㈠ 高通量测序数据公共数据库有哪些
我原来常用的：
NCBI：持有INSDC的节点。网站上有核酸、蛋白、基因名、基因组名等等的搜索工具，以及BLAST序列比对搜索工具，PUBMED文献数据库，Taxonomy数据，COG蛋白家族库等等。FTP可以下到它全部的数据库，BLAST的单机程序，以及各种工具程序。
EBI：和NCBI类似，欧洲搞的对等物。感觉EBI网站比NCBI要清楚简洁。另外EBI网站整合了更多的工具，比如多序列比对。
Uniprot：全蛋白库。NCBI和EBI的蛋白库来源于此。目前包括两部分：SwissProt是人工校对过的，TrEMBL是自动校对的。
Pfam：蛋白家族库。可以使用配套的HMMER进行搜索。比BLAST能找到更远缘的东西，而且找到的东西是结构域。
Rfam：RNA的，类似Pfam。
㈡ 微生物多样性高通量测序norank什么意思
比对数据库中出现一些分类学谱系中的中间等级没有科学名称，用 norank做标记。即此等级未定名。
㈢ Illumina_HiSeq_2000高通量测序结果分析
raw_count应该是某个转录本/基因的测到的原始reads条数，normalized_count是经过标准化的数据量；
差异分析需要统计 raw_count, FPKM值，pvalue
㈣ geo数据库的优点
免费且只要是目前已经发表的论文，论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。
GEO数据库是一个储存芯片、二代测序以及其他高通量测序数据的一个数据库。利用这个数据库，我们可以检索到其他一些人上传的一些实验测序数据。
不涉及任何检测原理的角度来说的话，所谓的高通量检测，其实就是一次性检测很多指标变化的技术。例如我们说的表达谱数据，就是来检测基因表达水平。比如我们要对一个人来进行高通量检测的话，就能知道这个人上万个基因的表达水平了。
由于GEO数据库和我们之前介绍的gene数据库 [数据库推荐]gene:基因相关信息查询 以及我们常用来搜索文献的pubmed都是一个机构的。使用这个数据库，我们需要做的就是就是就是提供检索式。检索式可以是简单的几个关键词，也可以是制定特殊的检索式。
㈤ 病原微生物高通量基因检测(二代测序法)结果是核收,什么意思
摘要 病原微生物是指可以侵犯人体，引起感染甚至传染病的微生物，或称病原体。病原体中，以细菌和病毒的危害性最大。病原微生物指朊毒体、寄生虫（原虫、蠕虫、医学昆虫）、真菌、细菌、螺旋体、支原体、立克次体、衣原体、病毒。二代测序指利用二代测序技术，检验样本中所有的核酸序列，通过与病原体基因组数据库进行比对和分析，精准确定病原体，用于感染性疾病的病原体检测，为临床病原学诊断提供重要参考依据。
㈥ 高通量测序16srrna基因序列用什么基因数据库比对比较好
silva最好，其次greengene（很久没更新了），rdp官网也提供数据库；还有ncbi 提供了人工矫正过的16s database。
㈦ 如何解读高通量测序数据的QC报告
教程的初稿已经整理好，相关也在附件中，请多多指教。希望能对虫友们有帮助。如果有问题，随时反馈，更新！
数据库改版了，现在提交数据的步骤和这个教程有些出入，但是整体思路还是一样的！
总有人说有木马，我当时上传的时候没有木马！我特意自己下来看了下，好像真的有。介意的就不要了。建议大家把数据传到欧洲那个数据库，操作很简单。
㈧ geo数据库一定要下载原始数据吗
对。一般高通量测序文章发表时会将原始数据上传至GEO数据库并在文章中提供GSE号,如果想对某些文章的数据进行在分析,可以在GEO数据库搜索文章中的GSE号。
㈨ 基因组高通量测序的原理
测序方案建立在双脱氧测序法(Sanger等，1977)的基础上。为了从每一克隆插入片段两端成对地进行测序，每一个质粒模板DNA板应配备两个384孔循环测序反应板。
测序反应采用Big Dye Terminator chemistry version 3．1(AppliedBiosystems)和标准M13或常用正向引物和反向引物。测序反应通过BiomekFX(Beckman)移液操作工作站建立。
机械臂负责等分模板试样，起与反应液混合的作用，反应液含有双脱氧核苷酸、荧光标记的核苷酸、TaqDNA聚合酶、序列引物和缓冲液。
模板和反应板有条形码，且在BiomekFX移液操作工作站上有条形码读取器跟踪，确保模板和反应液转移中没有错误。30～40线性扩增步骤连续循环在MJResearchTetrads或9700热循环仪(Ap—pliedBiosystems)中进行。
(9)高通量测序数据库扩展阅读：
技术发展：
高通量测序平台(high-throughput_genome_sequence_database)自从2005年454 Life Sciences公司（2007年该公司被Roche正式收购）推出了454 FLX焦磷酸测序平台（454 FLX pyrosequencing platform）以来。
曾推出过3730xlDNA测序仪（3730xl DNA Analyzer）的Applied BioSystem（ABI）这家一直占据着测序市场最大份额的公司的领先地位就开始动摇了。
因为他们的拳头产品毛细管阵列电泳测序仪系列（series capillary array electrophoresis sequencing machines）遇到了两个强有力的竞争对手，一个就是罗氏公司(Roche)的454 测序仪(Roch GS FLX sequencer)。
另一个就是2006年美国Illumina公司推出的Solexa基因组分析平台（Genome Analyzer platform），为此，2007年ABI公司推出了自主研发的SOLiD 测序仪(ABI SOLiD sequencer)。这三个测序平台即为目前高通量测序平台的代表。