pacbio测序数据上传到sRA数据库。. 1.注册并登入NCBI帐号,然后进入NCBI submission portal,选择SRA数据库
2. 在数据库介绍页面选择文件上传方式
3. 安装完之后,返回数据库介绍页面。点选创建新任务
❷ 转录组测序所得的数据，怎样传到NCBI的SRA数据库
Unigene其实没有一个标准的定义。大体的概念是经过去冗余之后得到的基因序列，这条序列和其他的序列是非冗余的，也就是理论上其他序列都和此序列代表的不是同一个基因。或者是经过聚类后野闭得到的不同的类，类和类之间是非冗余的，每个类可以认为唯一的代表一个基因。不同的去冗余和聚类的方法得到的结果都可以称为unigene。 另外NCBI上也有颂闹裂Unigene的概念，是NCBI用弯吵自己的方法对序列进行聚类，它认为每一个类都唯一的代表一个基因，并赋予一个编号：物种名字.数字，比如小麦的一个例子：Ta.191，这也是较常用的Unigene.
❸ 如何上传测序数据至NCBI
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/ ，点击“ Register for a NCBI account”，进入到注册页面，如实填写信息。(尽量使用项目提交人的信息进行注册)
https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/bioproject/ ，在界面上选择 new submission ，依次填写SUBMITTER、PROJECT TYPE、TARGET、GENERAL INFO等信息，后面的BIOSAMPLE和PUBLICATIONS两个界面可以不写相关信息，都直接点Continue，进入OVERVIEW界面。如果有问题可返回修改，没问题的话即可点击submit提交。
创建成功后，再次进入该网址，会出现BioProject编号，以PRJNA开头，可放在文章中。（注册人的邮箱会收到相关邮件）
https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/biosample/ ，在界面选择 new submission。大致提交过程如下截图所示，最终提交完成后，每个样本会有一个样本编号，以SAMN开头，用于后面提交原始数据。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra_sub/sub.cgi ，选择 NCBI PDA入口，填写个人信息后，点击 create new submission >> New submission。
数据上传比较慢，等数据都上传完成后，再点击“Select preload folder”，即可出现上传好的原始数据，点击“Use selected folder”，继续即可。
注意：数据上传完成之后，NCBI还需要一段时间对数据进行processing，若页面提示"error"（比如提示数据文件格式有问题），只能发邮件联系 [email protected] ，数据上传成功会出现"processed"标志，每个样本会对应获得一个SRR编号。SRA处理邮件的效率还是很高的。
❹ 转录组测序所得的数据，怎样传到NCBI的SRA数据库
xshell连接NCBI服务器 输入命令 ftp
连接成功后输入账号 密码
mkdir命令创建一个文件夹，以你的BioProject accession命名
FTP 连接成功后连接成功后
进入刚才建立的BioProject文件夹
把原始数据拖进去即可
传输过程中，如果一定时间（五分钟？）没有激活传输界面，可能会导致连接断开
进度可能会一直停在99%，重新连接成功后，也一直卡在99%，不过似乎数据还是上传成功了的
传输成功的会显示linked，同时FTP里对应的文件会消失 传输成功的会显示linked，同时FTP里对应的文件会消失
全部文件夹都传输成功了会变成queued
然后就等NCBI处理了
❺ 如何将基因芯片数据上传至NCBI
你到GEO上注册，然后按照他们的步骤做，他们会有人联系你来确保数据质量的 。格式等直中局袜接问卖激他们就可腊肢以。通常是SOFT格式。
❻ 如何将测序数据上传到NCBI的SRA数据库
一般上传数据到NCBI SRA的过程需要6步：
1、Create a BioProject for this research
2、Create a BioSample submission for your biological sample(s)
3、Gather Sequence Data Files
4、Enter Metadata on SRA website
a、Create SRA submission
b、Create Experiment(s) and link to BioProject and BioSample
c、Create Run(s)
5、Transfer Data files to SRA
6、Update Submission with PubMed links, Release Date, or Metadata Changes
需要注意的一点是，上传的过程中很多地方一旦保存或提交就不可以修改，尤其是各处的Alias。但是，可以联系NCBI的工作人员修改内容。NCBI的工作效率是很高的，一般不超过48小时，就可以得到确认，并拿到登录号。
❼ 怎样将微生物菌落分析的宏基因组数据上传到NCBI上
宏基因组学（Metagenomics）又叫微生物环境基因组学、元基因组学。它通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,构建宏基因组文库，利用基因组学的研究策略研究环境样品所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能。它是在微生物基因组学的基础上发展起来的一种研究微生物多样性、开发新的生理活性物质（或获得新基因）的新理念和新方法。其主要含义是： 对特定环境中全部微生物的总DNA（也称宏基因组，metagenomic）进行克隆，并通过构建宏基因组文库和筛选等手段获得新的生理活性物质；或者根据rDNA数据库设计引物，通过系统学分析获得该环境中微生物的遗传多样性和分子生态学信息。
❽ 如何NCBI上传Genbank数据
与 前面 是相同的步骤，此处就不再重复了，登录完成后同样点击首页的submit进入即可，进入后往下翻页，看到Genbank提交数据，选择对应的选项即可，根据提交的数据不同，进行选择即可，后续神历的步骤都是逗瞎郑类似的，此处以提交叶绿体基因组为示例。
提交叶绿体基因组用的BankIt这个工具，其他不同类型的基因组选择不同的选项即可，前面的步骤都是一样的，填写对应的信息，同样需要填写Bioproject号和Biosample号，如果没有，就填写no，网页会自动进行跳转至Bioproject号申请和Biosample号申请的界面，填写对应信息即可。
叶绿体基因组除了上传基因组的fasta数据之外，还需要上传注释的tbl文件，此文件可以通过多种注释软件获得，或者自己造一个也是可以的，但是必须满足NCBI所要求的五列格式，格式如下：
其中第一列为起始位置；第二列为终止位置，其中<和>表示正反向；第三列为特征名，例如：CDS，mRNA，rRNA，gene或exon；第四列为限定词的类型，例如：proct，number，gene或note；第五列为限定词的相关描述。
上传完成后，最后一步同样为再次检查信息，检查完成后，同样会发送邮件给对应的邮箱，如果后续需要修改信息，山颂同样可以发送邮件给NCBI的工作人员。
❾ 如何向NCBI提交测序数据
许多期刊在文章发表之前需要在文章郑氏中有序列的登录号，并且要求你在文章发表时，序列可以被读者索取。
NCBI的GenBank提供了两个投递方式：
1、在线投递－BankIt，特点是比较方便。
2、本地投递文件生成程序——Sequin。目前NCBI seqin有MAC, PC和UNIX不同版本。其输出文件需要你通过电子邮件发给NCBI.
另外，上面所述一般适用于研究单个或多个功能基因的情况。如果大规模的测序如EST、 STS和GSS序列分别姿冲有专门的投递途径。
另外，提醒你的两个问题：
1、对你所投序列迹丛歼所属物种分类（拉丁名）要有所了解，这通常是出错的地方（seqin）
2、在你投递序列到发表文章之间，要注意NCBI发给你的电子邮件，它会询问你在什么时间将序列公布。
具体细节你可以浏览参考资料所指连接。
❿ 如何将转录组数据上传到ncbi
过程有点复杂，如果是让公司测序，可以让他们帮你传呀 不行的话ncbi有传的英文教程 稍微啃下 应该没问题的