贴在了我的衣服上。我：？？？我裤子都打算脱了，你就给我贴个暖宝宝？我呼地一下掀开被子。赵初年抖着肩膀笑了个够，又盯着我，看了好一阵子。半晌，对面的男人轻轻叹了口气。把手放在我脑袋上，呼噜了一下我原本就挺乱了的一头毛。“本来不想这么快的。”哎？什么这么快？我十脸蒙圈。赵初年就又叹了口气。“早点睡吧。”这回轮到我急了。“你话别说一半，到底什么这么快？”
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目前蛋白质结构数据库 PDB中所存储的蛋白质三维结构主要通过X 射线晶体衍射和核磁共振成像技术，蛋白质的结构检测比序列检测要难得多。
D. 蛋白质三维结构数据库的介绍
蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,简称PDB)是美国纽约Brookhaven国家实验室于1971年创建的。为适应结构基因组和生物信息学研究的需要，1998年10月由美国国家科学基金委员会、能源部和卫生研究院资助，成立了结构生物学合作研究协会(Research Collaboratory for Structural Bioinformat-ics,简称RCSB)。PDB数据库改由RCSB管理，目前主要成员为拉特格斯大学(Rutgers University)、圣地亚哥超级计算中心(San Diego Supercomputer Cen-ter,简称SDSC)和国家标准化研究所(National Insti-tutes of Standards andTechnology,简称NIST)。和核酸序列数据库一样，可以通过网络直接向PDB数据库提交数据。
E. uniref90是蛋白数据库吗
PDB，protein data bank.主要就是蛋白质的晶体三维结构的数据库，特别是球蛋白。三维结构就是由一级结构折叠而成的。
F. 如何知道一条蛋白质序列在PBD数据库中有没有3D结构
1。在NCBI或者BLAST中找到这段序列所在蛋铅蚂白质的名称，以及其它所有用过的名字或者别名枣激搏
2。在PDB中搜索这凳祥些名字或名称，看有没有存在的结晶结构, 大多数是NMR的或者X-ray的。
3。不放心的话，可以在string啦，或者其他的数据库中找相关的链接，看看有没有PDB的相关标号，就是4位由数字和字母混合成的晶体结构标号。
4。几方面一综合，就知道有没有了。不过如果不是关键蛋白质的话不要抱太大的希望，结晶难度很大，所以存在的晶体结构不是很多的，没有晶体结构的3D结构都是预测或者推测的，不作数。
以上
G. 常用的查询蛋白质结构以及序列的数据库主要有哪些
1. PIR和PSD
PIR国际蛋白质序列数据库(PSD)是由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库，可在这里下载。这是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库，其中包括来自几十个完整基因组的蛋白质序列。所有序列数据都经过整理，超过99%的序列已按蛋白质家族分类，一半以上还按蛋白质超家族进行了分类。PSD的注释中还包括对许多序列、结构、基因组和文献数据库的交叉索引，以及数据库内部条目之间的索引，这些内部索引帮助用户在包括复合物、酶－底物相互作用、活化和调控级联和具有共同特征的条目之间方便的检索。每季度都发行一次完整的数据库，每周可以得到更新部分。
PSD数据库有几个辅助数据库，如基于超家族的非冗余库等。PIR提供三类序列搜索服务：基于文本的交互式检索；标准的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；结合序列相似性、注释信息和蛋白质家族信息的高级搜索，包括按注释分类的相似性搜索、结构域搜索GeneFIND等。
2. SWISS-PROT
SWISS-PROT是经过注释的蛋白质序列数据库，由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护。数据库由蛋白质序列条目构成，每个条目包含蛋白质序列、引用文献信息、分类学信息、注释等，注释中包括蛋白质的功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级结构、四级结构、与其它序列的相似性、序列残缺与疾病的关系、序列变异体和冲突等信息。SWISS-PROT中尽可能减少了冗余序列，并与其它30多个数据建立了交叉引用，其中包括核酸序列库、蛋白质序列库和蛋白质结构库等。
利用序列提取系统(SRS)可以方便地检索SWISS-PROT和其它EBI的数据库。SWISS-PROT只接受直接测序获得的蛋白质序列，序列提交可以在其Web页面上完成。
3. PROSITE
PROSITE数据库收集了生物学有显着意义的蛋白质位点和序列模式，并能根据这些位点和模式快速和可靠地鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族。有的情况下，某个蛋白质与已知功能蛋白质的整体序列相似性很低，但由于功能的需要保留了与功能密切相关的序列模式，这样就可能通过PROSITE的搜索找到隐含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等；除了序列模式之外，PROSITE还包括由多序列比对构建的profile，能更敏感地发现序列与profile的相似性。PROSITE的主页上提供各种相关检索服务。
4. PDB
蛋白质数据仓库(PDB)是国际上唯一的生物大分子结构数据档案库，由美国Brookhaven国家实验室建立。PDB收集的数据来源于X光晶体衍射和核磁共振(NMR)的数据，经过整理和确认后存档而成。目前PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织(RCSB)负责。RCSB的主服务器和世界各地的镜像服务器提供数据库的检索和下载服务，以及关于PDB数据文件格式和其它文档的说明，PDB数据还可以从发行的光盘获得。使用Rasmol等软件可以在计算机上按PDB文件显示生物大分子的三维结构。
5. SCOP
蛋白质结构分类(SCOP)数据库详细描述了已知的蛋白质结构之间的关系。分类基于若干层次：家族，描述相近的进化关系；超家族，描述远源的进化关系；折叠子(fold)，描述空间几何结构的关系；折叠类，所有折叠子被归于全α、全β、α/β、α＋β和多结构域等几个大类。SCOP还提供一个非冗余的ASTRAIL序列库，这个库通常被用来评估各种序列比对算法。此外，SCOP还提供一个PDB-ISL中介序列库，通过与这个库中序列的两两比对，可以找到与未知结构序列远缘的已知结构序列。
6. COG
蛋白质直系同源簇(COGs)数据库是对细菌、藻类和真核生物的21个完整基因组的编码蛋白，根据系统进化关系分类构建而成。COG库对于预测单个蛋白质的功能和整个新基因组中蛋白质的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某个蛋白质与所有COGs中的蛋白质进行比对，并把它归入适当的COG簇。COG库提供了对COG分类数据的检索和查询，基于Web的COGNITOR服务，系统进化模式的查询服务等。
H. 化学信息数据库的类型有哪些
1.剑桥结构数据库（,CSD）（英国）
2.无机晶体结构数据库（,ICSD）（德国）
3.蛋白质数据库（TheProteinDataBank,PDB）（美国）
4.JCPDS－国际衍射数据中心的粉晶数据库（JCPDS-,JCPDS-ICDD）（美国）
5.开放晶体结构数据库（CrystallographyOpenDatabase,COD）
数据库全称是指英国皇家化学学会，是一个国际权威的学术机构，是化学信息的一个主要传播机构和出版商，其出版的期刊及资料库一向是化学领域的核心期刊和权威性的资料库。该协会成立于1841年，是一个由5.4万名化学研究人员、教师、工业家组成的专业学术团体，出版的期刊及数据库一向是化学领域的核心期刊和权威性的数据库。RSC期刊大部分被SCI收录，并且是被引用次数最多的化学期刊，2016年平均影响因子为6.109，其中高于5.0的期刊超过40%，类型包括期刊、电子书、过刊文献、文摘数据库以及免费的ChemSpider化学专业搜索引擎，是学术研究的重要信息来源。RSC支持IOS与安卓系统应用程序。
I. discoverystudio如何单独移动配体
在Discovery Studio（DS）中，可以直接构建分子结构，也可用其他绘制软件绘制完成后，导入至DS中打开。（推荐大家使用ChemOffice软件进行小分子的绘制，并转为3D结构，保存为.mol2格式）①点击View>Toolbars>Sketching，调出Sketching功能。随后创建一个新的分子窗口用来绘制结构，如下图，或者点击File>New>Molecular Window；
②借助Sketching绘制化合物的3D空间构象点击View>Toolbars>View调出更多工具栏，使用上方工具进行结构绘制；
可以选中某个碳原子，选择菜单栏Chemistry>Element更换原子类型。
随后选择菜单栏点击Structrue>Clean Geometry优化该化合物的几何三维结构。2.小分子配体结构优化
很多时候我们需要处理多个配体结构，我们可以使用DS进行统一处理，进行加氢、能量最低化等。利刃君这里是使用ChemOffice画好了结构，点击File>Open打开画好的结构，一共有52个小分子；
在工具浏览器中，展开点击Small Molecules>Prepare or Filter Ligands>Prepare Ligands， 打开相应的流程参数设置面板；设置Input Ligands 参数为52structures:All，即表示对所有的小分子进行处理，其余参数一般设置默认值即可；
参数设置完成后，点击Run即可运行任务，任务完成需要一点时间；
任务完成后，弹出如下窗口，点击Report，打开报告界面，可以看到一些处理信息；
点击View Results，可观察处理后的分子结构，此时小分子即处理完毕。
另外，如果需要添加立场对小分子进行结构优化，可点击Small Molecules|Minimize Ligands>Full Minimization，选择所有小分子，点击Run即可批量优化小分子结构。
二、蛋白处理
1.蛋白结构的导入
①通过DS直接从PDB数据库中下载
需要电脑联网，点击菜单栏File>Open URL可出现下图对话框，直接输入蛋白ID号（PDB编号），点击Open即可。
②从蛋白质晶体结构数据库PDB中下载后导入
PDB数据库网址：http://www.rcsb.org/
利刃君这里以TRK-A蛋白为例，下载其晶体结构，编号为6PL1。打开PDB网址后，在搜索框输入6PL1，点击Go即可；
我们可以在搜索结果上看到该晶体结构的诸如分辨率、来源、序列、共晶化合物等相关信息。点击Dowload Files>PDB Format，即可下载该蛋白晶体结构的PDB格式文件；然后从File 中直接打开下载好的本地文件。
2.蛋白质结构处理
从系统视图中选中水分子Water，点击键盘Delete 删除（水分子一般不保留，除非有特殊需求，如水分子作为蛋白与配体之间的桥梁）。
注：可通过快捷键Ctrl+H 打开系统视图，Ctrl+T 打开表格视图。
随后，我们需要对蛋白质进行去除蛋白多构象，补充非完整的氨基酸残基，为蛋白加氢等处理。在工具浏览器中，点击Macromolecules>Prepare Protein>Clean Protein即可完成对蛋白质的处理。
另外，在显示窗口中点击鼠标右键选择Display Style，可改变蛋白质的显示类型、颜色、光照等，这些内容大家可以按自己意愿进行更改即可。
以上就是利刃君为大家带来的使用Discovery Studio 2016软件进行小分子配体及蛋白准备的教程啦~