A. perl名词解释
perl
Perl，一种功能丰富的计算机程序语言，运行在超过100种计算机平台上，适用广泛，从大型机到便携设备，从快速原型创建到大规模可扩展开发。
Perl最初的设计者为拉里·沃尔(Larry Wall)，于1987年12月18日发表。现在的版本为Perl 6，于2015年12月25日更新。
Perl借取了C、sed、awk、shell 脚本语言以及很多其他程序语言的特性，其中最重要的特性是它内部集成了正则表达式的功能，以及巨大的第三方代码库CPAN。简而言之，Perl像C一样强大，像awk、sed等脚本描述语言一样方便，被Perl语言爱好者称之为"一种拥有各种语言功能的梦幻脚本语言"、"Unix 中的王牌工具"。
Perl 一般被称为"实用报表提取语言"(Practical Extraction and Report Language)，你也可能看到"perl"，所有的字母都是小写的判搏。一般，"Perl"，有大写的 P，是指语言本身，而"perl"，小写的 p，是指程序运行的解释器。
中文名
实际抽取与汇报语言
外文名
Perl(Practical Extraction and Reporting Language)
设计者
拉里·沃尔
设计时间
1987年12月18日
借取程序语言
C、awk、shell scripting等
perl开发perl语言为什么不流行perl官网下载string ppilimma bioconctororg.Hs.eg.dbTCGA GDCGeneCardsTCGAtcga gdc
引言
1987年Larry Wall发布Perl1.0以来，用户数一直急剧增加，同时越来越多的程序员与软件开发者(商)参与Perl的开发。从最初被当做一肢冲数种跨平台环境中书写可移植工具的高级语言开始，Perl被广泛地认为是一种工业级的强大工具，可以在任何地方用来完成你的工作。perl的前身是Unix系统管理的一个工具，被用在无数的小任务里。后逐渐发展成为一种功能强大的程序设计语言，用作Web编程、数据库处理、XML处理以及系统管理;在完成这些工作时，同时仍能处理日常细小工作，这是它的设计初衷。Perl特别适合系统管理和Web编程。实际上已经被用在所有Unix(包括Linux)捆绑在一起作为标准部件发布，同时也用于Microsoft Windows和几乎所有操作系统。Perl的应用非常广泛。
基本信息
Perl 最初的设计者为拉里·沃尔(Larry Wall)，他于1987年12月18日发表。Perl借取了C、sed、awk、shell 脚本语言以及很多其他程序语言的特性。其中最重要的特性是它内部集成了正则表达式的功能，以及巨大的第三方代码库CPAN。
Perl 被称为"实用报表提取语言"(Practical Extraction and Report Language)。它是术语，而不仅仅是简写，Perl的创造者，Larry Wall提出第一个，但很快又扩展到第二个。那就是为什么"Perl"没有所有字母都大写。没必要争论哪一个正确，Larry 两个都认可。
编程语言
Perl是由Larry Wall设计的，并由他不断更新和维护的编程语言。
Perl具有高级语言(如C)的强大能力和灵活性。事实上，你将看到，它的许多特性是从C语言中借用来的。
Perl与脚本语言一样，Perl不需要编译器和链接器来运行代码，你要做的只是写出程序并告诉Perl来运行而已。这意味着Perl对于小的编程问题的快速解决方案和为大型事件创建原型来测试潜在的解决方案是十分理想的。
Perl提供脚本语言(如sed和awk)的所有功能，还具有它们所不具备的很多功能。Perl还支持sed到Perl及awk到Perl的翻译器。
简而言之，Perl像C一样强大，像awk、sed等脚本描述语言一样方便。
特点历首
Perl的解释程序是开放源码的免费软件，使用Perl不必担心费用。Perl能在绝大多数操作系统运行，可以方便地向不同操作系统迁移。
Perl 是一种能完成任务的语言。从一开始，Perl 就设计成可以把简单工作简单化，同时又不失去处理困难问题能力的语言。它可以很容易操作数字，文本，文件和目录，计算机和网络，特别是程序的语言。这种语言应该很容易运行外部的程序并且扫描这些程序的输出获取感兴趣的东西。而且它还应该很容易能把这些你感兴趣的东西交给其它程序做特殊的处理。当然，这种语言还应该很容易在任何现代的操作系统上可以移植地编译和运行。
(1)tcga下载脚本扩展阅读:
360网络
目录
引言
基本信息
编程语言
特点
基本语法
优点
缺点
相关文化
时势造英雄
Perl 诗歌
下载安装
其他信息
perl
Perl，一种功能丰富的计算机程序语言，运行在超过100种计算机平台上，适用广泛，从大型机到便携设备，从快速原型创建到大规模可扩展开发。
Perl最初的设计者为拉里·沃尔(Larry Wall)，于1987年12月18日发表。现在的版本为Perl 6，于2015年12月25日更新。
Perl借取了C、sed、awk、shell 脚本语言以及很多其他程序语言的特性，其中最重要的特性是它内部集成了正则表达式的功能，以及巨大的第三方代码库CPAN。简而言之，Perl像C一样强大，像awk、sed等脚本描述语言一样方便，被Perl语言爱好者称之为"一种拥有各种语言功能的梦幻脚本语言"、"Unix 中的王牌工具"。
Perl 一般被称为"实用报表提取语言"(Practical Extraction and Report Language)，你也可能看到"perl"，所有的字母都是小写的。一般，"Perl"，有大写的 P，是指语言本身，而"perl"，小写的 p，是指程序运行的解释器。
中文名
实际抽取与汇报语言
外文名
Perl(Practical Extraction and Reporting Language)
设计者
拉里·沃尔
设计时间
1987年12月18日
借取程序语言
C、awk、shell scripting等
perl开发perl语言为什么不流行perl官网下载string ppilimma bioconctororg.Hs.eg.dbTCGA GDCGeneCardsTCGAtcga gdc
引言
1987年Larry Wall发布Perl1.0以来，用户数一直急剧增加，同时越来越多的程序员与软件开发者(商)参与Perl的开发。从最初被当做一种跨平台环境中书写可移植工具的高级语言开始，Perl被广泛地认为是一种工业级的强大工具，可以在任何地方用来完成你的工作。perl的前身是Unix系统管理的一个工具，被用在无数的小任务里。后逐渐发展成为一种功能强大的程序设计语言，用作Web编程、数据库处理、XML处理以及系统管理;在完成这些工作时，同时仍能处理日常细小工作，这是它的设计初衷。Perl特别适合系统管理和Web编程。实际上已经被用在所有Unix(包括Linux)捆绑在一起作为标准部件发布，同时也用于Microsoft Windows和几乎所有操作系统。Perl的应用非常广泛。
基本信息
Perl 最初的设计者为拉里·沃尔(Larry Wall)，他于1987年12月18日发表。Perl借取了C、sed、awk、shell 脚本语言以及很多其他程序语言的特性。其中最重要的特性是它内部集成了正则表达式的功能，以及巨大的第三方代码库CPAN。
B. 请教关于TCGA数据的问题
Case列显示的是该文件里数据来自于多少cases。比如569，说明这个文件整合了所有569个cases的genotyping数据，有些数字为1的，说明这个文件里只有一个case的数据。
对于RNAseq后续的分析，如果要用软件比如limma，edgeR比较表达差异的基因，就用counts数据。如果你想自己做t-test，下载counts数据自己做normalization再进行比较也行，或者下载已经做过normalization的RPKM/RPKM-UQ直接比较也行
癌旁的数据也包含在这些cases里了，下载metadata就能看到每个sample的信息，你会发现有些是来自solid tissue normal，这些都是癌旁的数据
C. perl脚本求助。
不明白你说逗亏的合并是什么意思，下面仅是提取渣哪的方法。
use 5.010;
use File::Slurp;
sub foo {
sprintf "%.3d", shift;
}
$_ = read_file 'in.txt';
( $first_line, $_ ) = /(.*?\n)(.*)/;
print $first_line;
while (/[a-z]+|[A-Z]+/gc) {
print substr( $&, 0, 1 ) ~~ @{ [ '如指码a' .. 'z' ] }
? 'I' . foo( ++$icont )
: 'E' . foo( ++$econt );
print $&, "\n";
}
D. 如何直接查找tcga数据中某一基因在某一肿瘤中的表达
一个良好的开端就是分析感兴趣基因的突变和其它异常，ICGC数据门户提供了几条研究路线。输入一个基因名称，NCBI登录号，或者Ensembl基因ID，点击基因报告（Gene Report），就能在突变摘要（Mutation Summary）中找到已发现的突变和拷贝数变化，以及迄今为止，这些突变在肿瘤中出现的频率。COSMICsection就在体细胞突变列表下方，包括了点突变，少量缺失，以及插入突变等方面的数据。
另外一种方法就是在一种肿瘤中寻找所有受到影响的基因，在ICGC数据门户中，研究人员能通过点击数据搜索（Database Search）下的Genes，然后选择感兴趣的肿瘤类型，以及一些其它参数，比如分析的途径等，这样就能找到所有受到影响的基因。除此之外，TCGA数据门户中，还可以从Download Data menu上选择批量下载（Bulk Download），获取体细胞突变数据，以及其它类型数据，比如拷贝数，DNA甲基化，基因表达。
E. tcga数据库firebrowse数据怎么分析
TCGA由NCI牵头，作为美国攻克癌计划的一个大的project，投入巨大的人力和资金，较早的进行深度测序，提供Gene expression, DNA methylation, Copy Number Variant, Mutation还有更深度的exon expression外显子测序结果，其临床数据整理的相对最完整，指标最多。在TCGA中直接下载数据的方法较为繁琐，但是有多个网站提供TCGA数据（包括表达和临床等）完善的整理：GDAC， Cancer Browser和cBioportal是其中整理最为完整和可靠的。GDAC由美国MIT和Harvard共建的Broadinstitute运行，UCSC运行着Cancer Browser 和Xena, cBioportal由MemorialSloan-Kettering Cancer Cente建立，提供较为完善的TCGA数据为基础的各类信息检索服务。
F. 如何快速掌握TCGA数据库
在proportional里面搜你感兴趣的肿瘤，然后就会出现很多研究，在每个研究后面都有summary，你点击进去就有临床数据，有的还有变异和拷贝数变化的数据。目前个人感觉临床数据这块还是proportional这儿比较方便，其他的例如基因表达的数据cancer browser还是可能会好些，各种各样的都可以试试，不过原始的TCGA数据还是觉得一般是高手才去弄，新手还是多学习，站在巨人的肩膀上再去。The Cancer Genome Atlas，TCGA， 数据库。TCGA数据源大部分都是公开的。目前来能够从TCGA数据库中提取数据的处理工具有proportional。
G. 求一个python 脚本 按一个文件描述 从另一个文件选取内容
#!/usr/bin/python
# encoding: utf-8
import re, string
# 解析基因位置信息裂袭
contents = """
>ENSG00000161929
Mutual Exons:10..88 [78 b]
>ENSG00000128194
Mutual Exons:16..120 [104 b]
>ENSG00000023191
Mutual Exons:46..106 [60 b]
>ENSG00000177192
Mutual Exons:30..329 [299 b]
"""
patt = re.compile(r"""
(?P<id>>D*d*)
|
(MutualsExons:(?P<start>d*)..(?P<ended>d*)s.*)
""", re.I|re.U|re.X)
items, item = {}, None
for m in map(patt.match, filter(None, map(string.strip, contents.splitlines()))):
if not m:
岁源此continue
乎迅d = m.groupdict()
if d["id"]:
item = d["id"]
else:
items[item] = dict(start = int(d["start"]), ended = int(d["ended"]))
# 解析基因序列
contents = """
>ENSG00000161929
>ENSG00000128944
"""
patt = re.compile(r"""
(?P<id>>D*d*)
|
(?P<data>[ACTG]*)
""", re.I|re.U|re.X)
datas, item = {}, None
for m in map(patt.match, filter(None, map(string.strip, contents.splitlines()))):
if not m:
continue
d = m.groupdict()
if d["id"]:
item = d["id"]
datas[item] = ""
else:
datas[item] += d["data"]
for item, data in datas.items():
print item
if item not in items:
print "Does not exists position infomation"
else:
print data[items[item]["start"]:items[item]["ended"]]
H. TCGA数据库怎么下载mi RNA信息
TCGA数据库下载mi RNA信息的方法：
第一步，登录TCGA数据获取网站；
第二步，在搜索栏搜索自己关注的癌症类型；
第三步，选择下载的数据类型：（我需要下载的是mi RNA数据）；
第四步，对数据进行进一步筛选；
第五步，将所有文件添加到购物车；
第六步，点击下载即可。
I. 宝莱坞生死恋高清完整版下载地址
《宝莱坞生死恋》网络网盘高清资源免费在线观看：
链接: https://pan..com/s/1tPaFDYjTCGAN7RFC4uX-MQ
宝莱坞生死恋的剧情简介 · · · · · ·
生在地主家的德夫达（沙鲁克‧可汗 Shahrukh Khan 饰）和平民女子帕罗（艾西瓦娅·雷 Aishwarya Rai 饰）从小青梅竹马，但由于德夫达被送到伦敦读书，二人一别多年。到了德夫达学成返乡，帕罗已经长成光彩照人漏悉森的美貌少女，他们的爱火仍旧炙热，但是德夫达家人对于帕罗母亲的提亲表现出傲慢和轻蔑的姿态，深深伤了少女的心。德夫达迫于父命难为时，帕罗已经决定嫁给一个豪门鳏夫，追悔莫及的德陆戚夫达开始终日酗酒，流连花丛，相思成疾，而帕罗需要恪守妇道，只能把爱和遗憾埋在心里。自暴自弃的德夫达终于送掉自己性命，临死之前，他强撑到大门外返亩想要再见帕罗一面…