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植物circrna数据库

发布时间: 2022-04-19 09:41:50

① 如何建立一个植物数据库

如何建立工程项目监理组织? 浅谈监理在园林绿化施工中的作用 四大热点解读施工项目现场管理 工程项目招标 天津滨海金融...给自然一个环境 让建筑在自然中生长 设计·工程 公园设计程序 园林设计“八大忌”

② 中国植物图像数据库为什么打开的图片是红叉,看不见图。。。。。。。

刚试了一下,挺好的。你再试试

③ 中国植物数据库的现已完成建设的数据库主要结构内容有:

药用植物
现阶段整合《中国民族药志要》与《中国中药资源志要》记录有关于植物医药信息,药用植物类型62个:侗药壮药 怒药 拉枯药 鄂温克药 土药 苗药 白药 蒙药 毛南药 布朗药 俄罗斯药 裕固族仫佬药 水药 仡佬药 土家药 藏药 毛难药 满药 僳傈药 京药 黎药 西傣药 哈尼药 纳西药 德昂药 彝药 鄂伦春药 聂苏诺期药 德傣药 傣药 布依药 达斡尔药 畲药 独龙药普米药 蒙古药 基诺族塔吉克斯坦药 爱伲药 傈僳药 景颇族药 阿昌药 拉祜药 崩龙药 基诺药 傈药 回药 傈傈药 高山药 怒江药 维西药 佤药 朝药 哈萨克药 维药 侗别裕固药 羌药 景颇药; 主治功能点12000个左右,如疮疖红肿可用于关节炎和肌无力湿热泄泻反胃喘咳流脑口苦咽痛尿赤涩痛水积腹痛闭经贫血祛痰津和胆质津液房事不举伤口胸闷腹胀痛抗衰老半边瘫痪睾丸肿疼眼睛红肿疼痛胃脘胀满形体赢弱体虚舒筋便秘遗精症痔疮出血及红痢四肢关节黄水病肉积症瘕肠风肉食积滞肉食积疔痈疮疖溃疡骨折、骨伤、头骨受伤麻疹黑痘内陷荷花病头骨受伤腹绞痛乳汁不下祛风除湿头皮癣暴发火眼腿部红肿疼痛血凝经闭流黄水气滞经闭各种疼痛出血外伤咳嗽喘息脾虚腹泻伤筋消食积滞产妇干馊消化系统出血痰质性伤寒痘毒湿痹麻木不仁肝热目赤草乌中毒产后虚虚咳多汗暑湿泄泻小儿麻症合并症过速生肌敛口黄疸性发烧热性病头痛口腔热病抽风肾阴虚惊痫风寒止咳平喘损伤疼痛脾虚纳呆祛风和痰质性浓津寒热痢疾黄水病温肠胃时疫病瘀积肿痛虫蛊天疱疮眼睛红肿治淋症寒气腹胀妇女小腹痛消化不良之腹痛腹胀丹种子用于血瘀腹痛宿食内积忘语瘘管水气浮肿烧烫麻疹不逶疡痈急慢性阑尾炎腰南毒蛇咬伤.外用治湿疹虫疾溃疡病出血手脚骨折胃及十二指肠溃疡急性穿孔;

④ 中国数字植物标本馆的数据库

1.标本信息
提供成员单位标本馆所完成的数字化标本信息,包括一般标本及模式标本。每份标本信息包括标签信息及图像信息,前者包括标本采集人、采集日期、地点、生境与海拔以及鉴定信息和标本存放地点(标本馆)等。
目前在CVH网上能查询到中科院系统13家标本馆标本,共计二百八十五万份(笔)标本信息及一百五十五万张标本图像,缺乏图像的记录已在首页予以标明。
网上模式标本6500份,仅包括中科院植物所标本馆馆藏的模式标本,包括裸子植物、毛茛科、荨麻科、山茶科、壳斗科等类群。信息均经过核实,还附有发表新种的原始文献(PDF格式)以及高分辨率标本图像。
分布式标本信息检索系统:目前CVH的标本信息是通过集中式实现共享查询的,其主要缺陷是更新周期长,存储压力大。我们正在试验的分布式标本信息查询系统已有5家标本馆(称CVH分馆)参与,共有100多万份标本信息实现实时更新,并由成员单位通过FTP自主管理其分馆,有效地发挥成员单位的积极性。
2.《中国植物志》数据库
包括全套《中国植物志》79卷(除第一卷外)125册图书的PDF文件,可通过科名和植物名称(学名、中名)查询到志书文字及图版。最近完成的检索文件复核补充工作使数据库更全面准确地反映植物志的内容,除正名(accepted name)外,讨论部分的学名也可查到。数据库记录数:45000余条。
3.彩色图库
上传到CVH网站上的植物彩色照片共计五万余张,属于269科5700种,为近年来众多志愿者自野外拍摄所得,范围涉及在全国34个省(区、市)的野生植物。下阶段将逐步建立彩图鉴定专家系统,以提高照片鉴定准确性。
至此,用户输入学名或中名可关联性查询到标本、植物志及彩色图片三大数据库,这也是CVH的主要数据库。
4.其他相关数据库
为方便用户使用标本信息,“中国数字植物标本馆”网站还提供其他大量相关的(植物学)数据库,如标本采集地名与标本馆数据、分类研究人员及其研究论文题录等。这些数据库或源自实际工作经验的总结、或直接转自权威工具书并经过专家审核。
1)《中国高等植物图鉴》数据库
为该书全套五册正编及两册补编共7本书的全文检索。可通过科名和植物名称(学名及中名)查询到书中正文文字及图画。数据库记录数:9057条。
2)地方植物志及其统一查询
提供12套地方志的数字化文挡(PDF文件),可通过统一关联查询任何1-12种植物志信息,包括西藏、秦岭、辽宁、贵州、浙江、海南等省(区/市)及地区植物志。下阶段计划实现《中国植物志》与地方植物志的关联查询。数据库记录数:47112条。
3) “三种主要志书属名数据库”
提供查询中国维管植物属名在《中国植物志》、《中国高等植物图鉴》和FLORA OF CHINA中的位子,包括卷册及页码。这三套志书(图鉴)是目前研究中国植物的主要参考书。该数据库的复核工作已于最近完成,增加了新近出版 FLORA OF CHINA卷册内容,并修改(修订)数百条记录,使数据更准确全面。数据库记录数:3504条。
4)植物名称及分布数据库
通过该库可以快速查询到中国种子植物名称及分布信息(到省级)等简单信息。资料主要来源于《中国植物志》和 已出版的Flora of China,可以认为是《中国植物志》的名录修订。目前数据库记录数:34056条。
5)模式标本名录及其原始文献数据库
该数据库以收集中国原生植物(Native plant)名称模式标本及其发表原始文献资料为宗旨,无论其模式标本采集地及保藏地在国内或国外、该名称何时于何种刊物发表都尽量予以收录。每条记录包括植物名称(学名、中名)、发表刊物,模式标本采集地点和生境、年代及标本采集人和采集号,以及标本存放地点(标本馆)。大部分资料以外文形式出现。数据库资料来源于国内外多种书刊,其中标本馆代码依 Holmgren et al.1990. Index Herbariorum和傅立国等1993《中国植物标本馆索引》(中国科技出版社)。缩写代号HT: Holotype, IT: Isotype, T: Type。目前数据库记录数:30705条
6)植物名称作者(命名人)数据库
据统计,至今为止,中国植物命名作者多达五千余人,其中命名两个及两个以上名称的有近3500人。本数据库就是基于这3500人的资料建立的,每条记录包括作者全名及标准缩写、工作/出生/生卒年代、专长类群等。中国作者(共919条目)还附有中文名及工作单位。本数据库依据国内外多种书刊资料编辑而成,其中人名拼写标准主要依据Brummitt & Powell 1992, Authors of Plant Names。类群代码为:A:藻类;B:苔藓;C:孢子植物;F:化石植物;M:真菌和地衣;P:蕨类;S:种子植物。目前数据库记录数:3481条。
7)中国植物分类学文献要览(1949-1990)
一般地,查询20世纪50年代以前中国植物学文献时可查询E.D.Merrill & E.H.Walker 《东亚植物学文献目录》(1938)及其补编(1960),90年代以后资料的查询则多利用各种网络资源。本数据库填补了50年代至90年代之间的空白,它主要涵盖中国大陆学者1949-1990年间发表的植物系统学文献,内容包括作者姓名、论着题目及发表书刊等。本库资料主要来源于《中国植物系统学文献要览》(陈心启等1993,广东科技出版社)。目前数据库记录数:6879条
8)标本采集地新旧地名对照数据库
在我国,二十世纪初以前标本采集地的名称,现今常有改变而不再使用。在这种情形下,很有必要通过对旧时和现在地图的核对及参考相关采集资料,来制作新旧地名对照表,建立新旧地名数据库,包括旧地名的经纬度数据,以供标本查询及分类学研究之用。我们根据中国植物分类学家研究经验,总结出包括11个省(市)2000多条采集地新旧地名对照记录。每个旧地名尽可能包括其旧外文名、位置(经纬度),并标明该地名在现今县级行政区的名称、国家标准代码和经纬度。目前数据库记录数:2048条
9)中国植物标本馆数据库
本数据库信息基本于《中国植物标本馆索引》(傅立国等,1993)一书,共收录全国300余家标本馆,并于最近对其中几十家主要标本馆信息进行了更新。每家标本馆信息包括标本馆名称和地址、联系人及联系方法,馆藏特色及收藏目标,以及主要研究人员信息等。
5.植物鉴定指南性资料
本部分数据库包括交互式检索表(又称电子检索表)和植物形态术语图说等,目的是为用户提供从植物特征识别和标本鉴定,到上述的标本及图像比对,一直到物种形态特征描述和国内分布等一站式服务。
1)电子检索表
这是一种互动的计算机程序,使用者不断地向这个程序里输入标本或活植物的性状,那些不具有这些性状的分类群将被排除掉,直到只剩下一个分类单元。它是系统植物学、生物编目与保护的一种非常好的鉴定工具。本检索表提供检索中国种子植物270余个科的电子路径。
2)科属词典数据库
该库转接自成员单位网站,其信息来自侯宽昭主编、吴德邻等人修订的《中国种子植物科属词典》(第二版),共收集我国种子植物276科,3109属,重点描述我国种子植物的科、属形态、地理分布、属种统计、主要经济用途等。该书是我国植物学专业书籍销量最大的图书。其电子词典制作的目的是为了方便用户对植物多样性学信息的获取。
3)“植物鉴定和描述形态术语图解”数据库
包括种子植物形态术语1133条,涵盖了植物鉴定和描述所使用的绝大部分术语,涉及根、茎、叶、花、花序、果实等植物器官。每个条目包括中、英文术语及其中英文释义四部分内容。选词标准规范,释义准确、简明扼要,大部分术语还配有一至多幅精美的线描图(共1297幅),图画特征明显,对于读者理解术语的含义大有裨益。本库资料主要来源于Harris & Harris 1994, Plant Identification Terminology :An Illustrated Glossary (王宇飞等人译,2001. 科学出版社)一书。
4)“国家重点保护野生植物名录(第一、二批)”数据库
第一批名录已于一九九九年发布执行,第二批名录经数年讨论仍未正式发布,但已基本拟定,故一并列出,供用户参考。两个名录共计约1900种(其中兰科植物约占2/3)。该库可查询到植物名称(中名、学名)、科名、批次及保护等级、国内分布(到省级)、海拔高度等信息。
6.科普及孢子植物栏目(分馆)
1)苔藓植物分馆和蕨类植物分馆
两者均分列中国植物名录、植物志、名词解释、植物照片、专家介绍及学科通讯等相关资料,利于专门用户查访。
2)科普分馆
主要是基于植物物种多样性开发的科学普及常识。其中 “标本馆常规技术”和“常用药用植物”两个栏目是我们特地为“中国数字植物标本馆”所编写的。前者包括“标本采集和压制”、“标本装订”、“用检索表鉴定植物”和“植物名称知识介绍”等标本馆常用的专业技术;后者则选录了全国范围内常药用植物百余种加于介绍。每种内容包括名称、来源、原植物形态特征及功能主治等。每种植物还配有一幅精美的彩色图画。
此外“中国数字植物标本馆”还辟有“网站建设介绍”、“信息反馈”和“相关网站”等栏目,其宗旨是为用户提供全面而便捷的信息服务。

⑤ 国外的植物物种信息数据库有哪些

1 :http://www.catalogueoflife.org 美国生命目录
2 :http://www.eol.org 生命大网络全书
3 :http://www.ipni.org/ 国际植物名称索引IPNI
4 :http://www.kew.org/ 英国邱园
5 :http://www.tropicos.org/ tropicos
6 :http://www.ala.org.au/ 澳大利亚物种数据库
7 :http://www.gbif.org/ 全球生物多样性信息系

⑥ 分析miRNA的数据库都有哪些

1、starBase

一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间:2013年11月。

2、miRbase

众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接(如:PicTar)。最新版本发布时间:2010年9月。

3、ChIPBase

整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控,构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间:2012年11月。

4、Tarbase

一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2009年1月。

5、miRecords

一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间:2010年11月。

6、targetScan

基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间:2009年4月。

7、PicTar

基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间:2007年3月。

8、PITA

基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是着名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间:2008年8月。

9、RNA22

基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间:2007年。

10、miRanda和microRNA.org

是着名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间:2010年8月。

11、MicroCosm

EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2010年8月。

12、miRTarBase

整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间:2010年10月。

13、miRGator v2.0

整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间:2010年11月。

14、MiRNAMap

动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间:2008年1月。

15、miRDB

动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间:2010年8月。

16、RNAhybrid

一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间:2011年6月。

17、miRGen

microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2007年1月。

⑦ 数据库在植物检疫中的作用是什么

数据库在植物检疫中的作用越来越重要。各种类型的检疫数据库相继建立,并应用于植物检疫。EPPO建立了植物检疫PQ数据库。该数据库包括了EPPO所有A1和A2名单中的有害生物的寄主范围、地理分布及其他详尽的目录。同时,包括每种有害生物在一个国家中发生程度的细节如温室、田间发生情况,传入日期及扑灭情况的信息。EPPO还和CABI合作,为欧盟(EU)编制了植物检疫资料单的数据库,其目的是使欧盟的植物检疫建立在统一的检疫条款基础之上。资料单使用标准化的标题,分别是有害生物(包括学名、异名、分类地位、俗名、命名和分类的说明)、寄主、地理分布、生物学、检测和鉴定、传播和扩散的方式、有害生物的重要性(包括经济影响、防治和检疫风险)和植物检疫措施及参考文献。目前不仅有电子版的数据库,还出版了《欧洲检疫性有害生物》的参考书。

FAO开发的全球检疫信息系统亦是一个相类似的检疫数据库。该数据库不仅提供同上述相似的数据,而且还能提供有关国家和地区植保组织的植物检疫条例摘要、检疫性有害生物名单及处理方法。另外,FAO/国际作物遗传资源局IBPGR的种质资源安全运输的技术指南、美国农业部反映检疫截获信息的植物检疫截获记录数据库、亚洲太平洋地区的植物检疫中心和培训研究所(PLANTI)的植物信息数据库(PLANT1NFO)等都是有关植物检疫的专业数据库。另外,USDA-APHIS和USDA-ARS建立的国家农业病原信息系统(NAPIS)和世界植物病原数据库(WPPD)及由澳大利亚AQIS建立的病虫害信息库亦是检疫中很重要的数据库。CABI在1998年推出了全球植物保护手册(CPC)的光盘,可供各植检单位使用。该光盘提供了大量的有害生物的生物学资料、信息和照片。

在中国,检验检疫部门亦已经开发了一个《动植物检验检疫文献题录数据库》。该库收录了农业部1996年公布的97种进境动物的一二类传染病、寄生虫病和84种(类)进境植物检疫为险性有害生物的文献,包括自1971年至今的近11万条有关动物疫情和植物有害生物的信息,并可查询有关的寄主信息,是动植物检验检疫部门开展科研工作进行文献检索的有力工具。

除以上数据库外,还有其他类型的事实型数据库,包括拜耳公司(BayerAG)的有害生物名称和异名数据库,有关防治方法特别是遗传抗性和杀虫剂信息的数据库(Russell,1991年;Kidd,1991年)及关于标本和培养物的数据库(Allsop等,1989年)等均大大便利了PRA工作的开展。特别值得一提的是,因为生物命名法的不断变化,其连续性还不完善,而且生物数量巨大,因此生物名称库在提供获取其他信息的途径时,具有特别重要的意义。CABI国际农业生物中心索引库CABIThesaurus就建立了与农业及相关学科有关的75000个词库,其中1/10的术语是昆虫名称。在其节肢动物名称索引(ANI)中,约有10万个昆虫和其他节肢动物的名称和异名,且这些异名在植物保护的文献中经常遇到。其他还有澳大利亚国际农业研究中心编制的东南亚农业主要节肢动物及杂草名录,FAO(1993年)编制的亚太地区主要作物重要有害生物名录等,均是有价值的信息源。现代信息技术亦为了解各国的检疫法规提供了便利,如欧盟建立的JUSTIS-CELEX数据库系统。该系统包括欧共体1952年成立以来颁布的全部法规,如贸易、金融、海关和动植物检验检疫法规等。在中国,亦已建立了《中外法律信息系统》,这些法规数据库将为检疫执法和决策提供有力的证据。

随着分子遗传学越来越广泛地应用于植物保护,特别是有害生物的分类和鉴定中,其迅速扩大的核酸蛋白序列数据库可为PRA工作提供有害生物在分子水平上的信息。目前已建立的核酸蛋白序列数据库有欧洲分子生物学实验室核酸序列数据库EMBI(1988年)、基因银行Genbank(1992年)、美国的核糖体数据库RAP(RibosomalDatabaseProject,1993年)、日本的DNA数据库DDBJ(DNADataBaseofJapan)和基因序列数据库GS-DB等。可以预期,这些数据库将在有害生物如病毒、类病毒、植原体(Phytoplasma)和细菌的分类和鉴定方面起越来越重要的作用,特别是在种下水平的变异识别上可能对检疫决策具有重要意义。如中国的检疫性有害生物香蕉细菌性枯萎病(Ralstomasolanacearum)就是该病原的小种2。

⑧ 哪里有circRNA(环状RNA)数据库资源

随着对circRNA研究的越来越多,已知的circRNA数据信息在快速增长,在这里我们肽度时界(timedoo)整理了当前circRNA相关的数据库列表,希望能帮到您:
1.circBase[1],是一个通过收集和整合已经发布的circRNA数据构建的数据库。目前该数据库收集包括以下6个物种的circRNA信息:人 (hg19)、小鼠(mm9) 、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇 (dm3)、矛尾鱼 (latCha1)、腔棘鱼 (latCha1)。该数据库最新版本发布时间为2014年1月。网址:http://www.circbase.org/。通过在搜索界面中的list search提交circBase支持的circRNA ID号或基因组区域位置信息,可以快速查询相关circRNA信息;研究者也可以通过tablebrowser进行条件设置,筛选自己所需要的circRNA数据。
2.circRNABase[2] , 该数据库通过整合已发表的circRNA数据,构建miRNA与circRNA以及circRNA与RNA结合蛋白(RBP)的互作网络。最新版本发布时间:2013年12月 。网址:http://starbase.sysu.e.cn/mirCircRNA.php
3.Circ2Traits[3] ,是一个收集与人类疾病或性状潜在关联的circRNA数据库。该数据库通过预测miRNAs和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状RNA间的相互作用关系,构建了相互作用网络,并对miRNAs-circRNA相互作用组中的蛋白编码基因进行了GO富集分析;此外,将与疾病相关的SNPs位点定位到circRNA基因座上,并鉴定了环状RNAs上的Ago相互作用位点。最新版本发布时间:2013年12月 。网址:http://gyanxet-beta.com/circdb/
4.circNet[4],利用464个RNA-seq测序数据,进行新circRNA预测及基因组注释,并计算已知的及新预测的circRNA表达情况,构建circRNA-miRNA-genet调控网络,以上信息均可从该数据库获得。版本发布时间:2015年12月 。网址:http://circnet.mbc.nctu.e.tw/
5.deepBase v2.0[5]平台, 该数据平台收集了大约15万多的circRNA基因(人、鼠、果蝇、线虫等),并构建了最全面的circRNA的表达图谱。最新版本发布时间:2015年10月 网址:http://deepbase.sysu.e.cn/
6.CircInteractome[6]该数据库预测了已知的109个RNA结合蛋白数据集与circbase中的circRNA的结合位点,并利用Targetscan软件预测了miRNAs与circRNA的潜在结合位点。最新版本发布时间:2015年12月网址:http://circinteractome.nia.nih.gov/
你也可以上肽度时界(timedoo)查看circRNA(环状RNA)学术解读资料。

⑨ 中国植物图谱数据库收录了多少种植物

共涉及高等植物约300余科3400余属31000余种,其数据内容主要包括:植物物种的标准名称、基本信息、系统分类学信息、生态信息、生理生化性状描述信息、生境与分布信息、文献信息、图谱图片、微结构和染色体等信息

⑩ 中国植物图谱数据库的使用方法

用户可通过两种方式使用中国植物图谱数据库:逐条记录浏览或查询检索。
进入中国植物图谱数据库,用户不需要预先了解或知道什么,就可以像看书一样逐条记录地浏览每种植物的基本属性信息,欣赏他们的照片和视频。
如果用户需要了解某种特定植物的信息,或需要了解具有某种特性的植物有哪些,也可以检索查询。植物物种的种中文名、种拉丁名、种别名、形态特征、产地分布、用途等重要信息都是可以检索查询的。