㈠ 高通量测序数据公共数据库有哪些(高通量测序常规)
GenBank数据库结构
完整的GenBank数据库包括序列文件，索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文枝芦乱献等建立的，用于数据库查询。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻译而得到的蛋白质序列数据库，其数据格式为FastA。
GenBank中最常用的是序列文件。序列文件的基本单位是序列条目，包括核苷酸碱基排列顺序和注释两部分。目前，许多生物信息资源中心通过计算机网络提供该数据库文件。下面，我们介绍序列文件的结构。
GenBank序列文件由单个的序列条目组成。序列条目由字段组成，每个字段由关键字起始，后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段，以次关键字或特性表说明符开始。每个序列条目以双斜杠“//”作结束标记。序列条目的格式非常重要，关键字从第一列开始，次关键字从第三列开始，特性表说明符从第五列开始。每个字段可以占一行，也可以占若干行。若一行中写不下时，继续行以空格开始。
序列条目的关键字包括LOCUS(代码)，DEFINITION(说明)，ACCESSION(编号)，NID符(核酸标识)，KEYWORDS(关键词)，SOURCE(数据来源)，REFERENCE(文献)，FEATURES(特性表)，BASECOUNT(碱基组成)及ORIGIN(碱基排列顺序)。先版的核酸序列数据库将引入新的关键词SV(序列版本号)，用“编号.版本号”表示，并取代关键词NID。
LOCUS(代码)：是该序列条目的标记，或者说标识符，蕴涵这个序列的功能。例如，图4.1中所示的HUMCYCLOX表示人的环氧化酶。该字段还包括其它相关内容，如序列长度、类型、种属来源以及录入日期等。说明字段是有关这一序列的简单描述，如本例为人环氧化酶-2的mRNA全序列。
ACCESSION(编号)：具有唯一性和永久性，如本例中代码M90100用来表示上述人环氧化酶-2的mRNA序列，在文献中引用这个序列时哗茄，应该以此编号为准。
KEYWORDS(关键词)字段：由该序列的提交者提供，包括该序列的基因产物以及其它相关信息，如本例中环氧化酶-2(-2)，前列腺素合成酶(synthase)。
SOURCE(数据来源)字段：说明该序列是从什么生物体、什么组织得到的，如本例中人脐带血(umbilicalvein)。次关键字ORGANISM(种属)指出该生物体的分类学地位，如本例人、真核生物等等(详见图4.1)。
REFERENCE(文献)字段：说明该序列中的相关文献，包括AUTHORS(作者)，TITLE(题目)及JOURNAL(杂志名)等，以次关键词列出。该字段中还列出医学文献摘要数据库MEDLINE的代码。该代码实际上是个超文本链接，点击它可以直接调用上述文献摘要。一个序列可以有多篇文献，以不同序号表示，并给出该序列中的哪一部分与文献有关。
FEATURES(特性表)：具有特定的格式，用来详细描述序列特性。特性表中带有‘/db-xref/’标志的字符可以连接到其它数据库，如本例中的分类数据库（taxon9606），以及蛋白质序列数据库（PID：g181254）。序列中各部分的位置都在表中标明，5’非编码区(1-97)，编码区(98-1912)，3’非编码区(1913-3387)，多聚腺苷酸重复区域(3367-3374)，等等。翻译所得信号肽以及最终蛋白质产物也都有所说明。当然，这个例子只是特性表的部分注释信息，但已经足以说明其详细程度。
接下来是碱基含量字段，给出序列中的碱组成，如本例中1010个A，712个C，633个G，1032个T。ORIGIN行是序列的引导行，接下来便是碱基序列，以双斜杠行“//”结束。
·EMBL数据库结构
EMBL数据库的基本单位也是序列条目，包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。序列条目由字段组成，每个字段由标识字起始，后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段，以次标识字或特性表说明符开始，最后以双斜杠“//”作本序列条目结束标记。
条目的关键字包括ID（序列名称），DE（序列简单说明），AC（序列编号），SV（序列版本号），KW（与序列相关的关键词），OS（序列来源的物种名），OC（序列来源的物种学名和分类学位置），RN（相关文献编号或递交序列的注册信息），RA（相关文献作者或递交序列的作者），RT（相关文献题目），RL（相关猛档文献杂志名或递交序列的作者单位），RX（相关文献Mediline引文代码），RC（相关文献注释），RP（相关文献其他注释），CC（关于序列的注释信息），DR（相关数据库交叉引用号），FH（序列特征表起始），FT（序列特征表子项），SQ（碱基种类统计数）。
其它常用核酸序列数据库
·dbEST
dbEST数据库专门收集EST数据，该数据库有自己的格式，包括识别符、代码、序列数据以及dbEST的注释摘要，也按DNA的种类分成了若干子数据库。1998年5月8日版的dbEST共包括1.6_106条EST。其中有1百万条人的EST，30万条小鼠和大鼠的EST。
·GSDB
GSDB是基因组序列数据库（GenomeSequenceDataBase），由美国新墨西哥州SantaFe的国家基因组资源中心创建。GSDB收集、管理并且发布完整的DNA序列及其相关信息，以满足基因组测序中心需要。该数据库采用服务器-客户机关系数据库模式，大规模测序机构可以通过计算机网络向服务器提交数据，并在发送之前对数据进行检查，以确保数据的质量。
GSDB数据库中条目的格式与GenBank中的基本一致，主要区别是GSDB数据库中增加了GSDBID识别符。
GSDB数据库可以通过万维网查询，也可以使用服务器-客户机关系数据库方式查询。无论用哪种方法，熟悉数据库结构化查询语言sql，对更好地使用GSDB数据库会有所帮助。
·UniGene
人类基因组计划的首要任务是对人类基因组进行全序列测定，整个基因组估计有30亿个碱基对，其中大约3%可以编码蛋白质，其余部分的生物学功能还不清楚。转录图谱可以把基因组中能够编码蛋白质的部分集中起来，因此是一种重要的数据资源。
UniGene试图通过计算机程序对GeneBank中的序列数据进行适当处理，剔除冗余部分，将同一基因的序列，包括EST序列片段搜集到一起，以便研究基因的转录图谱。UniGene除了包括人的基因外，也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的基因，而下一章将要介绍的HGI数据库只包括人的基因。该数据库的标题行（TITLE）给出基因的名称和简单说明，表达部位行（EXPRESS）指出该基因在什么组织中表达以及在基因图谱中的位置等。此外，列出该基因在核酸序列数据库GenBank或EMBL和蛋白质序列数据库SWISS-PROT中的编号的超文本链接。
UniGene中部分条目包括已知基因序列，而有些条目则仅有新测得的EST序列片段。这就意味着，这些EST序列所对应的基因尚未搞清，可以用来发现新基因。在描绘基因图谱及大规模基因表达分析等研究中，UniGene也可以帮助实验设计者选择试剂。
UniGene可以通过NCBI或SRS系统访问
㈡ ASP.NET是什么
ASP.NET是.NET FrameWork的一部分，是一项微软公司的技术，是一种使嵌入网页中的脚本可由因特网服务器执行的服务器端脚本技术，它可以在通过HTTP请求文档时再在Web服务器上动态创建它们。 指 Active Server Pages（动态服务器页面） ，运行于 IIS（Internet Information Server 服务，是Windows开发的Web服务器）之中的程序 。
………………………………………………
如果对aspnet感兴趣，看看一个大专生怎么自学aspnet到找到工作。
先做个自我介绍，我07年考上一所很烂专科民办的学校，学的是生物专业，具体的学校名称我就不说 出来献丑了。09年我就辍学了，我在那样的学校，一年学费要1万多，但是根本没有人学习，我实在看不 到希望，我就退学了。
退学后我也迷茫，大专都没有毕业，我真的不知道我能干什么，我在纠结着我能做什么。所以辍学后 我一段时间，我想去找工作，因为我比较沉默寡言，不是很会说话，我不适合去应聘做业务。我想应聘 做技术的，可是处处碰壁。
一次偶然的机会，我才听到aspnet这个行业。那天我去新华书店，在计算机分类那边想找本书学习 。后来有个女孩子走过来，问我是不是读计算机的，有没有兴趣学习aspnet，然后给我介绍了一下 aspnet现在的火热情况，告诉我学aspnet多么的有前景，给我了一份传单，aspnet培训的广告。听了 她的介绍，我心里痒痒的，确实我很想去学会一门自己的技术，靠自己的双手吃饭。
回家后，我就上网查了下aspnet，确实是当今比较热门的行业，也是比较好找工作的，工资也是相 对比较高。我就下决心想学aspnet了。于是我去找aspnet培训的相关信息，说真的，我也很迷茫，我 不知道培训是否真的能像他们宣传的那样好，所以我就想了解一段时间再做打算。
后来，我在网络知道看到一篇让我很鼓舞的文章是一个aspnet高手介绍没有基础的朋友怎么自学入 门学aspnet，文章写的很好，包含了如何学习，该怎么学习。他提到一个方法就是看视频，因为看书实 在太枯燥和费解的，很多我们也看不懂。这点我真的很认同，我自己看书往往看不了几页。
我在想，为什么别人都能自学成才，我也可以的！我要相信自己，所以我就想自学，如果实在学不会 我再去培训。
主意一定，我就去搜索aspnet的视频，虽然零星找到一些aspnet的视频，但是都不系统，我是想找 一个能够告诉我该怎么学的视频，一套从入门到精通的视频，一个比较完整的资料，最好能有老师教， 不懂可以请教的。
后来我又找到一份很好的视频，是在IT学习联盟推出的一份视频《零基础aspnet就业班》（喜欢《 零基础aspnet就业班》的可以复制 sina.lt/bsjr 粘贴浏览器地址栏按回车键即打开）
下面介绍下我的学习流程，希望对和我一样完全没有基础的朋友有所帮助。
收到他们寄过来的光盘后，我就开始学习了，由于我没有什么基础，我就从最简单的C#语言视频教程 学起，话说简单，其实我还是很多不懂的，只要重复多看几遍，就能看懂。C#语言我差不多学了一个礼 拜，接下来我就学了winform，SQL Server,html/css/javaScript，差不多也就三个礼拜。我每天都在不 停的写一些简单的代码，这样一月后我基本掌握了aspnet的全部基础。
接下来开始学习aspnet高级课程，老师幽默风趣而又轻松的课堂教课，使我发现原来学习aspnet并 不是一件很难的事情。之前我把aspnet基础学得还不错，到了到了aspnet高级部分，我觉不又不是很 难，可能老师太牛了，他能把复杂的问题讲的比较通俗易懂，有些难点的地方我还是连续看了五六次， 把他弄懂。每天下午6点下班后，吃了饭，马上跑回家。看视频，买了几本笔记本。当时，为了编程还花几百元了台二手的台式电脑，配置一般，但编程是足够的。一边看视频，一边记笔记，把重点都记下来，还一边跟着老师敲代码，为了能尽早学会aspnet。每天都坚持学5-6个小时。经常学到晚上一点多才睡觉。星期六，日不用上班，每天7点多起床，学到晚上11,12点。那段时间特别辛苦，特别累。在学习aspnet的三个多月里，除了吃饭睡觉工作，剩余的时间都在学习，因为我知道自己的计算机基础不是很好，也没有学过什么计算机，相对于那些科班的人来说我要比他们付出更多的努力。我只能咬紧牙关，坚持下去，我不能放弃，我要完成我的梦想，我要让我的家人过上好日子。终于三个多月后我把aspnet教程里的内容和项目都学完了，在学项目的过程中我发现项目特别重要，他能把你学过的知识全部联系起来，能更好的理解你所学的知识。还有学习过程中，动手很重要，要经常跟着老师动手敲，动手吧，跟着做，一行一行的跟着敲，再试着加一些自己的功能，按照自己的思路敲一些代码，收获远比干听大的多。 如果遇到暂时对于一些思路不能理解的，动手写，先写代码，慢慢你就会懂了。
于是我就到51job疯狂的投简历，因为我学历的问题，专科没有毕业，说真的，大公司没有人会要我，所以我投的都是民营的小公司，我希望自己的努力有所回报。没有想过几天过后，就有面试了，但是第一次面试我失败了，虽然我自认为笔试很好，因为我之前做了准备，但是他们的要求比较严格，需要有一年的项目经验，所以我没有被选中。
后来陆续面试了几家公司，终于功夫不负有心人。我终于面试上的，是在闵行的一家民营的企业，公司规模比较小，我的职务是aspnet开发程序员，但我也比较满足，开的工资是3500一个月，虽然我知道在上海3500只能过温饱的生活，但是我想我足够了。我至少不用每天都要靠父母养，我自己也能养活自己的。我想只要我继续努力，我工资一定会翻倍的。
把本文写出来，希望能让和我一样的没有基础的朋友有信心，其实我们没有必要自卑，我们不比别人笨，只要我们肯努力，我们一样会成功。
…………………………………………
㈢ ASPNET怎样调用一个存储过程（带参数的）
ASPNET怎样调用一个存储过程（带参数的）使用的是Ado.NET中的相关的数据库操作方法。
Ado.NET连接数据库有以下几个步骤：
1：使用配置的数据库连接串，创建数据库连接 Connection 对象
2：构建操作的sql语句
3：定义command对象
4：打开数据连接
5：执行命令
举一个例子，删除操作
public int DeleteStudent3(int stuID)
{
int result = 0;
using (SqlConnection connection = new SqlConnection(connString))
{
SqlCommand objCommand = new SqlCommand(dboOwner + ".usp_DeleteStudent", connection);
objCommand.CommandType = CommandType.StoredProcere;
objCommand.Parameters.Add("@stuID", SqlDbType.Int).Value = stuID;
connection.Open();
result = objCommand.ExecuteNonQuery();
}
return result;
}
㈣ 现在的公共数据库是怎么用的啊TAT
1、现在一般生产制造业用oracle的比较多；
2、商业企业用sybase较多，也有用oracle的；
3、财务管理用sql server的多（用友等），不过现在也都有for oracle版本的了；
4、中小企业网站方面用mysql、sql server的较多，大型的网上商城用orcale的较多。
oracle、sybase都是大型的数据库，一般用这类数据库的服务器操作系统都是linux的；sql server从操作系统的安全性来说企业级运营都会选择oracle、sybase。另外虽然mysql也是运行在linux上的，但其由于是免费版本，所以企业级也很少用
㈤ c# 连接oracle数据库的公共类
using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Text;
using System.Configuration;
using System.Data.OracleClient;
using System.Data;
using System.Windows.Forms;
using System.Collections;
using Microsoft.VisualBasic.Devices;
using System.Security.Cryptography;
using System.IO;
namespace mydbproc
{
class Encrypt
{
public string MD5(string P_EncryptStr)
{
int num;
byte[] buffer = new byte[P_EncryptStr.Length];
for (num = 0; num < P_EncryptStr.Length; num++)
{
buffer[num] = (byte) P_EncryptStr[num];
}
byte[] buffer2 = new MD5CryptoServiceProvider().ComputeHash(buffer);
string str = "";
for (num = 0; num < buffer2.Length; num++)
{
str = str + buffer2[num].ToString();
}
return str;
}
public string TripleDES(string Value, string password)
{
string s = "";
string str2 = "qcDY6X+aPLw=";
SymmetricAlgorithm algorithm = new ();
algorithm.Key = Convert.FromBase64String(s);
algorithm.IV = Convert.FromBase64String(str2);
algorithm.Mode = CipherMode.ECB;
algorithm.Padding = PaddingMode.PKCS7;
ICryptoTransform transform = algorithm.CreateEncryptor(algorithm.Key, algorithm.IV);
byte[] bytes = Encoding.UTF8.GetBytes(Value);
MemoryStream stream = new MemoryStream();
CryptoStream stream2 = new CryptoStream(stream, transform, CryptoStreamMode.Write);
stream2.Write(bytes, 0, bytes.Length);
stream2.FlushFinalBlock();
stream2.Close();
return Convert.ToBase64String(stream.ToArray());
}
}
class DBProc
{
const string GET_SID = "WMSCONN";
protected string _connStr = string.Empty
public DBProc()
{
//以下自己填写
string _dataSouce = "";
string _user ="";
string _pw="";
//这你自己填写
_connStr = "Data Source=" + _dataSouce + ";Persist Security Info=True;User ID=" + _user + ";Password=" + _pw + ";Unicode=True";
}
public string GetConnectionstring()
{
return _connStr;
//ConnectionStringsSection _connectionStringsSection = WebConfigurationManager.GetSection("connectionStrings") as ConnectionStringsSection;
//return _connectionStringsSection.ConnectionStrings[GET_SID].ToString();
}
public DataTable OraExeFill(string cmdStr)
{
DataTable _returnTable = new DataTable();
OracleConnection _connection = new OracleConnection(GetConnectionstring());
try
{
OracleCommand _command = _connection.CreateCommand();
_command.CommandText = cmdStr;
OracleDataAdapter _adapter = new OracleDataAdapter(cmdStr, _connection);
_adapter.Fill(_returnTable);
}
catch (Exception)
{
}
return _returnTable;
}
public bool OraExeSP_UserAuth(string user, string pw, ref string msg)
{
bool _ret = false;
OracleConnection _connection = new OracleConnection(GetConnectionstring());
try
{
try
{
OracleCommand _command = _connection.CreateCommand();
_command.CommandType = CommandType.StoredProcere;
_command.CommandText = "TP.PKG_HR.SP_HR_USER_AUTH_1";
_command.Parameters.Add("P_USER", OracleType.VarChar, 20).Value = user;
_command.Parameters.Add("P_PW", OracleType.VarChar, 50).Value = pw;
_command.Parameters.Add("P_TYPE", OracleType.VarChar, 500).Direction = ParameterDirection.Output;
_command.Parameters.Add("P_RET", OracleType.Number, 1).Direction = ParameterDirection.Output;
_command.Parameters.Add("P_MSG", OracleType.VarChar, 500).Direction = ParameterDirection.Output;
_connection.Open();
_command.ExecuteNonQuery();
_ret = (_command.Parameters["P_RET"].Value != DBNull.Value) ? (Convert.ToInt32(_command.Parameters["P_RET"].Value) > 0) : false;
msg = (_command.Parameters["P_MSG"].Value != DBNull.Value) ? _command.Parameters["P_MSG"].Value.ToString() : "";
}
catch (Exception ex)
{
msg = ex.Message.ToString();
}
}
finally
{
_connection.Close();
}
return _ret;
}
public bool OraExeFill(string cmdStr,ref DataTable _dt,ref string _msg)
{
bool _ret=false;
OracleConnection _connection = new OracleConnection(GetConnectionstring());
try
{
OracleCommand _command = _connection.CreateCommand();
_command.CommandText = cmdStr;
OracleDataAdapter _adapter = new OracleDataAdapter(cmdStr, _connection);
_adapter.Fill(_dt);
_ret=true;
}
catch (Exception e)
{
_msg=e.Message;
}
return _ret;
}
public string OraExeScalar(string cmdStr, ref string msg)
{
string _scalarValue = "";
DataTable _returnTable = new DataTable();
OracleConnection _connection = new OracleConnection(GetConnectionstring());
try
{
_connection.Open();
OracleCommand _command = _connection.CreateCommand();
_command.CommandText = cmdStr;
_scalarValue = _command.ExecuteScalar().ToString();
}
catch (Exception ex)
{
msg = ex.Message.ToString();
return "";
}
finally
{
_connection.Close();
}
return _scalarValue;
}
public bool OraExeNonQuery(string cmdStr, ref string msg)
{
bool _ret = false;
OracleConnection _connection = new OracleConnection(GetConnectionstring());
try
{
_connection.Open();
OracleTransaction _trans = _connection.BeginTransaction();
OracleCommand _command = _connection.CreateCommand();
_command.Transaction = _trans;
try
{
_command.CommandText = cmdStr;
_command.ExecuteNonQuery();
_trans.Commit();
_ret = true;
}
catch (Exception ex1)
{
_trans.Rollback();
msg = ex1.Message.ToString();
}
}
catch (Exception ex)
{
msg = ex.Message.ToString();
}
finally
{
_connection.Close();
}
return _ret;
}
public bool OraExeNonQuery(ArrayList cmdStr, ref string msg)
{
bool _ret = false;
OracleConnection _connection = new OracleConnection(GetConnectionstring());
try
{
_connection.Open();
OracleTransaction _trans = _connection.BeginTransaction();
OracleCommand _command = _connection.CreateCommand();
_command.Transaction = _trans;
try
{
for (int i = 0; i < cmdStr.Count; i++)
{
_command.CommandText = cmdStr[i].ToString();
_command.ExecuteNonQuery();
}
_trans.Commit();
_ret = true;
}
catch (Exception ex1)
{
_trans.Rollback();
msg = ex1.Message.ToString();
}
}
catch (Exception ex)
{
msg = ex.Message.ToString();
}
finally
{
_connection.Close();
}
return _ret;
}
}
}