A. 基因组数据库的介绍
基因组数据库(GDB)为人类基因组计划(HGP)保存和处理基因组图谱数据。GDB的目标是构建关于人类基因组的网络全书，除了构建基因组图谱之外，还开发了描述序列水平的基因组内容的方法，包括序列变异和其它对功能和表型的描述。
B. 哪个数据库可以查一个基因在不同组织器官的表达水平
牛人，顶一个：hand： 做一下序列比对看一下其他植物中有没有序列相似度高的基因， 做一些开花相关基因的表达分 亚细胞定位？如何定位，怎么做？ 肯定是罩陵和灶闷桥花器官的生隐猛.
C. 什么在线网站可以做基因间的相关性分析
没有在线网站可以做基因间的相关性分析
现在早悄到达只要输入一个基因就能知道与它相关的基因的关系。基因是非常复杂的有机体，要搞懂肆睁郑是非常不容易的裂颂。
D. 这几个网站怎么使用
这四个茄孝差网站功能各异，每一个的用法都可以讲上一天。具体的用法要你自己去网站上去摸索，到文献中去寻找，另外要根据你自己的目的去探索。
这四个网站分别对应的功能是：直系同源基因数据库、基因组数据库、Tigre的直系同源基因数据库（真核生物）和基因本体数据库。
从总体上讲，这些网站的用法有：数据浏览、FTP数据下载和自己编写程序分颤皮析数据。
如果你的研究和直系同源基因相关，应该慎亏使用1，3
如果和基因的功能注释相关应该使用4，
如果关系测序基因组情况应该去Ensembl，比较全。
我的感觉1、2、4这三个数据库用的比较多，对3不甚了解。
E. 如何使用geo数据库分析基因表达与预后的关系
在NCBI的GEO数据库中，系列（series）中matrix目录下的GSExxx_series_matrix.txt.gz文件，其中的数据是什么含义。拿哪是不是别人已经标准化枯悔好的数据（而且是log2处理过的），我可以用来直接求倍数然后看表达差异?
GSExxx_series_matrix.txt.gz数据格式和楼主的数据截消败码图类似，差别在于列标题，楼主的列标题是GSMxxxxxx.CEL,而从GEO下载的GSExxx_series_matrix.txt.gz的数据，列标题是GSMxxxxxx，无“.CEL”。
ID_REF GSM413894 GSM413895 GSM413896 GSM413897 GSM413898 GSM413899 GSM413900 GSM413901
AFFX-BioB-3_at 8.472861 7.58379 7.726437 7.808923 8.604332 8.60782 8.343771 8.628157
AFFX-BioB-5_at 8.65537 7.696443 7.996466 7.719412 8.770542 8.652599 8.404749 8.911979
AFFX-BioB-M_at 8.813823 7.890245 8.127718 8.306655 9.011187 8.91993 8.566244 9.06862
AFFX-BioC-3_at 9.633732 9.024885 9.136383 9.120244 10.2995 10.15661 10.00954 10.25113
AFFX-BioC-5_at 9.756588 9.118516 9.137075 9.544678 9.945514 9.793713 9.544567 9.861975
AFFX-BioDn-3_at 12.0726 11.67344 11.62215 11.9874 12.16764 11.97144 11.81811 12.0963
F. divid数据库如何上传30个相似基因
如果要上传30个相似基因组，可以使用DIVID来实现。DIVID是一个在线的基因组数据库，可以用来上传和共享基因组数据。步骤如下：
1. 首先，注册一个DIVID帐号，登录并进入管理页面。
2. 点击“上传文件”，选择30个相似的基因组文件，点击“开始上传”完成上传。
3. 将上传的基因组文件分类。可以在“文件管理”页面中查看上传的基因组文件，并将其归类到不同的文件夹中。
4. 设置基因组文件的共享权限。在“文件管理”页面中可以为每个文件设置权限，例如可以设置文件只允许私有访问或公开访问。
5. 将基因绝袭手组文件发布到外部网站。可以利用DIVID的内置分享功能将上传的基因组文件发布到并嫌外部网站，例如Facebook、Twitter、Instagram等。
以上就是使用DIVID上传30个相似基因组的步骤。DIVID不仅可以上传和共享基因组数据禅冲，还可以实现复杂的基因组分析功能，帮助研究人员深入研究基因组数据。
G. 怎样用david数据库进行基因功能分析
Pathway功能分析及显着性判断
对差异表达基因进行Pathway功能分析，并计算Pvalue进行显着性判断，Pvalue越小，表明该pathway变化越显着，并可对每条Pathway通路图进行展示，同时在相应的位置标注差异表达基因。
2. Pathway中基因相关性分析
根据每两个基因共出现在同一pathway中的次数统计，绘制基因共相关点线图，进而得到不同pathway上基因的关联情况。在分析工具上点击“cell differentiation”，在“Term Information”中描述了细胞分化术语的基本信息，包括树形及与父结点、子节点关系。
对于未知基因名的序列，可以用序列直接检索GO数据库。点击AmiGO首页上方的“BLAST”，进入检索界面。在检索框输入氨基酸或核酸序列或上传序列文件，检索工具能自动识别并相应地选择BLASTP或BLASTX来与数据库中的序列进行比对。以大肠杆菌DNA聚合酶Ⅱ基因polB为例，“High Scoring Gene Procts”栏内显示基因产物的名称、物种信息、p值。
H. 基因数据库 一般使用什么数据库
集合所有已知核酸的核苷酸序列，单核苷酸多态性、结构、性质以及相关描述，包括它们的科学命名、来源物种分类名称、参考文献等信息的资料库。基因和基因组的资料也包含在DNA数据库中。目前国际上比较重要的核酸（含蛋白质）一级数据库有美国的GenBank、欧洲的EMBL和日本的DDBJ。三个数据库信息共享，每日交换，故资料是一样的，唯格式有所不同。
I. 高通量测序数据公共数据库有哪些(高通量测序常规)
GenBank数据库结构
完整的GenBank数据库包括序列文件，索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文枝芦乱献等建立的，用于数据库查询。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻译而得到的蛋白质序列数据库，其数据格式为FastA。
GenBank中最常用的是序列文件。序列文件的基本单位是序列条目，包括核苷酸碱基排列顺序和注释两部分。目前，许多生物信息资源中心通过计算机网络提供该数据库文件。下面，我们介绍序列文件的结构。
GenBank序列文件由单个的序列条目组成。序列条目由字段组成，每个字段由关键字起始，后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段，以次关键字或特性表说明符开始。每个序列条目以双斜杠“//”作结束标记。序列条目的格式非常重要，关键字从第一列开始，次关键字从第三列开始，特性表说明符从第五列开始。每个字段可以占一行，也可以占若干行。若一行中写不下时，继续行以空格开始。
序列条目的关键字包括LOCUS(代码)，DEFINITION(说明)，ACCESSION(编号)，NID符(核酸标识)，KEYWORDS(关键词)，SOURCE(数据来源)，REFERENCE(文献)，FEATURES(特性表)，BASECOUNT(碱基组成)及ORIGIN(碱基排列顺序)。先版的核酸序列数据库将引入新的关键词SV(序列版本号)，用“编号.版本号”表示，并取代关键词NID。
LOCUS(代码)：是该序列条目的标记，或者说标识符，蕴涵这个序列的功能。例如，图4.1中所示的HUMCYCLOX表示人的环氧化酶。该字段还包括其它相关内容，如序列长度、类型、种属来源以及录入日期等。说明字段是有关这一序列的简单描述，如本例为人环氧化酶-2的mRNA全序列。
ACCESSION(编号)：具有唯一性和永久性，如本例中代码M90100用来表示上述人环氧化酶-2的mRNA序列，在文献中引用这个序列时哗茄，应该以此编号为准。
KEYWORDS(关键词)字段：由该序列的提交者提供，包括该序列的基因产物以及其它相关信息，如本例中环氧化酶-2(-2)，前列腺素合成酶(synthase)。
SOURCE(数据来源)字段：说明该序列是从什么生物体、什么组织得到的，如本例中人脐带血(umbilicalvein)。次关键字ORGANISM(种属)指出该生物体的分类学地位，如本例人、真核生物等等(详见图4.1)。
REFERENCE(文献)字段：说明该序列中的相关文献，包括AUTHORS(作者)，TITLE(题目)及JOURNAL(杂志名)等，以次关键词列出。该字段中还列出医学文献摘要数据库MEDLINE的代码。该代码实际上是个超文本链接，点击它可以直接调用上述文献摘要。一个序列可以有多篇文献，以不同序号表示，并给出该序列中的哪一部分与文献有关。
FEATURES(特性表)：具有特定的格式，用来详细描述序列特性。特性表中带有‘/db-xref/’标志的字符可以连接到其它数据库，如本例中的分类数据库（taxon9606），以及蛋白质序列数据库（PID：g181254）。序列中各部分的位置都在表中标明，5’非编码区(1-97)，编码区(98-1912)，3’非编码区(1913-3387)，多聚腺苷酸重复区域(3367-3374)，等等。翻译所得信号肽以及最终蛋白质产物也都有所说明。当然，这个例子只是特性表的部分注释信息，但已经足以说明其详细程度。
接下来是碱基含量字段，给出序列中的碱组成，如本例中1010个A，712个C，633个G，1032个T。ORIGIN行是序列的引导行，接下来便是碱基序列，以双斜杠行“//”结束。
·EMBL数据库结构
EMBL数据库的基本单位也是序列条目，包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。序列条目由字段组成，每个字段由标识字起始，后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段，以次标识字或特性表说明符开始，最后以双斜杠“//”作本序列条目结束标记。
条目的关键字包括ID（序列名称），DE（序列简单说明），AC（序列编号），SV（序列版本号），KW（与序列相关的关键词），OS（序列来源的物种名），OC（序列来源的物种学名和分类学位置），RN（相关文献编号或递交序列的注册信息），RA（相关文献作者或递交序列的作者），RT（相关文献题目），RL（相关猛档文献杂志名或递交序列的作者单位），RX（相关文献Mediline引文代码），RC（相关文献注释），RP（相关文献其他注释），CC（关于序列的注释信息），DR（相关数据库交叉引用号），FH（序列特征表起始），FT（序列特征表子项），SQ（碱基种类统计数）。
其它常用核酸序列数据库
·dbEST
dbEST数据库专门收集EST数据，该数据库有自己的格式，包括识别符、代码、序列数据以及dbEST的注释摘要，也按DNA的种类分成了若干子数据库。1998年5月8日版的dbEST共包括1.6_106条EST。其中有1百万条人的EST，30万条小鼠和大鼠的EST。
·GSDB
GSDB是基因组序列数据库（GenomeSequenceDataBase），由美国新墨西哥州SantaFe的国家基因组资源中心创建。GSDB收集、管理并且发布完整的DNA序列及其相关信息，以满足基因组测序中心需要。该数据库采用服务器-客户机关系数据库模式，大规模测序机构可以通过计算机网络向服务器提交数据，并在发送之前对数据进行检查，以确保数据的质量。
GSDB数据库中条目的格式与GenBank中的基本一致，主要区别是GSDB数据库中增加了GSDBID识别符。
GSDB数据库可以通过万维网查询，也可以使用服务器-客户机关系数据库方式查询。无论用哪种方法，熟悉数据库结构化查询语言SQL，对更好地使用GSDB数据库会有所帮助。
·UniGene
人类基因组计划的首要任务是对人类基因组进行全序列测定，整个基因组估计有30亿个碱基对，其中大约3%可以编码蛋白质，其余部分的生物学功能还不清楚。转录图谱可以把基因组中能够编码蛋白质的部分集中起来，因此是一种重要的数据资源。
UniGene试图通过计算机程序对GeneBank中的序列数据进行适当处理，剔除冗余部分，将同一基因的序列，包括EST序列片段搜集到一起，以便研究基因的转录图谱。UniGene除了包括人的基因外，也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的基因，而下一章将要介绍的HGI数据库只包括人的基因。该数据库的标题行（TITLE）给出基因的名称和简单说明，表达部位行（EXPRESS）指出该基因在什么组织中表达以及在基因图谱中的位置等。此外，列出该基因在核酸序列数据库GenBank或EMBL和蛋白质序列数据库SWISS-PROT中的编号的超文本链接。
UniGene中部分条目包括已知基因序列，而有些条目则仅有新测得的EST序列片段。这就意味着，这些EST序列所对应的基因尚未搞清，可以用来发现新基因。在描绘基因图谱及大规模基因表达分析等研究中，UniGene也可以帮助实验设计者选择试剂。
UniGene可以通过NCBI或SRS系统访问