A. 什么是生物信息学中的二级数据库
一、生物信息学数据库的种类
分子生物信息数据库种类繁多。归纳起来，大体可以分为4个大类：
基因组数据库
核酸和蛋白质一级结构数据库
生物大分子(主要是蛋白质)三维空间结构数据库
由上述3类数据库和文献资料为基础构建的二级数据库
一级数据库（一次数据库） ：基因组数据库来自基因组作图，序列数据库来自序列测定，结构数据库来自X射线衍射和核磁共振等结构测定。这些数据库是分子生物学的基本数据资源，通常称为基本数据库、初始数据库，也称一次数据库。
二级数据库（二次数据库） ：是在一级数据库、实验数据、理论分析的基础上，衍生整理而得。它是根据生命科学不同研究领域的实际需要，对基因组图谱、核酸和蛋白质序列、蛋白质结构以及文献等数据进行分析、整理、归纳、注释，构建具有特殊生物学意义和专门用途的数据库。
一般说来，一级数据库的数据量大，更新速度快，用户面广，通常需要高性能的计算机服务器、大容量的磁盘空间和专门的数据库管理系统支撑。
二级数据库的容量则小得多，更新速度也不像一次数据库那样快，也可以不用大型商业数据库软件支持，这类针对不同问题开发的二次数据库的最大特点是使用方便，特别适用于计算机使用经验不太丰富的生物学家。
序列数据库是分子生物信息数据库中最基本的数据库，包括核酸和蛋白质两类，以核苷酸碱基顺序或氨基酸残基顺序为基本内容，并附有注释信息。
GenBank：由美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)建立(1979-1982)。该中心隶属于美国国家医学图书馆，位于美国家卫生研究院(NIH)内。
EMBL：由欧洲分子生物学实验室(European Molecular Biology Laboratory, 其下有European Bioinformatics Centre)建立（1982），主要位于英国剑桥Cambridge和德国汉堡Hamburg。
DDBJ：日本DNA数据库(DNA Data Bank of Japan）。由the National Institute of Genetics建立（1984-1987）, NIG主管。
二级数据库的形式：大多以web界面为基础，具有文字信息、表格、图形、图表等方式显示数据库内容。
一级数据库与二级数据库之间并无明确的界限。（例如：GDB、AceDB、SCOP、CATH等都已经具有二级数据库的特色）。
B. genbank如何使用
GenBank Overview 基本信息
• 什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。
• 纪录样本 - 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
• 访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。关于Entrez更多的信息请看下文。用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。
• 增长统计 - 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank增长）小节。
• 公布通知，最新 - 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。 • 公布通知，旧 - 同上相同，是过去公布的统计。
• 遗传密码 - 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。 （向）GenBank提交（数据）
• 关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。
• BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。（请在提交前用VecScreen去除载体） • Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。（请在提交前用VecScreen去除载体）
• ESTs - 表达序列标签，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。
• GSSs - 基因组调查序列，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
• HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列，未完成的（阶段0，1，2）和完成的（阶段3）序列。（注意：完成的人类的HTG序列可以同时在GenBank和Human Genome Sequencing页面上访问。） • STSs - 序列标签位点。短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。
• 注：SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中（dbSNP）。 国际核苷酸序列数据库合作组织
• GenBank，DDBJ，EMBL - 合作计划的概述，并链接到相应的主页。GenBank，DDBJ（DNA Data Bank of Japan），and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）数据库共享的数据是每天都交换的，因此他们是相等的。数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样，但是accession number，序列数据和注解都是一模一样的。即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相应纪录，得到的结果是完全一样的序列数据，参考内容等等。
• DDBJ/EMBJ/GenBank特性表 — 特性表格式和标准被合作数据库用在序列记录的注释上，使得数据共享成为可能，包括详细的描述生物特性和特性限定语的附录，以及IUPAC规定的核苷酸和氨基酸的代号。
C. 什么是Genbank,它的主要用途是什么
GenBank 概述
· 什么是GenBank？ GenBank 是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。
· 纪录样本 - 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
· 访问GenBank - 通过 Entrez Nucleotides 来查询。用 accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。关于 Entrez 更多的信息请看下文。用 BLAST 来在 GenBank 和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez 和 BLAST 可以通过 Query 和 BLAST 服务器。另外一种选择是可以用 FTP 下载整个的 GenBank 和更新数据。
· 增长统计 - 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank增长）小节。
· 公布通知，最新 - 最近和即将有的变化，GenBank 的分类，数据增长统计，GenBank 的引用。
· 公布通知，旧 - 同上相同，是过去公布的统计。
· 遗传密码 - 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。
向GenBank提交数据
· 关于提交序列数据，收到 accession number，和对纪录作更新的一般信息。
· BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。（请在提交前用 VecScreen 去除载体）
· Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。可以懒⑹褂茫�蛘哂没�赥CP/IP的"network aware"模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。（请在提交前用VecScreen去除载体）
· ESTs - 表达序列标签，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和 RACE 实验的 cDNA 序列。
· GSSs - 基因组调查序列，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap 获得的序列，cosmid/BAC/YAC 末端，及其他。
· HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列，未完成的（阶段0，1，2）和完成的（阶段3）序列。（注意：完成的人类的HTG序列可以同时在 GenBank 和 Human Genome Sequencing 页面上访问。）
· STSs - 序列标签位点。短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。
· 注：SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中（dbSNP）。
国际核苷酸序列数据库合作组织
· GenBank，DDBJ，EMBL - 合作计划的概述，并链接到相应的主页。GenBank，DDBJ（DNA Data Bank of Japan），and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）数据库共享的数据是每天都交换的，因此他们是相等的。数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样，但是accession number，序列数据和注解都是一模一样的。即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相应纪录，得到的结果是完全一样的序列数据，参考内容等等。
· DDBJ/EMBJ/GenBank 特性表 - 特性表格式和标准被合作数据库用在序列记录的注释上，使得数据共享成为可能，包括详细的描述生物特性和特性限定语的附录，以及IUPAC规定的核苷酸和氨基酸的代号。
FTP GenBank 及每日更新
· GenBank普通文件格式 - 参见GenBank记录样本和在GenBank公布通知中的详细描述，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。
· ASN.1格式 - 摘要句法记号1，国际标准组织（ISO）数据表示格式，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。
· FASTA格式 - 定义行号后只跟随序列数据（示例），参见描述数据库的readme文件，包括nt.Z（每天更新的非冗余BLAST核酸数据库，包括GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列，但是不包括EST, STS, GSS, or HTGS序列），nr.Z（每日更新的非冗余蛋白质），est.Z, gss.Z, htg.Z, sts.Z,和其它文件。
http://www.bioon.com/biology/Print.asp?ArticleID=1256
D. 基因数据库 一般使用什么数据库
集合所有已知核酸的核苷酸序列，单核苷酸多态性、结构、性质以及相关描述，包括它们的科学命名、来源物种分类名称、参考文献等信息的资料库。基因和基因组的资料也包含在DNA数据库中。目前国际上比较重要的核酸（含蛋白质）一级数据库有美国的GenBank、欧洲的EMBL和日本的DDBJ。三个数据库信息共享，每日交换，故资料是一样的，唯格式有所不同。
E. 什么叫核苷酸序列
核苷酸序列就是指DNA或RNA中碱基的排列顺序.
这意味着DNA中A,T,G,C的排列循序,或者mRNA中A,U,G,C的排列循序,也包括rRNA,tRNA中碱基的排列顺序.
环核苷酸不存在核苷酸序列.
希望我的回答对您有帮助，满意请采纳，谢谢。
F. 核酸序列、结构数据库有哪些
美国的核酸数据库GenBank
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
欧洲核酸序列数据库EMBL
http://www.embl-heidelberg.de
日本核酸序列数据库DDBJ
http://www.ddbj.nig.ac.jp
这是目前世界三大核酸数据库.不本我们用的最多的还是NCBI,基本上是不用日本的!
G. 什么是核苷酸序列
DNA(RNA)分子是由4种核苷酸（A,T,G,C）排列组成，DNA序列就是组成某一DNA分子的核苷酸的排列次序。 一类由嘌呤碱或嘧啶碱、核糖或脱氧核糖以及磷酸三种物质组成的化合物。又称核甙酸。戊糖与有机碱合成核苷,核苷与磷酸合成核苷酸,4种核苷酸组成核酸。核苷酸主要参与构成核酸，许多单核苷酸也具有多种重要的生物学功能,如与能量代谢有关的三磷酸腺苷（ATP）、脱氢辅酶等。某些核苷酸的类似物能干扰核苷酸代谢，可作为抗癌药物。根据糖的不同，核苷酸有核糖核苷酸及脱氧核苷酸两类。根据碱基的不同，又有腺嘌呤核苷酸(腺苷酸，AMP)、鸟嘌呤核苷酸(鸟苷酸，GMP)、胞嘧啶核苷酸(胞苷酸， CMP)、尿嘧啶核苷酸(尿苷酸,UMP)、胸腺嘧啶核苷酸（胸苷酸，TMP）及次黄嘌呤核苷酸(肌苷酸，IMP)等。核苷酸中的磷酸又有一分子、两分子及三分子几种形式。此外，核苷酸分子内部还可脱水缩合成为环核苷酸。
说白了就是 A,T,G,C的排列循序.建议你看看下面的地址.
H. GenBank数据库的介绍
GenBank 是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。
