Ⅰ 高通量数据怎么上传数据至ncbi
其实很简单， 1.首先建立一个meta file，即包含实验信息的文件 2.将测序的fastq（*.fq或*.fastq）文件准备好，此为原始数据（必须）。 3.将每个fastq文件处理后（去接头，合并相同序列）的序列整理为SEQ COUNT两列的文件即可，此为处理后数据（...
Ⅱ 如何将转录组数据上传到ncbi
过程有点复杂，如果是让公司测序，可以让他们帮你传呀 不行的话ncbi有传的英文教程 稍微啃下 应该没问题的
Ⅲ 转录组测序所得的数据，怎样传到NCBI的SRA数据库
xshell连接NCBI服务器 输入命令 ftp
连接成功后输入账号 密码
mkdir命令创建一个文件夹，以你的BioProject accession命名
FTP 连接成功后连接成功后
进入刚才建立的BioProject文件夹
把原始数据拖进去即可
传输过程中，如果一定时间（五分钟？）没有激活传输界面，可能会导致连接断开
进度可能会一直停在99%，重新连接成功后，也一直卡在99%，不过似乎数据还是上传成功了的
传输成功的会显示linked，同时FTP里对应的文件会消失 传输成功的会显示linked，同时FTP里对应的文件会消失
全部文件夹都传输成功了会变成queued
然后就等NCBI处理了
Ⅳ 发表文章提交ncbi是转录组raw data还是clean data
一般来说，raw data经过以下处理之后叫clean data 1，去掉低质量的reads 2，去掉包含接头(adaptor)的reads 3，去掉包含N过多的reads
Ⅳ ncbi上传时gb文件怎么来的
NCBI中查找序列号时导出来之后是.gb文件。
GenBank的文件。包含一个gene的名称，编号，发现者，参考文献，外显子位置，编码区序列，蛋白序列等等信息。
.gb文件用记事本就可以打开。
拓展：
NCBI位于马里兰州的贝塞斯达， 建立于1988年· NCBI保管GenBank的基因测序数据和Medline的生物医学研究论文索引· 所有的这些数据库都可以通过Entrez搜索引擎在线访问。
国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, 简称NCBI) 是美国国家医学图书馆(NLM)的一部分(该图书馆是美国国家卫生研究所的一部分).
Ⅵ 如何利用Aspera快速上传转录组数据至NCBI的SRA数据库
Unigene其实没有一个标准的定义。大体的概念是经过去冗余之后得到的基因序列，这条序列和其他的序列是非冗余的，也就是理论上其他序列都和此序列代表的不是同一个基因。或者是经过聚类后得到的不同的类，类和类之间是非冗余的，每个类可以认为唯一的代表一个基因。不同的去冗余和聚类的方法得到的结果都可以称为unigene。
另外NCBI上也有Unigene的概念，是NCBI用自己的方法对序列进行聚类，它认为每一个类都唯一的代表一个基因，并赋予一个编号：物种名字.数字，比如小麦的一个例子：Ta.191，这也是较常用的Unigene.
Ⅶ 如何将测序数据上传到NCBI的SRA数据库
一般上传数据到NCBI SRA的过程需要6步：
1、Create a BioProject for this research
2、Create a BioSample submission for your biological sample(s)
3、Gather Sequence Data Files
4、Enter Metadata on SRA website
a、Create SRA submission
b、Create Experiment(s) and link to BioProject and BioSample
c、Create Run(s)
5、Transfer Data files to SRA
6、Update Submission with PubMed links, Release Date, or Metadata Changes
需要注意的一点是，上传的过程中很多地方一旦保存或提交就不可以修改，尤其是各处的Alias。但是，可以联系NCBI的工作人员修改内容。NCBI的工作效率是很高的，一般不超过48小时，就可以得到确认，并拿到登录号。
Ⅷ 如何向NCBI上传数据
许多期刊在文章发表之前需要在文章中有序列的登录号，并且要求你在文章发表时，序列可以被读者索取。
NCBI的GenBank提供了两个投递方式：
1、在线投递－BankIt，特点是比较方便。
2、本地投递文件生成程序——Sequin。目前NCBI seqin有MAC, PC和UNIX不同版本。其输出文件需要你通过电子邮件发给NCBI.
另外，上面所述一般适用于研究单个或多个功能基因的情况。如果大规模的测序如EST、 STS和GSS序列分别有专门的投递途径。
另外，提醒你的两个问题：
1、对你所投序列所属物种分类（拉丁名）要有所了解，这通常是出错的地方（seqin）
2、在你投递序列到发表文章之间，要注意NCBI发给你的电子邮件，它会询问你在什么时间将序列公布。
具体细节你可以浏览参考资料所指连接。